李世民一生都信任長孫無忌，不隻是因為二人從小到大的交情，也不隻因為長孫皇後，更不是因為長孫無忌的才幹，最重要的是，李世民早就發現，長孫無忌不論考慮什麼問題，首先考慮的永遠是李世民的需要。他知道李世民最希望的是國家安定，諸子平安，而李泰在朝廷上結黨，又有“逼迫”李承乾的“前科”，已經讓李世民反感。
將目光放得更遠，李世民還要想想今後的皇室沿承問題。如果李泰經過一番經營，將原太子擠走，如願當上太子，就會成為一個危險的榜樣，讓李家的後代認為隻要經營得好，誰都可以當太子。那麼，皇室後代們就會為太子之位爭個不休，兄弟手足相殘，國家將永無寧日。從大局上看，這個先例絕對不能開。
所以，立李治為太子，不單單是長孫無忌的選擇，而且是李世民內心深處的選擇，長孫無忌隻是將這個選擇表麵化了。
這一天，李世民將大臣們和李治招來，對他們說：“我的兒子和弟弟一個個都造反，我活著還有什麼意思呢！”說著就抽了把佩刀想要自盡，嚇得長孫無忌、褚遂良、李勣等人大呼小叫地將他攔了下來，拚命勸解。李世民這才說：“我想立晉王為太子。”長孫無忌連忙跪在地上說：“晉王仁孝，理應得立，如果有人反對，臣請立刻誅殺！”
見群臣不敢提異議，李世民對李治說：“你舅舅答應立你為太子，還不謝謝他？”愣在一旁的李治這才回過神，拜謝了長孫無忌。
明明是自己要立李治，卻對李治說“你舅舅答應立你為太子”，李世民的這句話大有學問。這句話是為了讓李治知道誰是佐命的功臣，更是將李治從此與元老大臣們綁在一起，既讓元老大臣們支持年幼的李治，又讓李治明白應該重用哪些人。
李世民明白，李泰個性狹隘，平時交往的又都是些功臣後代，一旦他當了皇帝，不但李承乾和李治要遭殃，陪李世民出生入死的大臣們恐怕也要凶多吉少。一朝天子一朝臣固然不假，但李世民左看右看，都覺得李泰結交的是些酒囊飯袋，必定要糟蹋他開創的事業。他用盡一生心血所創造的貞觀大業，隻有交給長孫無忌這些老大臣，才能放心。
唐貞觀十七年（643），晉王李治被冊封為皇太子，魏王李泰被貶為東萊郡王，遷出京城。唐王朝國本已定，朝廷又一次恢複了太平。
唐太宗的遺囑
太子之位已定，長孫無忌鬆了口氣。李治年幼，性子軟，又記得他的擁立之功，每次看到他，都帶著真心的恭敬和感激，也讓他很是放心。長孫無忌考慮完李世民，當然也要考慮自己了，如今見李治聽話懂事又重感情，想必今後當了皇帝，也會尊重他這個舅舅。
但沒過多久，長孫無忌的心又一次提了起來———太宗竟然又想改立太子！
李世民是個頗為自負的人，這也難怪，一個靠能力打天下，靠實力治天下，贏得“天可汗”稱號的人，怎麼會不自負？李世民自然希望自己的兒子們個個是好樣的，尤其是太子，最好像他一樣聰明，像他一樣果敢，像他一樣是全才。而李治從小喪母，性子又多愁善感，難免顯得英氣不足；再加上悟性、頭腦無法和李承乾、李泰相比，學東西比他們慢，這讓李世民怎麼看怎麼不順眼。
李世民把目光投到了其他妃子的兒子們身上，他發現吳王李恪最對他的心氣兒，讚歎李恪“英果類我”，他不由動了改立的念頭。這一次，長孫無忌沒和其他大臣商量，直截了當地反對說：“吳王是隋煬帝的後代，怎麼能繼承大統？”李世民一琢磨，話也沒錯，李恪的母親是隋煬帝的女兒，這樣的血統做皇帝，傳出來的確不好聽。而且太子廢了立，立了廢，也的確動搖人心，當下打消了這一念頭。
李世民想來想去，決定親自教育李治。此時的李世民年老多病，但仍然親自寫了《帝範》十二篇，教導李治節儉、納諫、親近賢臣、勤政愛民的道理，這也是李世民當帝王的心得。此外，李世民又為李治選擇良師，貞觀朝所有能人幾乎都當了李治的老師。
這一回，李世民吸取了經驗教訓，不再像對待李承乾那樣整天板著臉，也不再像對李泰那樣寵個沒完，他對李治既有慈愛又有威嚴。長孫無忌也不再避嫌，和李治格外親密起來，經常親自教導李治各種道理。李治見父親、舅舅、群臣對自己寄予厚望，自然不敢怠慢，讀書勤懇，待人有禮，監國時注意聽取意見，於是李世民和大臣們都對李治的表現很滿意，認為他是一個合格的接班人。
貞觀事業還在穩步發展，李世民卻日漸衰朽。李家人自稱是道教老祖李耳（老子）的後代，對道家學說很是癡迷。李世民總是服食道士們煉出的“仙丹”。這些含汞含鉛的仙丹並未讓李世民的身體好轉，越來越多的時間，他都躺在病床上。
唐貞觀二十三年（649），在翠微宮中，李世民陷入彌留狀態，他的人生即將走到終點。李世民招來太子和大臣們宣布遺囑，其實，他早就預備有這麼一天，所以，國事、外事、家事，他早已打理得井井有條，為的是讓李治順利接班。他宣布長孫無忌和褚遂良為顧命大臣。李治泣不成聲，李世民告訴他：“有無忌、遂良在，你什麼都不用擔心！”
李世民又將長孫無忌叫入內室，看著這個一輩子對自己忠心耿耿，也是自己最信任的大臣，李世民抬手摸著他，一時說不出話。長孫無忌平日不聲不響，很少表露自己的感情，這時候悲不自勝，大哭不止，李世民想說點什麼，又覺得千言萬語不知從何說起。幾十年的默契，幾十年的休戚與共，也許在這個時候，他們之間不再需要語言了。
李世民又將褚遂良叫了進來，囑咐他與長孫無忌一並輔佐太子，又對忠心正直的褚遂良說：“我能得到天下，多虧有無忌，我死了以後，你千萬要保護無忌，不要讓讒人離間他，否則你就不是一個忠臣！”
李世民擔心長孫無忌，他希望長孫無忌繼續貞觀事業，所以將太多的權柄交給了長孫無忌，這必然會招致其他大臣的妒恨，甚至有可能會讓長孫無忌和自己的兒子李治產生矛盾。所以他希望有個人可以保護長孫無忌。在他心目中，長孫無忌與他心意相通，目標一致，隻要長孫無忌在，他的貞觀事業就還在。可見，李世民至死依然將長孫無忌視為自己最信任的人。
長孫無忌內心的哀痛自不必說，特別是看到李世民臨死還對自己的安全念念不忘，更是大為感動。見李世民闔目而逝，李治泣不成聲，幾乎支撐不住自己。但想到如今太宗將朝廷大事、自己的後事全都交托在他一人身上，他咬了咬牙，決定一定不能辜負李世民的遺願。
長孫無忌做事沉穩老練，李治還在父親的屍身旁哀哀哭泣，他便已下令封鎖消息。在儀仗隊的吹拉開道中返回長安。皇帝在行宮逝世，若傳到長安，恐怕有人借機生事，聯合武將作亂，唯有順利到達長安，才能宣布李世民的死訊，並安排太子登基。此時的李治隻有二十一歲，一直疼愛嗬護自己的父親去世了，他傷心得不知如何是好，隻知道一切都聽舅舅的安排。
看到這樣的李治，長孫無忌有些無奈，同時更加堅定了自己的決心：隻要有他在，李世民開創的一切就不會消失。