隨後發生的學生刊物事件中，李光耀與華校學生結合起來。這些學生創辦了一個名為《黎明》的刊物，由於上麵經常刊登一些具有進步思想的短文，於是引起了英國殖民統治者的注意，不久，《黎明》被停刊，而主要責任人遭到審訊。為營救被捕學生，李光耀挺身而出，在法庭上為他們辯護。為贏得辯護的勝利，李光耀還專程赴英請來了女王的法律顧問、著名律師D?N?普裏特。這一案件在新加坡成了轟動一時的新聞，最終，統治當局不得不宣布學生無罪。李光耀從此名聲大振，成了新加坡一個婦孺皆知的人物。
1954年，當英國宣布要進行一次有限製的選舉時，新加坡突然出現了一種自由活躍的政治氣氛。這時的李光耀也開始和他的政治知己一起，積極醞釀籌建自己的政黨。1954年11月21日，新加坡人民行動黨宣告成立，李光耀以主要創建人的身份，當選為黨的秘書長。1955年，李光耀成功當選為立法委員，從此他開始以議會為講壇，為爭取新加坡自治奔走疾呼。
分道揚鑣：被迫的獨立
1955年進入議會以來，李光耀擔任反對黨領袖，他率領人民行動黨把主要精力投入在同執政黨的鬥爭上。1956年6月，英國被迫同意新加坡自治後，年僅36歲的李光耀受命組織新加坡政府，出任政府總理。李光耀一上台，就釋放了在1956年和1957年發生普遍罷工和暴動風潮時被英方逮捕的八名人民行動黨人。李光耀深知他們其實都是共產黨員，但為了實踐競選諾言，他還是不顧一切地把這些人放了。1961年7月，人民行動黨和共產黨公開決裂，人民行動黨43名立法議員中有13人轉到社會主義陣營中，人民行動黨麵臨嚴重危機。
經過艱苦的論戰，1962年9月，新加坡就是否同意馬來亞合並問題舉行公民公決。結果71%的票讚成人民行動黨關於新加坡和馬來亞合並的主張。1963年9月16日，新加坡作為一個州正式加入馬來亞，總理一職繼續由李光耀擔任。但是讓李光耀沒有料到的是，加入馬來亞不但沒有達到預想的效果，反而給社會帶來了重重難以克服的矛盾。1964年新加坡發生種族騷亂，李光耀指責馬來亞聯邦政府試圖推行“種族沙文主義”，煽動新加坡的馬來人反對當地華人政府。1965年8月9日，新加坡不得不退出馬來亞聯邦，同時也永遠地脫離英聯邦，在風雨飄搖中獨立。李光耀在電視台上向人民沉痛而堅定地宣告：“從8月9日起，新加坡將永遠是一個建立在自由與正義的原則基礎上的民主、獨立的主權國家，並在一個更公正、更平等的社會裏永恒地謀求人民的安寧和幸福。”
“一些國家原本就獨立，一些國家爭取到獨立，新加坡的獨立卻是強加在它頭上的……對新加坡來說，1965年8月9日不是什麼值得慶祝的日子。”以新馬合並為基本宗旨的人民行動黨在之前不到三年的時間裏，說服了70%的選民在投票中讚成新馬合並。在李光耀看來，一個獨立的新加坡根本是無法生存下去的。如今，分家已成事實，而新加坡可能再也扮演不了傳統角色了。一個沒有腹地，就連飲用水都不能自給的新加坡，又要怎樣生存下去呢？
經濟騰飛：善治的領袖
獨立後的新加坡別無選擇，李光耀也毅然擔當起了改革旗手的重任。麵對著這樣一個沒有腹地的移民國家，李光耀凡事都小心謹慎，一切計劃都密切聯係新加坡本國的具體國情。1959年，當李光耀上台執政時，新加坡國土狹小、資源缺乏、失業問題嚴重、政治局麵動蕩。尤其是其單一轉口貿易的畸形經濟結構，早已完全不能適應一個獨立的新加坡了。李光耀吸取之前的種族騷亂的教訓，推行各族團結友愛的政策，加強華族教育，為新加坡的經濟發展營造了一個穩定的環境。
在經濟建設上，李光耀親自領導製定了以發展工業、推動工業化來建立多元經濟結構的戰略指導思想。在1961—1965年的第一個五年計劃時期，新加坡大力發展勞動密集型“替代進口工業”，為社會提供了更多的就業機會，初步建立了工業化的基礎。1965—1970年的第二個五年計劃時期，李光耀政府根據國際國內現狀，將工業化發展戰略迅速轉向發展麵向國際市場的出口導向型工業，同時為吸引外資，政府特別注重營造良好的投資環境，不久西方許多大國競相在新加坡辦廠投資，使新加坡國土上有了門類齊全的工業體係。經過70年代的調整與發展，到1979年，新加坡的國民經濟結構起了根本性的變化，由單一畸形的轉口貿易經濟結構變成以製造業為動力的“多元化”經濟結構。1979年7月以後，李光耀提出新的經濟發展戰略，他帶領新加坡人民致力於“第二次工業革命”，力圖使新加坡的國民經濟朝著高科技化的現代化方向發展。