正在李克用出兵救援兗鄆兩州，大戰朱溫汴軍的時間，李曄的小朝廷又出事了。李曄從石門回到長安以後，感到沒有軍隊就不能保衛自己的安全，因此於神策軍之外又建了四支親軍隊伍。這四支隊伍分別稱為軍聖、捧辰、保寧、宣化約有數萬人，昭宗李曄把這四支隊伍交由諸位王爺帶領。此外嗣延王戒丕、嗣賈王嗣周還另外自募麾下數千人。這下李茂貞感到不安了，他認為朝廷招募軍隊是為了討伐自己，於是揚言要帶兵到京師訟冤。李曄也是有點害怕，就派通王滋、戒丕帶兵分駐各處保衛京畿，延王戒丕屯駐三橋。李茂貞上表稱：“延王無故稱兵討臣，臣要帶兵入朝請罪。”
公元896年六月農曆十七日，李茂貞帶兵來到京城附近，與守衛長安的覃王打了一仗。朝廷新募的士兵，一觸即潰，七月，李茂貞的隊伍開到了長安城下。京城的老百姓怕極了兵禍，都攜家帶眷逃出長安城。宮中的小皇帝李曄也坐不住龍庭了，惶惶不可終日，不知怎麼辦好。這時延王戒丕建議說：“今關中藩鎮無可依者，不如由鄜州（今陝西省富縣）過河我們去太原暫避一時，臣請先去告知李克用。”李曄下詔出京去鄜州。昭宗剛走到渭北韓建就派他的兒子來勸駕，希望昭宗移駕華州，昭宗不願去華州，仍要去太原。走到富平，韓建親自來見昭宗說：“方今天下橫行霸道的藩臣不隻是李茂貞一個。臣恐怕陛下走得太遠了，回京就困難了。華州雖然兵少，有雄關當道，可以自守。臣在華州積草屯糧訓練士卒十五年，西距長安不遠，願陛下幸華州，以圖恢複。”李曄不敢再有異議，隻好跟韓建去了華州。李茂貞帶兵進入長安，又是一番燒殺劫掠自不必說，自中和以來所修葺的宮殿又被焚毀一空。
公元896年九月，河東大將李存信又攻入魏博境內，葛從周奉命馳援，兩軍在臨清的宗城北打了一仗。這次常勝將軍葛從周打了敗仗，李存信乘勝攻到魏州北門。
十月李克用又親率大軍攻擊魏博，大敗魏博軍於白龍潭，並追擊直至魏州的觀音門。
朱溫即刻命葛從周進駐洹水，而且親自領兵作為後援。李克用知道朱溫現在是兵強馬壯，怕被汴軍抄了後路，急忙撤軍，退回了河東。
朱溫見李克用撤軍，於是自己也撤回大梁，可他命令葛從周帶兵去和龐師古會合全力攻擊鄆州。朱瑄兵少糧盡，不敢再出城與汴軍作戰，隻在城周圍挖深溝灌水，準備固守待援。
戰鬥轉眼就打到了公元897年正月，葛從周命軍士趕造浮橋，正月十五日，正當城中以為是節日，汴軍不會發起進攻的時候，葛從周一聲令下夜晚對鄆州發起了總攻。汴軍通過幾道浮橋攻到鄆州城下，立即駕雲梯爬城，守城軍隊手忙腳亂，四散奔逃，龐師古帶隊首先衝入城中。朱瑄聽到消息，立即帶領家人棄城向中都方向逃跑，葛從周帶兵緊追不舍。朱瑄帶領家人誤走到一處村莊，被村民捉住，獻給了汴軍。朱溫入鄆州，命龐師古為天平軍留後。
朱瑾因為兗州城內乏食，帶領兩位河東將，李承嗣和史儼到徐州附近打糧，留下大將康懷貞守城。朱溫探得消息，派葛從周火速進軍兗州。康懷貞聽說鄆州已經丟了，汴軍大隊人馬就要來攻兗州了，知道跟朱瑾是混不下去了，於是獻城投降了葛從周。朱瑾聽說汴軍攻打兗州的消息，馬上命令三軍火速往回趕，可是回到兗州城下一看已經晚了。城上飄揚著汴軍的旗幟，城周圍都是汴軍的營寨。朱瑾這下傻了眼，知道兗州是回不去了，隻好帶兵到沂州（今山東臨沂市），沂州刺史拒絕朱瑾進城，朱瑾隻好退到海州（在今江蘇連雲港市），最後實在沒有退路，隻好帶著史儼、李承嗣渡過淮河投奔了楊行密。楊行密對朱瑾非常敬重，親自到高郵迎接，見麵後解玉帶相贈，並表請朱瑾為武寧節度使。從此之後，朱瑾、史儼和李承嗣就成了楊行密的部下。
朱瑾逃到了淮南，可他年輕漂亮的夫人榮氏卻留在兗州，被葛從周找到獻給了隨後進入兗州的朱溫。俗語說得好，英雄難過美人關，何況朱溫乃五代最好淫的魔王，當夜就命朱瑾的媳婦侍寢。朱溫在兗州住了幾日，便帶領軍馬奏凱還大梁，臨走把此女也帶在身邊。
朱溫的夫人張氏聽說朱溫又帶回朱瑾的女人榮氏，等朱溫回到府中就派人將榮氏也接到府中。張氏夫人，當著朱溫地麵拉住榮氏的手哭著說：“朱瑄、朱瑾二位將軍與司空同姓，本來是約為兄弟，但因為很小的矛盾而互相攻伐，使得尊夫人流落至此。他日如果汴州失守，我的命運會和你一樣啊！”朱溫聽了夫人的話，不由得大黑臉羞成了紅色，當即就決定送榮氏到佛寺奉養，張氏還經常帶禮物去看望榮氏。
對於敢於勾連河東反對他的朱瑄，朱溫可一點也不念舊情。他下令在汴橋殺了朱瑄及其兒子、妻子。從此以後鄆、齊、曹、棣、兗、沂、密、徐、許、陳、鄭、滑、濮等州都成了朱溫的地盤，他已經成了名符其實的中原霸主。