企業組織部門的劃分方法有很多，如：職能劃分法、程序劃分法、業務劃分法、區域劃分法、貢獻分析法、關係分析法等，根據企業自身的特點進行劃分是最為重要的。
組織中常用的部門劃分方法有人數劃分法（如軍隊中各級作戰單位的設置等）、時間劃分法（如生產企業中早、中、晚班的設置）等多種方法。但工程項目組織管理中常用的部門劃分方法主要有職能劃分法、程序劃分法、業務劃分法、區域劃分法等。因為，在工程項目管理當中，既有單一的項目管理，也有多項目管理的情況。部門劃分方法往往既存在於單一的項目管理，也可能存在於多項目管理。
1.職能劃分法
職能劃分法就是以組織中的主要職能為劃分基礎，將相同性質的職能置於同一部門內，由該部門負責組織內這一職能的執行。例如，內設經營部、財務部、行政部、技術經濟部、基礎設施部等。
根據生產專業化的原則，以工作或任務的性質為基礎來劃分部門。這些部門可以被分為基本的職能部門和派生的職能部門。基本的職能部門（也稱企業的職能）處於組織機構的首要一級，在每一個基本職能之內一般還需進一步細分，細分的結果就形成了派生的基本職能。細分的前提是基本職能部門的管理人員感到其管理幅度太大，不能有效地管理時，才需要建立派生的職能部門。
按職能劃分部門的優點在於，遵循了分工和專業化的原則，因而有利於充分發揮專業職能，使主管人員的注意力集中在組織的基本任務上，有利於目標的實現，同時它簡化了訓練工作，為上級主管部門提供了進行嚴格控製的手段。但是這種劃分容易使各主管部門的專業人員產生“隧道視眼”，即除了自身領域之外，其他什麼也看不見，從而給各部門之間的橫向協調帶來一定的困難。
對於單一項目的項目公司，其內部可以按職能劃分法來進行管理，對於一個大型公司管理不同的項目有時也會按這種劃分法來設置部門。
2.程序劃分法
程序劃分法就是以組織內的主要工作程序為劃分基礎，將程序劃分成可識別的若幹個階段，每個部門負責完成一個或幾個階段的工作。例如工程項目管理公司部門劃分：市場開發部、項目設計部、施工管理部、維修檢查部等。
程序劃分法有利於專業人員的培養和作用的發揮，但各部門之間容易出現銜接問題，需要有一個部門或小組去進行協調與組織。
3.業務劃分法
業務劃分法，就是按業務序列進行部門劃分，即把完成相同或相近專業的項目劃入一個部門當中，例如水電項目部、電子項目部、農林項目部等。這種分類方法也可能是按某具體項目進行劃分，例如××機場監理部、××高速公路建設管理部等。
按業務劃分法設立部門有利於發揮專業人員的專業特長，有利於培養項目管理人員的項目分析與管理能力，不足是對於各部門都需要的一些專業，如技術經濟專業、財會專業、信息管理、法律等人員整體需要量大，但這些人員在某一具體部門的工作量又往往不夠飽滿，造成人力資源的浪費。
這種劃分方法往往是一個多項目的管理公司，如谘詢公司、專業項目管理公司等。
4.區域劃分法
區域劃分法是根據項目組織所在的不同地理位置或不同地理位置來源設立組織部門的方法。按區域劃分法有利於根據不同地區的經濟特點、民族風俗習慣、當地政策、法律環境、語言環境等來開展工作。
因此對於業務範圍在地域上分布較廣，業務量集中在某幾個地區的管理組織來說這種劃分方法是適宜的。這種方法是在組織的地理位置分布於不同地區，各地區的政治、經濟、文化等因素影響到組織的經營管理時，把某個地區或區域內的業務工作集中起來，委派一位經理來主管其事。其目的是調動各個地區的積極性，從而取得地方化經營的優勢效益。