是舒爾哈齊的親治立場，得朝對他格。當朝於州內部尋覓可用人時，舒爾哈齊自成了不二人選。於朝每每會給予舒爾哈齊種殊禮遇。赴京朝貢間，舒爾哈齊總會得到高規格隆盛待，獲得豐厚的賞賜以朝廷的不斷拔。萬曆二十年（元1597年）七月，舒爾哈齊二赴京朝貢時，即授予屬於高級武職的揮之職。再到後來，舒爾哈齊又朝廷晉升為“州右衛女夷人”的頭領。為拉攏舒爾哈齊，李成梁還讓自己的兒子李如柏迎娶了舒爾哈齊之女，進而同舒爾哈齊結成治姻盟。萬曆三十三年（元1605年），舒爾哈齊妻子病故時，李成梁父子準備豐厚祭禮治喪，場麵備極隆。總而言之過一列拉攏舉動，朝成功促舒爾哈齊愈發朝廷靠近。
在朝不斷拉攏和挑唆下，深受朝廷恩寵的舒爾哈齊開始對見不同的兄長越發不滿。尤征討海女真間，努爾哈赤、舒爾哈齊兄弟之間的矛盾迅速激，二人關也日益緊張。曾經生死隨的手足兄弟竟於大庭廣眾、睽睽眾目下，見左而多番激烈爭吵。舒爾哈齊對兄長努爾哈赤嚴不滿緒的具現，即是在戰場上的傾搖懈弛甚至暗中抵。萬曆二十七年（元1599年）月，努爾哈赤親率大軍征討哈達貝勒孟格布祿據守的哈達城，舒爾哈齊統領部一千人馬作為先鋒。在兵圍哈達城後，舒爾哈齊卻始終不予進攻。孟格布祿引眾衝出城，舒爾哈齊也是派人告之努爾哈赤，“彼城兵出矣！”而舒爾哈齊依舊不肯領兵迎敵。努爾哈赤聞後訓斥弟弟舒爾哈齊，“豈為城無兵而來耶！”說畢，努爾哈赤親自督兵迎敵。不成舒爾哈齊的部屬故在途中堵塞，得努爾哈赤無法與敵戰。努爾哈赤憤而修改線沿城牆下而行，城上哈達兵趁矢石齊發致州兵馬多有死傷。戰舒爾哈齊處處掣，他望兄長能難而返，可堅毅決的努爾哈赤就是不肯罷兵還師。在努爾哈赤親臨督戰下，州兵激戰六晝夜終於攻下哈達城，生擒哈達貝勒孟格布祿。。
在攻滅哈達部之戰中舒爾哈齊屢屢不聽兄長調令，還故於途中水幾乎令全軍無功而返，這已著實讓努爾哈赤大為惱火。不僅如舒爾哈齊還自恃背後有朝鼎力支持，目張膽地樹在州立個人權威，兄長努爾哈赤的領導地發挑戰。筆雖不敢斷言，時舒爾哈齊已萌生弑兄篡之心，舒爾哈齊絕對懷有覬覦州女真高領袖地的治野心。
待至努爾哈赤對烏拉部用兵時，兄弟二人已緊張的關再激。來舒爾哈齊不僅與朝保持著密切往來，他還過多聯姻同烏拉部結成牢固的姻盟關。萬曆二十年（元1596年），舒爾哈齊迎娶烏拉貝勒布占泰的妹妹為妻，萬曆二十六年（元1598年），舒爾哈齊又將自己的女兒額實泰嫁給布占泰。萬曆三十一年（元1603年），舒爾哈齊再將另一個女兒娥恩哲嫁予布占泰。舒爾哈齊同布占泰結有姻盟，見兄長努爾哈赤執要對烏拉部用兵，舒爾哈齊是方設法處處掣肘設絆。甚至有學認為烏碣岩之戰中，州兵會突遭烏拉部優勢兵力截殺，極有可能就是舒爾哈齊布占泰告密的。是役，舒爾哈齊不願殺傷女婿兼妻兄部下，刻率部將書、納齊布止兵觀望消極退避。幸虧褚英、善率兵苦苦力戰方才大破烏拉兵，取得烏碣岩大捷。努爾哈赤對弟弟的忤逆之心和不臣之舉得清清楚楚。萬曆三十年（元1607年）三月，努爾哈赤按以同烏拉交戰時抗怯戰的罪名，要處死舒爾哈齊麾下的兩員猛將書、納齊布。進而剪除舒爾哈齊的左膀右臂，削弱已成異己的舒爾哈齊勢力。沒到舒爾哈齊誓不服軟更與兄長針鋒對，言“若殺二將、即殺我也”，擺出一副決死拚架勢。為避免禍蕭牆，努爾哈赤迫讓步仍舊罰書一百兩黃金，奪納齊布下屬人馬。同時剝奪舒爾哈齊的軍揮權，將他排擠出州高軍領導層。