黃巢的部隊浩浩蕩蕩進入長安，不少長安的老百姓夾道歡迎。進城的隊伍中不知事先有所布置還是義軍真正愛惜老百姓，不時有士兵走出隊列，掏出一把錢送給一些窮苦的歡迎者。尚讓還命令走在後麵的士兵貼出布告，布告上寫道：“黃王起兵，本為百姓，非如李氏不愛汝曹，請長安百姓各安生業，不必恐慌。”
可是平安的日子沒過幾天，黃巢的軍隊就開始燒殺劫掠。出營搶劫的士兵尤其憎恨那些有錢人和官吏，捉住這些人頓時就是一陣亂刀。街上到處可以看到被殺的死者，店鋪、豪宅被劫掠一空，並被放火燒毀，京城一片混亂。同時黃巢也下令把留在京城未來得及同僖宗皇帝一起逃走的宗室皇親全部殺光。
廣明元年（公元880年）農曆十二月十三日（壬辰日），黃巢在長安皇宮含元殿即皇帝位，定國號為大齊，改年號為金統。由於登基做皇帝時間倉促，黃巢登基時穿了一件黑袍子，上麵用金色畫上龍紋。由於沒有樂隊奏樂，就用上百麵戰鼓代替。殿下的文武官員跪倒行禮，山呼萬歲後，黃巢登上五鳳樓，昭告天下，李唐已滅，大齊當興。
接著黃巢就開始封官，這些被封官的人中，有黃巢義軍中的功臣宿將，也有新投降義軍的唐朝舊臣。黃巢封妻子曹氏為皇後，尚讓為太尉兼中書令，趙璋兼侍中，崔璆、楊希古並同平章事，孟楷、蓋洪為左右仆射，知左右軍事，費傳古為樞密使，以太常博士皮日休為翰林學士。大將朱溫、許建、張全等被封為遊奕使。
大齊皇帝黃巢命令所有的唐朝舊官僚都要到趙璋的府邸報到，否則殺無赦。三品以上官員全部停任，四品以下仍任原職。唐丞相豆盧瑑、崔沆、右仆射於琮等沒來的及逃出長安，躲在金吾大將軍張直方府中，被人告密，結果同張直方全家一起被殺。被殺的還有唐宣宗李忱的女兒廣德公主，她是於琮的妻子。
稱帝之前的一天，黃巢就住進了唐王朝的皇宮。華麗的宮殿，美麗的宮女，使得這位不第秀才，起義軍領袖墜入了溫柔鄉中。黃巢年輕時曾寫過一首名為《詠菊》的詩，在詩中他寫道：
颯颯秋風滿院栽，蕊寒香冷蝶難來。
他年我若為青帝，報與桃花一處開。
這首詩寫出了黃巢早年抱負和胸懷，可以說現在的他已經成為了一朝的人王帝主，誌得意滿。在慶祝勝利的宴會上，黃巢醉了。但他忘掉了一件大事，那就是他應該派得勝之師追擊敵人，使傾覆了的唐王朝不再死灰複燃。
正在黃巢忙於登基做皇帝的時候，唐僖宗正奔波在去蜀地的路上。在幾百神策軍的護衛下，僖宗皇帝日夜不停向西逃竄，許多跟隨的官員都掉了隊，跟不上僖宗的車駕。將要到駱穀的時候，在道上見到了來接駕的鳳翔節度使鄭畋。鄭畋拜伏在地請求僖宗留在鳳翔。可僖宗李儇說道：“我可不想離黃巢這個巨寇那麼近，我要到興元去，在那裏召集軍隊以圖恢複。望愛卿東拒賊兵，西撫番邦，聯合周邊各鎮兵馬，建立功勳。”鄭畋又奏道“路途遙遠，有些事不便奏報，可否便宜行事？”李儇答應了鄭畋，允許他可以自行決定。
李儇的車駕到了婿水（陝西城固縣）才停下腳步，向陳敬瑄、牛勖、楊師立發出了聖駕要幸蜀的通報。
鄭畋回到鳳翔召集屬下文武商討抵禦黃巢義軍的辦法，不少人害怕義軍勢大，建議不要和義軍作戰，等朝廷援軍到來再和義軍作戰。鄭畋對這樣地回答很不滿意，他大聲喊道：
“難道你們讓我臣服於巢賊嗎？”說完這句話頓時撲倒在地，不醒人事，把臉都磕青了。眾人把他抬進臥室，鄭畋話都不會說了。這時黃巢派來使者送來勸降書，監軍彭敬柔接待來使，代替鄭畋簽署了投降書。在招待使者的宴會上，剛剛一開始奏樂，將令們都大哭起來。使者問大家為什麼哭，監軍回答：“這是因為我們的頭鄭畋得了風痹病，所以大家傷心。”城中居民，聽到要降巢的消息，也有不少人哭了起來。鄭畋知道了，病馬上好了，他對手下人說道：“我故知人心尚未厭唐，賊寇滅亡指日可待！”他刺破手指，寫表上奏僖宗表示決心拒賊，並召集眾將歃血為盟，誓與義軍死戰。鄭畋帶領大家修城牆，訓練士卒，並傳檄鄰道合兵討賊。他還把散在關中各地的幾萬禁軍收到麾下，壯大了自己的力量。一支忠於唐王朝，決心與義軍為敵的隊伍就這樣形成了。