企業內部的部門是承擔某種職能模塊的載體，按一定的原則把它們組合在一起，便表現為組織結構。組織結構的設計除了要遵循一定的程序外，也有一些需要注意的事項。
組織結構設計，是通過對組織資源（如人力資源）的整合和優化，確立企業某一階段的最合理的管控模式，實現組織資源價值最大化和組織績效最大化。狹義地、通俗地說，也就是在人員有限的狀況下通過組織結構設計提高組織的執行力和戰鬥力。管理者在進行組織結構設計時，必須考慮六個關鍵因素：工作專門化、部門化、命令鏈、控製跨度、集權與分權、正規化。
企業組織結構的設計隻有按照正確的程序進行，才能達到組織設計的高效化。組織結構設計的程序如下：
1.業務流程的總體設計
業務流程設計是組織結構設計的開始，隻有總體業務流程達到最優化，才能實現企業組織高效化。
業務流程是指企業生產經營活動在正常情況下，不斷循環流動的程序或過程。企業的活動主要有物流、資金流和信息流，它們都是按照一定流程流動的。企業實現同一目標，可以有不同的流程。這就存在一個采用哪種流程的優選問題。因此，在企業組織結構設計時，首先要對流程進行分析對比、擇優確定，即優化業務流程。優化的標準是：流程時間短，崗位少，人員少，流程費用少。
業務流程包括主導業務流程和保證業務流程。主導業務流程是產品和服務的形成過程，如生產流程；保證業務流程是保證主導業務流程順利進行的各種專業流程，如物資供應流程、人力資源流程、設備工具流程等。首先，要優化設計的是主導業務流程，使產品形成的全過程周期最短、效益最高；其次，圍繞主導業務流程，設計保證業務流程；最後，進行各種業務流程的整體優化。
2.按照優化原則設計崗位
崗位是業務流程的節點，又是組織結構的基本單位。由崗位組成車間、科室，再由車間、科室組成各子係統，進而由子係統組成全企業的總體結構。崗位的劃分要適度，不能太大也不能太小，既要考慮流程的需要，也要考慮管理的方便。
3.規定崗位的輸入、輸出和轉換
崗位是工作的轉換器，就是把輸入的業務，經過加工轉換為新的業務輸出。通過輸入和輸出就能從時間、空間和數量上把各崗位縱橫聯係起來，形成一個整體。
4.崗位人員的定質與定量
定質就是確定本崗位需要使用的人員的素質。由於人員的素質不同，工作效率就不同，因而定員人數也就不同。人員素質的要求主要根據崗位業務內容的要求來確定。要求太高，會造成人員的浪費；要求太低，保證不了正常的業務活動和一定的工作效率。
定量就是確定本崗位需用人員的數量。人員數量的確定要以崗位的工作業務量為依據，同時也要以人員素質為依據。人員素質與人員數量在一定條件下成反比。定量就是在工作業務量和人員素質平衡的基礎上確定的。
5.設計控製業務流程的組織結構
這是指按照流程的連續程度和工作量的大小，來確定崗位形成的各級組織結構。整個業務流程是個複雜的係統，結構是實現這個流程的組織保證，每個部門的職責是負責某一段流程並保證其暢通無阻。崗位是保證整個流程實施的基本環節，應該先有優化流程，後有崗位，再組織車間、科室，而不是倒過來。流程是客觀規律的反映，因人設機構，是造成組織結構設置不合理的主要原因之一，必須進行改革。
以上5個步驟，既有區別又有聯係，必須經過反複的綜合平衡、不斷地修正，才能獲得最佳效果。