平心而論，努爾哈赤借故力壓舒爾哈齊之餘，還是希望弟弟能夠迷途返的，可舒爾哈齊卻不這麼想。剝奪軍權就意味著舒爾哈齊失去了最重要的財富來源，意味著舒爾哈齊從此地位一落丈，曾經位高權重的二號首領現成了一個有無實的小人物。對兄長的怨恨，已化成舒爾哈齊心中勢不兩立的熊熊烈火。在與長子阿爾通阿，三子劄薩圖和二子阿敏議後，不願屈於兄長之下的舒爾哈齊決心從此與兄長分道揚鑣，率領諸子、部下一幹人等公然脫離建州遷移至黑扯木建房屋。黑扯木臨明朝軍事重鎮鐵嶺，處於明朝直軍事護之下。其東麵又與烏部鄰，可隨時得到盟友占泰援助。舒爾哈齊選擇黑扯木為新地，就是要借助兩方盟友的力量另立門戶，擺明了要與兄長努爾哈赤分庭抗禮。
十分樂見努爾哈赤、舒爾哈齊兄弟反目的明朝還不斷火上澆。是加封舒爾哈齊為建州右衛首領，這可是明朝在當地女衛所設立的最高軍事長官。獲敕封後，萬三十年（公1608年）十二月，舒爾哈齊正式以建州右衛首領的身份第四次赴京朝貢。建州右衛旗號次亮出，表明明朝已著手重新調建州女建製。其核心意圖就是要將努爾哈赤辛萬苦統一起來的建州女，重新到當初建州三衛並存的局麵，進而瓦解掉已是東地區最大地方政權的建州女。如果不果斷措施，由舒爾哈齊這股分裂勢力在明朝羽翼下不斷壯大。那麼不僅努爾哈赤二十年來浴血拚殺、艱苦奮鬥的統一成果將毀於一旦。建州女也將重陷分裂，度陷於無盡的火拚內耗苦苦掙紮，還要繼續到明朝無情壓製與擺。
故而萬三十年（公1609年）二月，當舒爾哈齊由京返黑扯木後。努爾哈赤怒責弟弟不該自立一方，並嚴厲要舒爾哈齊迷途返立返建州。麵對兄長的苦苦勸說，舒爾哈齊本聽不進絲毫，隻是冷冷地道：“這樣活著又有麼意那，還不如死了”。這是努爾哈赤作為兄長為避免手足相殘，而出的最後一次努力。在勸說無效後，努爾哈赤道事情已經沒得選擇。他果斷硬措施，要以武力徹底剿滅舒爾哈齊這股分裂勢力。如同玄武門之變的李民，努爾哈赤一旦下定決心，手似雷霆犀利而毫無點手軟。
萬三十年（公1609年）三月十三日，努爾哈赤突然出手。在抄沒舒爾哈齊全部家產的同時。又冷酷無情地處死了在舒爾哈齊分裂過程中積極參與的兩個侄子，舒爾哈齊的長子阿爾通阿和三子劄薩圖。同樣參與起事的舒爾哈齊部將武爾坤也吊在樹上活活燒死。餘怒未息的努爾哈赤已然殺紅眼，還要處死舒爾哈齊次子，也是四大貝勒之一的阿敏。幸得在代善、皇太極等兄弟極力情下，阿敏方逃過一劫，但也到剝奪所屬人口一的懲戒。
當努爾哈赤以迅雷之勢剿舒爾哈齊一幹黨羽時。舒爾哈齊望眼欲穿祈盼著遼東明軍、烏部占泰能快些來相救。可到最後連一個援兵子都沒看見。考慮此前明朝和烏部都曾馳援救助過遭建州圍攻的葉赫部。筆者此推論，此次援兵不至不應是明朝、烏怯懦短視而未予相救。最合理的解釋是，努爾哈赤在剿舒爾哈齊時了密部署，嚴防堵死何方向的可能援兵，徹底斬斷舒爾哈齊妄圖借助外援以自救的念想。在兄長努爾哈赤的咄咄相逼下，落入絕境的舒爾哈齊萬念俱灰迫“愧悔來歸”。努爾哈赤終還是念及兄弟手足親情，他沒有效法玄武門之變中的李民，弑兄誅弟、盡滅子侄把事作絕。到底兒努爾哈赤饒了弟弟舒爾哈齊一命，但舒爾哈齊那些忠心耿耿的部下們可就沒這麼幸運嘍。《建夷考》記載，“（舒爾哈齊）有兩裨（副將），以勇聞，酋（努爾哈赤）恨其佐弟，假弟令召入宅，腰斬之”。不怎樣舒爾哈齊的死罪可免，可活罪卻難饒。四十歲的舒爾哈齊兄長努爾哈赤囚禁於暗無天日的牢籠中，囚室門窗皆注鐵鍵，僅留“通飲食、出溺”兩個洞口。
兩年後，萬三十年(1611年)八月十日，舒爾哈齊幽死於禁錮之所，時年四十八歲。明朝方麵一口咬定，舒爾哈齊是兄長努爾哈赤害死的。對此筆者倒是有不同看法。幽禁後的舒爾哈齊已然無權無勢，甚至無足輕重。若努爾哈赤想加害舒爾哈齊，全可以在囚禁舒爾哈齊之前隨找個由頭讓他暴斃而亡，犯不著囚禁兩年後殺他。所以筆者認為，舒爾哈齊的死因實應是身陷囹圄後憂憤而亡。舒爾哈齊幽禁而亡令明朝甚惋惜，還意為他舉行隆重吊祭，以表彰舒爾哈齊對明朝的忠順恭良。可對於將弟弟禁錮至死的努爾哈赤而言，在他心中同樣有著無以言表的心與痛楚。不怎樣說，他除了建州內部最大一支分裂勢力，也將建州兵權全置於自己掌控中。此時努爾哈赤終可不必在顧忌內部憂患，全力以赴去應對外部各方敵人了。有人質疑，努爾哈赤囚弟至死的作法還是太過絕情。筆者卻不這麼認為，自古以來“慈不掌兵”、“情不立事”。若非雷霆手又豈能掃平憂患，震懾不軌之徒。況努爾哈赤、舒爾哈齊之間的兄弟之爭，絕非尋常姓家裏的爭財奪利。那可是事關建州女乃至個女族群的發展和未來！茲事體大，豈得努爾哈赤有絲毫婦人之仁。