光緒十五年，19歲的光緒皇帝已經完婚，慈禧不得不再次歸政。在歸政之前，她提出給自己建造一個好的“怡養之處”，於是便開始了大規模修建三海（南海、中海、北海）的工程。慈禧對工程要求極為苛刻，指令各殿閣內外的油飾、糊飾，一律要“見新”，而且要完全符合自己的旨意，不許擅自更改。她一天兩次派寵信太監李蓮英去工地查看、督促。這項工程共計花掉白銀2000餘萬兩，而19世紀80年代清王朝從德國伏爾艦廠買的兩艘6000馬力的“定遠”與“鎮遠”鐵甲艦、一艘2800馬力的“濟遠”鋼甲艦，才花了白銀400萬兩，修“三海”的錢是買這些戰艦的五倍。
“三海”工程結束後，慈禧便搬進去，開始了她的所謂“歸政怡養”的生活。慈禧歸政後，一方麵，恣意聽戲、作畫、玩賞珍品等奢侈的享樂，甚至專門讓人修了一條從中海儀鸞殿到北海鏡清齋的小鐵路，從法國進口了一輛豪華的小火車，供自己享用。但她又不願意聽到機車的聲響，便摘掉機車，改由太監拉著走。另一方麵，她仍將國家大事的裁定權牢牢地掌握在自己手中，重要事情都要親自聽取大臣奏議，重要奏章和谘文都要親自閱定，嚴密監視光緒皇帝的一舉一動。
光緒二十年十月初十日，是慈禧的60大壽。慈禧計劃使這次慶典超過曆代皇後，乃至曆代皇帝。於是早在兩年前，慈禧就開始籌備。光緒十八年，皇帝下發諭旨，認為慈禧壽典是舉國盛事，所有應備儀式典禮，都必須專派大臣敬謹辦理，並成立了慶典處，抽調眾多親王、大臣專門負責辦理慶典事宜。待到慶典時，舉行了一係列筵宴、演出，其奢華程度確實是曆代皇後、皇帝所不及。而正在這時，中日甲午戰爭打得火熱。不久，中國戰敗，李鴻章秉承慈禧意旨與日本簽訂了喪權辱國的《馬關條約》，一時間輿論大嘩，全國一片譴責之聲。慈禧為平息眾怒，隻好將李鴻章等人罷免，把失地賠款的責任推給光緒帝，然後帶上李蓮英跑到頤和園享福去了。
鎮壓變法賣國求榮
中日甲午戰爭以後，民族危機空前嚴重，民族資本主義也得到了發展，改良主義逐漸形成強勁的思潮。康有為等人於是舉起“變法”、“維新”的旗幟，向封建專製製度提出挑戰。光緒皇帝和慈禧太後也因此分歧越來越大。
光緒帝十分歡迎改良派，並打算利用他們來對付後黨，將慈禧手裏的大權奪過來，使自己和國家的處境都得到改善。光緒二十四年六月十一日，光緒帝發表詔書，正式表示變法的決心。接著，他任用了康有為、梁啟超、譚嗣同等人，一連發布了幾十道改革的命令，決定修鐵路、采礦藏、辦實業、開銀行、改革官製、興辦新式學堂等。
朝廷那些守舊大臣看到光緒皇帝的這些舉動和變法維新者的一係列活動十分不滿，紛紛向慈禧反映，希望她盡快出麵阻止。慈禧表麵上不動聲色，先做出歸政後就不再幹政的態度，漠視其發展。但等光緒皇帝推行新政到了最熱烈的時候，她突然采取了行動：迫使光緒下令免去他的維新派老師翁同的職務，並逐回原籍；下令凡授任新職的二品以上大臣，都必須到她麵前謝恩，將用人權控製到了自己手中；三是任命親信榮祿為直隸總督，並且加文淵閣大學士，統率董福祥、聶士成、袁世凱的北洋三軍，從而掌握了軍事權。同時她讓光緒皇帝陪著她到天津去閱兵，企圖利用閱兵的機會由榮祿舉行兵變，迫使光緒皇帝退位，再立一個聽命於己的皇帝。
慈禧的政變陰謀被光緒帝得知，他馬上密令維新派設法營救。維新派人士把希望寄托在統轄新軍的直隸按察使袁世凱身上，但是，袁世凱趕到天津向榮祿告了密。榮祿慌忙進京，密報了慈禧。慈禧聞後連夜率人從頤和園回到紫禁城，直接闖入光緒帝寢宮，破口大罵。然後把親信大臣召集來，把家法放到光緒帝麵前，訓斥道：“天下是祖宗的天下，你怎麼敢胡作非為？難道康有為的新法勝於祖宗之法？你真是糊塗到頂點了！”接著，慈禧下令把光緒皇帝囚禁在瀛台（中南海裏的一個小島），並盜用光緒帝的名義發布上諭，以自己身體不好為由，懇請慈禧再次訓政。於是，慈禧又完全把持了朝廷大權，開始了她一生中的第三次“垂簾聽政”。
慈禧訓政後的第一件事就是搜捕和屠殺參與變法維新的人。除殺害了譚嗣同、楊銳等變法維新的骨幹外，其他凡是參與變法維新或有此傾向的人，或罷官或放逐或下獄。接著，慈禧將各項變法措施全部廢除。
慈禧囚禁了光緒帝，對外界卻宣布光緒病得很重。同時也拒絕派醫生進宮探病的各國公使要求；在各國公使的極力強求下，才答應把法國醫生召進宮來給光緒帝看病。沒想到，這位醫生看完病以後對人們說皇帝根本就一點病沒有。對此，慈禧很是惱火。
慈禧十分不滿光緒皇帝反對自己、支持變法運動的行為，因此她要廢掉光緒，另立一個聽話的皇帝。不久，她選中了端郡王載漪的兒子溥，立為大阿哥（即皇儲），準備繼承皇位。但是出乎意料的是，中外許多人士都反對她的這種做法。慈禧派人去說服各國駐京公使，讓他們前來祝賀。但各國公使都不來捧這個場，使得慈禧非常尷尬。
恰巧在這時候，慈禧聽到洋人發出最後通牒，要求她把政權交給光緒帝的謠言。慈禧大怒，決定向美、英、法等八國宣戰。光緒二十六年六月慈禧召開禦前會議，正式向八國聯軍宣戰。誰知宣戰才幾天，慈禧出爾反爾，竟派榮祿前往各國使館慰問，表示願意馬上停戰議和。榮祿親自領兵來到北禦河橋，在一塊木牌上寫著“欽差大臣榮祿，奉慈禧太後之命，前來盡力保護使館”。慈禧還在戰爭最激烈的時候派奕去慰問各國公使，送去瓜果、蔬菜、米麵，放到使館聚集的東交民巷街口，任由洋人自行拿用。慈禧還無恥地說：“這是我關懷籠絡外國人的一點意思。”
光緒二十六年七月，八國聯軍很快逼近了北京城。驚慌失措的慈禧扮成農婦模樣，攜帶光緒皇帝和大阿哥，在部分大臣和太監的簇擁下，狼狽西逃。臨行前，珍妃出麵請求皇上不必西去，應該留下來處理與各國講和的事情。慈禧平日對珍妃就十分討厭，此時見她又反對自己，就下令把珍妃淹死在井中。
在西逃過程中，慈禧也終於嚐到了奔波的艱辛。但是，境況稍有好轉，她便又作威作福起來。逃到西安以後，慈禧把巡撫衙門作為行宮，又過起了紙醉金迷的生活。單是每頓飯選菜譜就有100多種，雞鴨魚肉、燕窩海參，應有盡有，每天都要用200多兩銀子。慈禧卻說這已經比北京節約了很多。
西逃途中，慈禧任命李鴻章為全權大臣，與八國聯軍談判求和。並用光緒帝名義發布上諭，將她“宣戰”的責任推卸掉。八國聯軍明知宣戰責任在慈禧，也不再追究。光緒二十六年底，外國侵略者提出“議和大綱”十二條，慈禧連忙看也不看就說全部應允，沒有經過多少談判就於第二年九月簽訂了《辛醜條約》。賣國求榮的慈禧保住了自己的地位滿心歡喜，就於次年八月在西安城張燈結彩，鑼鼓喧天，然後3000多輛馬車，滿載著金銀、古董，浩浩蕩蕩起駕回京。
光緒二十七年十一月，慈禧結束西逃生活再次回到北京。她到京後10天，就舉行盛大宴會招待各國駐華使節及其夫人，獻媚求寵之事畢盡。
惡後命終死有餘辜
慈禧回到北京後，仍然將光緒皇帝囚禁在瀛台，自己大權獨攬。並對政事加以整頓。實質上，就是更加順從帝國主義的驅使和控製，使清政府進一步買辦化。於是帝國主義加緊了對中國的經濟掠奪，中國的民族危機進一步加重。同時，中國的反帝反封建的革命鬥爭也進入了一個新高潮，孫中山先生領導的資產階級民主革命開始興起。光緒三十二年，為了保住自己的統治地位，為了抵製革命運動，慈禧開始“預備立憲”，實行了一些不倫不類、欺世盜名的改良政策。此時的慈禧到了窮途末路之時。
慈禧向來荒淫無度，哪怕在生命將近終結之時，也沒有忘記利用權力及時行樂。光緒二十九年，慈禧心血來潮，提出乘火車去謁祭東西祖陵，但當時並沒有從北京城通往東西陵的鐵路，為了滿足慈禧的要求，隻得立即搶修，結果單是鐵路鋪修到東陵，就花了153萬兩白銀。她過73歲生日時，僅袁世凱就送她兩套玄狐裘袍褂，一枝旗妝大梁頭橫簪，兩枝伽楠香木中鑲寶石珠風，還有一枝一人高的大珊瑚。盛宣懷則送了一批宋、元、明三朝名家書畫，又用1000兩黃金，打造了9柄金光閃閃的大如意。中外人士，都對其揮霍程度驚歎。
為了填補精神上的空虛，慈禧請美國女畫家卡爾進宮為她畫像，還經常賭博、玩狗……此時，她的脾氣已經壞到了極點。有一次，一個太監陪她下棋，說了句：“奴才殺老祖宗這匹馬。”她立刻大怒道：“我殺你一家子！”並令人把這個太監活活打死。
慈禧直到生命的最後一刻，也沒有放棄權力。光緒帝死後，她立即立了醇親王載灃的兒子溥儀為皇帝，定年號為“宣統”。當時溥儀年僅3歲，自然什麼事也不懂，因此慈禧又一次發布懿旨：“小皇帝年紀還小，應當專心學習，所有軍國政事，都按我的訓令施行。”第二天，光緒三十四年十月二十三日，慈禧便死在了中海儀鸞殿，終年74歲。
慈禧死後，由徽號加諡號通稱：“孝欽慈禧端佑康頤照豫莊誠壽恭欽獻崇熙配天光聖顯皇後。”十一月十六日，慈禧入殮。後葬東陵。死後的慈禧依然十分風光，從斷氣開始，到把她埋入地宮，折騰了將近一年，耗白銀達120多萬兩。