我到京後，先訪醫專校長湯爾和君，問北大情形。他說：“文科預科的情形，可問沈尹默君；理工科的情形，可問夏浮筠君。”湯君又說：“文科學長如未定，可請陳仲甫君；陳君現改名獨秀，主編《新青年》雜誌，確可為青年的指導者。”因取《新青年》十餘本示我。我對於陳君，本來有一種不忘的印象，就是我與劉申叔君同在《警鍾日報》服務時，劉君語我：“有一種在蕪湖發行之白話報，發起的若幹人，都因困苦及危險而散去了，陳仲甫一個人又支持了好幾個月。”現在聽湯君的話，又翻閱了《新青年》，決意聘他。從湯君處探知陳君寓在前門外一旅館，我即往訪，與之訂定。於是陳君來北大任文科學長，而夏君原任理科學長，沈君亦原任教授，一仍舊貫。乃相與商定整頓北大的辦法，次第執行。
我們第一要改革的，是學生的觀念。我在譯學館的時候，就知道北京學生的習慣。他們平日對於學問上並沒有什麼興會，隻要年限滿後，可以得到一張畢業文憑。教員是自己不用功的，把第一次的講義，照樣印出來，按期分散給學生，在講壇上讀一遍。學生覺得沒有趣味，或瞌睡，或看看雜書；下課時，把講義帶回去，堆在書架上。等到學期、學年或畢業的考試，教員認真的，學生就拚命地連夜閱讀講義，隻要把考試對付過去，就永遠不再去翻一翻了。要是教員通融一點，學生就先期要求教員告知他要出的題目，至少要求表示一個出題目的範圍；教員為避免學生的懷恨與顧全自身的體麵起見，往往把題目或範圍告知他們了。於是他們不用功的習慣，得了一種保障了。尤其北京大學的學生，是從京師大學堂“老爺”式學生嬗繼下來（初辦時所收學生，都是京官，所以學生都被稱為老爺，而監督及教員都被稱為“中堂”或“大人”）。他們的目的，不但在畢業，而尤注重在畢業以後的出路。所以專門研究學術的教員，他們不見得歡迎；要是點名時認真一點，考試時嚴格一點，他們就借個話頭反對他，雖罷課也在所不惜。若是一位在政府有地位的人來兼課，雖時時請假，他們還是歡迎得很；因為畢業後可以有闊老師做靠山。這種科舉時代遺留下來的劣根性，是於求學上很有妨礙的。所以我到校後第一次演說，就說明“大學學生，當以研究學術為天職，不當以大學為升官發財之階梯”。然而要打破這些習慣，隻有從聘請積學而熱心的教員著手。
那時候因《新青年》上文學革命的鼓吹，而我得認識留美的胡適之君。他回國後，即請到北大任教授。胡君真是“舊學邃密”而且“新知深沈”的一個人，所以，一方麵與沈尹默兼士兄弟、錢玄同、馬幼漁、劉半農諸君以新方法整理國故，一方麵整理英文係。因胡君之介紹而請到的好教員，頗不少。
我素信學術上的派別，是相對的，不是絕對。所以每一種學科的教員，即使主張不同，若都是“言之成理、持之有故”的，就讓他們並存，令學生有自由選擇的餘地。最明白的，是胡適之君與錢玄同君等絕對的提倡白話文學，而劉申叔、黃季剛諸君仍極端維護文言的文學；那時候就讓他們並存。我信為應用起見，白話文必要盛行，我也常常作白話文，也替白話文鼓吹。然而我也聲明：作美術文，用白話也好，用文言也好。例如我們寫字，為應用起見，自然要寫行楷，若如江艮庭君的用篆隸寫藥方，當然不可；若是為人寫鬥方或屏聯，作裝飾品，即寫篆隸章草，有何不可？
那時候各科都有幾個外國教員，都是托中國駐外使館或外國駐華使館介紹的，學問未必都好，而來校既久，看了中國教員的闌珊，也跟了闌珊起來。我們斟酌了一番，辭退幾人，都按著合同上的條件辦的。有一法國教員要控告我，有一英國教習竟要求英國駐華公使朱爾典來同我談判，我不答應。朱爾典出去後，說：“蔡元培是不要再做校長的了。”我也一笑置之。
我從前在教育部時，為了各省高等學堂程度不齊，故改為各大學直接的預科。不意北大的預科，因曆年校長的放任與預科學長的誤會，竟演成獨立的狀態。那時候預科中受了教會學校的影響，完全偏重英語及體育兩方麵；其他科學比較的落後，畢業後若直升本科，發生困難。預科中竟自設了一個預科大學的名義，信箋上亦寫此等字樣。於是不能不加以改革，使預科直接受本科學長的管理，不再設預科學長。預科中主要的教課，均由本科教員兼任。
我沒有本校與他校的界線，常常為通盤打算，求其合理化。是時北大設文、理、工、法、商五科，而北洋大學亦有工、法兩科；北京又有一工業專門學校，都是國立的。我以為無此重複的必要，主張以北大的工科並入北洋，而北洋之法科，刻期停辦。得北洋大學校長同意，及教育部核準，把土木工與礦冶工並到北洋去了。把工科省下來的經費，用在理科上。我本來想把法科與法專並成一科，專授法律，但是沒有成功。我覺得那時候的商科，毫無設備，僅有一種普通商業學教課，於是並入法科，使已有的學生畢業後停止。
我那時候有一個理想，以為文、理兩科，是農、工、醫、藥、法、商等應用科學的基礎，而這些應用科學的研究時期，仍然要歸到文理兩科來。所以文理兩科，必須設各種的研究所；而此兩科的教員與畢業生必有若幹人是終身在研究所工作，兼任教員，而不願往別種機關去的。所以完全的大學，當然各科並設，有互相關聯的便利。若無此能力，則不妨有一大學專辦文理兩科，名為本科，而其他應用各科，可辦專科的高等學校，如德、法等國的成例，以表示學與術的區別。因為北大的校舍與經費，決沒有兼辦各種應用科學的可能，所以想把法律分出去，而編為本科大學，然沒有達到目的。
那時候我又有一個理想，以為文理是不能分科的。例如文科的哲學，必植基於自然科學；而理科學者最後的假定，亦往往牽涉哲學。從前心理學附入哲學，而現在用實驗法，應列入理科；教育學與美學，也漸用實驗法，有同一趨勢。地理學的人文方麵，應屬文科，而地質地文等方麵屬理科。曆史學自有史以來，屬文科，而推原於地質學的冰期與宇宙生成論，則屬於理科。所以把北大的三科界限撤去而列為十四係，廢學長，設係主任。
……
北大關於文學、哲學等學係，本來有若幹基本教員；自從胡適之君到校後，聲應氣求，又引進了多數的同誌，所以興會較高一點。預定的自然科學、社會科學、文學、國學四種研究所，止有國學研究所先辦起來了。在自然科學與社會科學方麵，比較地困難一點。自民國九年起，自然科學諸係，請到了丁巽甫、顏任光、李潤章諸君主持物理係；李仲揆君主持地質係；在化學係本有王撫五、陳聘丞、丁庶為諸君，而這時候又增聘程寰西、石蘅青諸君；在生物學係本已有鍾憲鬯君在東南、西南各省搜羅動植物標本，有李石曾君講授學理，而這時候又增聘譚仲逵君。於是整理各係的實驗室與圖書室，使學生在教員指導之下，切實用功；改造第二院禮堂與庭園，使合於講演之用。在社會科學方麵，請到王雪艇、周鯁生、皮皓白諸君；一麵誠意指導提起學生好學的精神，一麵廣購圖書雜誌，給學生以自由考索的工具。丁巽甫君以物理學教授兼預科主任，提高預科程度。於是北大始達到各係平均發展的境界。
我是素來主張男女平等的。九年，有女學生要求進校，以考期已過，姑錄為旁聽生。及暑假招考，就正式招收女生。有人問我：“兼收女生是新法，為什麼不先請教育部核準？”我說：“教育部的大學令，並沒有專收男生的規定；從前女生不來要求，所以沒有女生；現在女生來要求，而程度又夠得上，大學就沒有拒絕的理。”這是男女同校的開始，後來各大學都兼收女生了。
我是佩服章實齋先生的。那時候國史館附設在北大，我定了一個計劃，分征集、纂輯兩股；纂輯股又分通史、民國史兩類；均從長編入手，並編曆史辭典。聘屠敬山、張蔚西、薛閬仙、童亦韓、徐貽孫諸君分任征集編纂等務。後來政府忽又有國史館獨立一案，別行組織。於是張君所編的民國史，薛、童、徐諸君所編的辭典，均因篇帙無多，視同廢紙；止有屠君在館中仍編他的蒙兀兒史，躬自保存，沒有散失。
我本來很注意於美育的。北大有美學及美術史教課，除中國美術史由葉浩吾君講授外，沒有人肯講美學。十年，我講了十餘次，因足疾進醫院停止。至於美育的設備，曾設書法研究會，請沈尹默、馬叔平諸君主持。設畫法研究會，請賀履之、湯定之諸君教授國畫；比國楷次君教授油畫。設音樂研究會，請蕭友梅君主持。均聽學生自由選習。
我在“愛國學社”時，曾斷發而習兵操。對於北大學生之願受軍事訓練的，常特別助成。曾集這些學生，編成學生軍，聘白雄遠君任教練之責，亦請蔣百裏、黃膺白諸君到場演講。白君勤懇而有恒，曆十年如一日，實為難得的軍人。
我在九年的冬季，曾往歐美考察高等教育狀況，曆一年回來。這期間的校長任務，是由總務長蔣君代理的。回國以後，看北京政府的情形，日壞一日；我處在與政府常有接觸的地位，日想脫離。十一年冬，財政總長羅鈞任君忽以金佛朗問題被逮，釋放後，又因教育總長彭允彝君提議，重複收禁。我對於彭君此舉，在公議上，認為是蹂躪人權獻媚軍閥的勾當；在私情上，羅君是我在北大的同事，而且於考察教育時為最密切的同伴，他的操守，為我所深信。我不免大抱不平，與湯爾和、邵飄萍、蔣夢麟諸君會商，均認有表示的必要。我於是一麵遞辭呈，一麵離京。隔了幾個月，賄選總統的布置，漸漸地實現；而要求我回校的代表，還是不絕。我遂於十二年七月間重往歐洲，表示決心；至十五年，始回國。那時候，京津間適有戰爭，不能回校一看。十六年，國民政府成立，我在大學院，試行大學區製，以北大劃入北平大學區範圍，於是我的北京大學校長的名義，始得取銷。
綜計我居北京大學校長的名義，十年有半；而實際在校辦事，不過五年有半。一經回憶，不勝慚悚。