憑借此次功績，狄仁傑在回京之後很快出任寧州（今甘肅寧縣）刺史，由此成為一方大員。該地區在當時居住著很多少數民族人民，局勢相對比較複雜，狄仁傑在這裏推行民族平等政策，最終完成了多民族的大融合，一舉開創了此地的長治久安。當時，唐朝每年派遣禦史巡察各地官員政績，當他來到寧州之後，不僅沒有見到大批的告狀百姓，反而聽到了當地百姓對狄仁傑的一片讚譽。很快，在巡查禦史的舉薦下，狄仁傑再次回到京城為官，並且出任工部侍郎，從此進入國家最高權力機構。
這個時候，高宗皇帝已經駕崩，武則天成為最高統治者。本來，武則天實行“溫水煮青蛙”政策，想要逐步實現自己成為女皇的願望，可惜即便如此，還是有人舉起了反旗，第一個人便是徐敬業。此人是唐朝開國大將李勣的孫子，很小就表現出了大才，但是在武則天當政後因罪被貶。由於心有不甘，在揚州（今江蘇揚州）聚眾造反，並且打出了匡扶李唐王室的口號。不過，由於武則天早有準備，徐敬業之亂很快即告平定。
然而，江南地區長期與北方隔絕，世俗民風大有不同，這也是徐敬業在此地聚眾起事的原因所在。換句話說，隻要有人想要反對武則天當權，隻要在此地登高一呼，還將得到民眾的大舉呼應。因此，對於武則天來說，最好的做法就是加強此地和北方的文化融合，從而斷絕反叛者的民眾基礎。最終，這一重任又落到了狄仁傑肩上，他也由此出任江南巡撫使。到任之後，狄仁傑推行了一係列移風易俗措施，其中最重要的一項措施就是推毀淫祠，也就是各類人物的祠堂，隻留下大禹、吳太伯、季禮和伍子胥供民眾祭拜。雖然關於這四個人物有諸多說法，但有一點是公認的，那就是他們都與北方的祭祀文化相通。
不過據坊間傳說，徐敬業和駱賓王並沒有死，他們都潛入到了民間，準備伺機而動，隻待風頭過後還要起兵造反。武則天之所以派狄仁傑出巡江南，表麵是安撫當地民眾，其實則是為了尋找徐敬業和駱賓王的下落，以絕後患。但是，這一說法普遍不被後世采信，相關傳言隻是好事者出於妖言惑眾的目的而為之。當然，不管怎麼說，經過狄仁傑的一番治理，江南地區從此和北方融為一體，局勢一直比較穩定，武則天也再沒有為此擔憂過。而對於狄仁傑來說，圓滿完成了安撫江南的任務，也為他贏得了更大的政治資本，從此，武則天對他的倚重也更加明顯。
拜相之路
徐敬業叛亂平定之後，武則天對於潛在的威脅更加敏感，於是想要召集各地的李唐宗親入朝，意欲何為可想而知。李唐宗親被逼上絕路，一些手中握有大權的人便開始暗中聯合，試圖武裝抗爭武則天的剿殺。可惜，這些李唐宗室的動作未能統一，以至於被武則天派去的官軍逐個擊破，未能形成太大的氣候。琅玡王李衝、越王李貞（琅玡王李衝之父）、韓王李元嘉、魯王李靈夔、範陽郡王李靄、黃國公李譔、東莞郡公李融和長樂公主等，接連遭到屠戮，一時間朝廷上下血雨腥風，李唐宗親更是人人自危。
這一時期，狄仁傑被派往反抗最激烈的豫州（今河南汝南）做刺史，按照武則天的授意，他原本應該對當地的反叛勢力進行大舉清剿，但是狄仁傑卻並沒有這樣做。趕到豫州之後，狄仁傑很快查明情況，參與叛亂的數千人都是被脅迫的，其中大部分人甚至不知道自己是在反叛。為此，狄仁傑不僅沒有將這些人處死，反而上書武則天為他們求情，雖然這些人最終都被流放，但是撿回了一條小命，對狄仁傑自然感恩戴德。更為重要的是，狄仁傑此舉為武則天贏得了良好的口碑，從而為她的統治打下了堅實基礎。
然而，就在狄仁傑準備在豫州刺史任上有所作為的時候，一件不起眼的小事讓他的仕途陷入灰暗。當時，總領官軍鎮壓叛亂的是宰相張光輔，由於是鎮壓反叛，張光輔對鎮壓地的百姓毫無憐憫之心，城破之後經常燒殺搶掠。比如在博州（今山東聊城），原本城內的百姓心向官軍，在張光輔大軍兵臨城下時，大批百姓殺死了叛軍，開門迎接官軍的到來，但張光輔卻還是進行了慘無人道的屠城。在豫州，狄仁傑極力阻止了張光輔的做法，甚至拒絕向官軍提供物資補給，因為當地的百姓受到戰火摧殘，已經難以糊口。
然而，張光輔卻不管這些，他身為宰相，又手握重兵，所謂“將在外君命有所不受”，連武則天都要敬他三分，何況是小小的地方官狄仁傑。於是，張光輔找來狄仁傑訓問，企圖用自己的高高在上的官威壓倒他。不想狄仁傑針鋒相對，擺出大道理駁得張光輔啞口無言，最後甚至對他說出了大不敬的話。張光輔雖然火冒三丈，但是狄仁傑畢竟也是朝廷命官，並不能將他怎麼樣，隻好一紙訴狀告到武則天那裏，給狄仁傑定了一個“犯上”的罪名。迫於形勢，武則天雖然心裏向著狄仁傑，但還是選擇了順應張光輔的意願，將狄仁傑貶為複州（今湖北仙桃）刺史。
原因很簡單，武則天要統治天下，必須打消所有人的反叛意向，而最簡單和最有效的方法莫過於製造高壓。張光輔在鎮壓反叛軍民的時候做法有些過激，武則天不是不知道，而且她也不想讓無辜的民眾受連累。但是張光輔的做法又能起到殺一儆百的作用，甚至不排除是武則天授意他這樣做的，因為她要給那些企圖反叛的李唐宗親看，同時也是給那些可能追隨他們的民眾看，反叛代價是巨大的。這個時候，如果武則天支持了狄仁傑的做法，那麼對於可能反叛的李唐宗親和相應民眾就會釋放新的信號，即反叛的代價大為減輕了。如果是這樣，很可能引發一係列的連鎖效應，甚至有可能讓已經逐步穩定的局勢再度失控。
果不其然，武則天雖然將狄仁傑貶為複州刺史，但是僅僅過了一年，就把他擢升為洛州（今河南洛陽）司馬，也就是洛州的第二把手。需要說明的是，洛州是武則天的大本營，她建立周朝，都城就定在了洛州。也就是在這段時間，武則天稱帝的野心漸漸浮出水麵，她的子侄也在緊鑼密鼓地準備著。唐垂拱四年（688），武則天的侄子武承嗣假借天命，偽造出了一塊刻有“聖母臨人，永昌帝業”的石頭，作為祥瑞進獻給了武則天。武則天自然很高興，率領群臣到發現石頭的地方大肆祭拜，對於武承嗣和相關人等也是大加封賞。如此一來，全國各地的官員爭相效仿，預兆武則天稱帝的祥瑞不斷出現，甚至有成群的官員、宗親、外國使節、百姓和宗教人士等到洛陽請求武則天稱帝，一時間武則天稱帝大有眾望所歸之勢。
九月九日，武則天正式稱帝，改國號為周，自稱聖母神皇，成為我國曆史上唯一的女性皇帝。對此，仍在洛州司馬任上的狄仁傑並沒有提出反對意見。武則天的政治能力非常卓越，在她當政期間老百姓的生活水平非但沒有下降，反而有所提升。總體來說，狄仁傑的內心當中充滿了糾結和矛盾，而這種糾結與矛盾也貫穿了他的一生。
狄仁傑的政治春天很快到來了。就在武則天稱帝的第二年，狄仁傑被拜為宰相，而此時的他已經到了六十二歲高齡。即便從三十歲開始算起，狄仁傑也已經在官場上打拚了三十年，無論從哪個方麵來看，他都可以擔起鞏固朝廷的重任。但是，狄仁傑此時需要麵對的境遇並不樂觀，因為在他之前，武則天已經罷免了包括張光輔在內的九位宰相，而且這些人不是被殺就是被流放，下場無一例外地淒慘。當然，在這些人遭到罷免的同時，他們身後錯綜龐雜的勢力也遭到了集中清洗，形單影隻的狄仁傑，應該是她真正想要任用的第一人。
對於這一點，從一件小事上就可以看出。當時，武則天對於權力的熱衷餘溫未退，舉國上下事無巨細都要過問。一天，有位官員拿著武則天的聖旨讓狄仁傑過目，居然是批複一位太學生的請假。於是，狄仁傑很快上書武則天，讓她盡量把手中的權力下放到官員手中，不要什麼事情都過問，這樣不僅會耗費她的心力，而且會讓朝廷的辦事效率下降。這樣的做法在當時是不可想象的，因為還沒有人敢對武則天提出不同意見，很多人甚至做好了看狄仁傑下台的準備。可是出乎所有人的意料，武則天欣然接受了狄仁傑的意見，從此不再過問那些旁枝末節的小事。