布斯死後不久，偵察人員開始著手收集有關他的信息。他們找到了一個煙鬥、一把獵刀、兩把手槍、一本日記、一個滴了蠟燭油的羅盤、一張加拿大銀行的300美元彙票、一個鑽石胸針，還有愛慕他的五個漂亮女人的照片。其中四個是演員：埃菲·哥特莫特、艾麗絲·格麗、海倫·韋斯特和“美人菲·布朗”。第五個來自倫敦的上流社會，出於對她後裔的尊重就不提她的名字了。
多赫特上校把鞍褥從馬背上一把扯下來，從加勒特太太那裏借來針，把屍體用毯子包裹縫起來。他給了一個名叫尼德·弗裏曼的黑人老人2美元，讓他把屍體拖到波托馬克河邊，一艘船正等在那裏。
陸軍中尉拉菲特·貝克在他的一本書《美國聯邦情報局之曆史》中第五百零五頁講述了那段去河邊的行程：
當貨車出發時，布斯已經不再流血的傷口又開始滲透出新鮮的血液。血從貨車的縫隙往下滴，滴在了車輪上，路上留下了可怕的幹血塊。血玷汙了貨車的木板，浸濕了毯子……一路上鮮紅的分泌物從屍體上慢慢滴個不停。
途中一件意想不到的事發生了。尼德·弗裏曼的舊貨車，用貝克的話說，是“搖搖晃晃、荒謬透頂”，它的裝置“好像要散架了”。不光是“好像要散架了”，而是在拉車的過程中，這個搖擺的舊貨車真的在路上散架了。一根主軸斷裂，貨車開裂了。前輪衝了出去，車體前部砰的倒在地上，布斯的屍體“往前傾斜過去，好像要做最後的逃跑”。
貝克中尉拋棄了這輛搖晃的廢車，從附近的農民那裏找來另一輛貨車，裝上布斯的屍體，匆忙趕到河邊。屍體被搬上了一艘政府的拖船，約翰·艾多將把它運到華盛頓。
第二天拂曉時分，消息傳開了：布斯被擊斃。他的屍體正躺在蒙特達克號上，由波托馬克河運往華盛頓。
首府震驚了，成千上萬的人趕到河邊看熱鬧，恐怖而好奇地望著運屍船。
下午，聯邦情報局的長官貝克上校帶著一條消息匆忙趕去見斯坦頓。他已經抓了一群公然違抗命令登上蒙特達克號的公民。其中一個女的還剪下了布斯的頭發。
斯坦頓被嚇住了。“布斯的每一根頭發，”他大聲說道，“都會被當做叛逆的遺產珍藏。”
他擔心那不僅僅是遺產那麼簡單，斯坦頓堅定不移地認為林肯的暗殺是傑弗遜·戴維斯和南方的領導者們策劃的一個險惡陰謀的一部分。他還擔心他們會劫走布斯的屍體，用它來激發南方奴隸主的武裝反抗之心，重新發動戰爭。
他下令盡一切可能立刻埋掉布斯的屍體，並且是秘密埋葬。必須把他隱藏起來，不留下瑣碎物品、衣物、頭發，不給南方邦聯留下任何用來發動戰爭的理由。
斯坦頓下達了他的命令。那天晚上太陽下沉躲進了一團火焰雲中。兩個男人，貝克上校和他的表兄貝克中尉，走進一艘小船。小船被拉向蒙特達克號，他們登上蒙特達克號，在岸上眾目睽睽之下做了三件事情：
首先，將布斯的屍體放下來，將他裝進鬆木槍箱，沿著輪船的一側吊到小船上；接下來他們放低鐵環和鐵鏈；然後他們自己爬上輪船，朝下遊去了。
岸上好奇的民眾的所作所為都在探員的精確預料之中：他們沿岸奔跑，你推我搡，涉水行走，興奮地談論著，決定要去看看送葬的輪船，看看屍體在哪裏下沉。
他們跟著航行中的船走了兩英裏了。黑夜降臨了河麵，雲遮住了月亮和星星，即使眼力最好的人也無法看清楚河中央的小船。
當探員們到達波托馬克河上最安靜的一個地方鵝鎮時，貝克中尉確定他們已經完全看不見了。於是他們將小船駛進一個沼澤地——一個臭氣熏天、長滿燈心草和水草的地方，也是軍隊拋下他們該死的馬和死騾的葬身地。
就在這可怕的沼澤地裏，這兩個探員等了幾個小時，聽著周圍的動靜，看看有沒有人跟著他們。他們隻能聽到牛蛙和莎草中水波的聲音。