在企業的具體問題中，組織結構是第一步要考慮的，它猶如大樹的軀幹，決定了企業能否枝繁葉茂。企業組織想要設計得科學、合理一般要遵循一些原則，在這些原則的指導下，企業才能發展得更好。
一、拔高原則
在為企業進行組織結構的重新設計時，必須遵循拔高原則，即整體設計應緊扣企業的發展戰略，充分考慮企業未來所要從事的行業、規模、技術以及人力資源配置等，為企業提供一個幾年內相對穩定且實用的平台。
二、優化原則
任何組織都存在於一定的環境之中，組織的外部環境必然會對內部的結構形式產生一定程度的影響，因此企業組織結構的重新設計要充分考慮內外部環境，使企業組織結構適應於外部環境，謀求企業內外部資源的優化配置。
三、均衡原則
企業組織結構的重新設計應力求均衡，不能因為企業現階段沒有要求而合並部門和職能，在企業運行一段時間後又要重新進行設計，一句話：職能不能沒有，崗位可以合並。
四、重點原則
隨著企業的發展，會因環境的變化而使組織中各項工作完成的難易程度以及對組織目標實現的影響程度發生變化，企業的工作中心和職能部門的重要性亦隨之變化，因此在進行企業組織結構設計時，要突出企業現階段的重點工作和重點部門。
五、人本原則
設計企業組織結構前要綜合考慮企業現有的人力資源狀況以及企業未來幾年對人力資源素質、數量等方麵的需求，以人為本進行設計，切忌拿所謂先進的框架往企業身上套，更不能因人設崗，因崗找事。
六、適用原則
企業組織結構的重新設計要適應企業的執行能力和一些良好的習慣，使企業和企業員工在執行起來時容易上手，而不能脫離企業實際進行設計，使企業為適應新的組織結構而嚴重影響正常工作的開展。
七、強製原則
重新設計的組織結構必然會因企業內部認識上的不統一、權利重新劃分、人事調整、責任明確且加重、考核細致而嚴厲等現象的產生而導致幹部和員工的消極抵製甚至反對。在這種情況下，設計人員和企業老總要有充分的心理準備，采取召開預備會、邀請員工參與設計、輿論引導等手段，消除阻力，但在最後實施時，必須強製執行，嚴厲懲罰一切違規行為，確保整體運行的有序性，某些被證明不適合企業的設計可在運行兩三個月後再進行微調。
八、目標原則
組織是實現組織目標的有機載體，組織的結構、體係、過程、文化等均是為完成組織目標服務的；達成目標是組織設計的最終目標。通過企業組織結構的完善，使每個人在實現企業目標的過程中做出更大的貢獻。
九、適應創新原則
組織結構設計應綜合考慮公司的內外部環境，組織的理念與文化價值觀，組織的當前以及未來的發展戰略，組織使用的技術等以適應組織的現實狀況；並且，隨著組織的成長與發展，組織結構應有一定的拓展空間。
十、效率原則
企業的目標是追求利潤，同時將成本降低到最低點，效率原則是衡量任何組織結構的基礎。組織結構，如果能使人們（指有效能的人）以最小的失誤或代價（它超出了人們通常以貨幣或小時等計量的指標來衡量費用的含義）來實現目標，就是有效的。
十一、對象專業化原則
對象專業化是建立業務單元的基礎，業務單元是公司事業發展的基石，部門劃分應充分考慮勞動分工與協作，包括：采購、市場、生產、研發、技術支持等，充分考慮公司的現狀與資源，明確權限與責任。
十二、職能專業化原則
組織整體目標實現需要完成多種職能工作，包括：戰略規劃、計劃、控製、審計、資源配置等，對於以事業發展、提高效率、監督控製為首要任務的業務活動，應以此原則為主，進行部門劃分。
十三、管理層級原則
管理層級與幅度的設置受到組織規模的製約，在組織規模一定的情況下，管理幅度越大管理層級越少。組織管理層級的設計應在管理有效的控製幅度之下，盡量減少管理層級，以利精簡編製，促進信息流通。
十四、係統運作原則
組織運作整體效率是一個係統性過程，組織設計應簡化流程，有利信息暢通、決策迅速、部門協調，充分考慮交叉業務活動的統一協調，過程管理的整體性。