在“府院之爭”中落下風，無法，黎元洪引故舊、長江巡閱使兼安徽督軍張勳入京斡旋。張勳率其“辮子軍”於6月14日進京“調停”，其實另有打算。在黎段之爭中已退居天津的段祺瑞對張勳進京自然是求之不得，可憐黎元洪盼星星盼月亮，好不容易盼來了救星卻沒想到是災星。入京後，張勳便解散國會，將黎元洪趕入使館區，推選馮國璋做總統。
馮國璋做了總統後，曾表示尊重責任內閣製，對於段用人行政和決策的決定都不幹涉，段對馮在態度上也比對黎時好得多。可是他們是兩個實力派，馮國璋頗有心機，且不同於黎元洪的是他在北洋軍係中有地位，有兵權，還有長江三督為後盾，因此當然不願意做一個和黎元洪一樣的受氣總統；段祺瑞則剛愎自用，決不肯放棄半點權力，因此兩人的爭執，一樣尖銳化。
爭執的第一遭，是軍權，這也是曆來總統、總理間的爭執焦點。馮國璋就任不久，就想恢複“大元帥陸海軍統率辦事處”，段當然不肯同意。段在國務院設立了“參陸辦公處”，以取代袁世凱時代的“統率辦事處”。馮要過問全國大事，不願做有名無實、像個泥塑的大總統，段在這一方麵總算讓了步，每天派一位官員向總統報告政情。
可是，總統、總理之爭，不是表麵的，或是一件事情上讓一點步就可以和緩，於是權力之爭使這兩位北洋巨頭，裂痕愈來愈大。馮、段兩人的暗鬥，就是北洋派直係和皖係的鬥爭開始。由於段廢除了《中華民國臨時約法》，拒不恢複國會，孫中山在廣州發起護法戰爭，在中國形成了南北對峙。北京政府中段祺瑞的皖係狂叫武力統一，而大總統馮國璋的直係力主停戰議和，直皖兩派鬥爭日趨尖銳。這兩係在軍事上各有力量，各有地盤，可是他們也各有弱點：直係占有長江三省地盤，然而湖北、江西和江蘇不相聯結，並且因為地形分散而力量不集中，尤其是江蘇更是處於皖係勢力的三麵包圍中。至於馮國璋自己身居北京，也是在皖係勢力範圍內。不過，皖係軍人紙上談兵的多，肯打硬仗的少，而且在用兵西南時，必須越過長江，要經過直係的地盤，直係地區雖然分散，卻是皖係用兵西南必經的孔道，所以段在征南軍事上必須要取得馮的支持。
段平時稱馮為“四哥”，可是麵對權利，這兩兄弟爭得更厲害！段與黎是水火相鬥，他們卻是真刀真槍！段的霸道與跋扈逼得馮國璋走投無路，於是自帶了一旅精兵，22箱子彈，以巡視南方戰場為名，沿津浦線南下，直奔南京老巢去了。段卻派心腹段芝貴在安徽半途截住了大總統，馮大總統不可能看不到圍在火車周圍的荷槍士兵，隻好眼望近在咫尺的南京恨在心頭不敢言聲，乖乖的回到北京，從此徹底放權給段祺瑞。
不曾想，張勳這位忠於皇室的“辮子軍”首領，在6 月份又搞了一出複辟的鬧劇。為了取得最大化的支持，張勳也盯上了失勢但還有實力的馮德麟，突然電召馮德麟進京。馮德麟正愁無法擺脫張作霖緊逼的大手，也是一時豬油蒙了心，竟然願以身家性命賭了一把。在他看來，張勳複辟成功，不愁加封進爵，榮歸東北，取張作霖而代之。到那時，封侯入相當不在話下，何懼張作霖一盛天將軍？