開除違紀員工主要有三種處理方式：開除、除名、違紀辭退，這三種懲處方式各自又有聯係和區別。
一、開除、除名、違紀辭退三種懲處方式的聯係與區別
開除、除名、違紀辭退之間的聯係就在於它們都是用人單位對違紀職工的行政懲戒方式。
三者之間的區別主要是：
1.作為懲戒方式，它們的類別、審批時效不同。
開除是屬於行政處分，而且是最嚴厲的一種處分。其處理時效為：從證實職工犯錯誤之日起5個月之內審批完畢。
除名和違紀辭退屬行政處理，不屬行政處分之列。因此對它們沒有具體的審批時效規定，但原則要求應對犯錯誤職工及時進行處理，不得無故拖延處理時間。
2.作為懲戒方式，它們的適用對象及其條件不同。
開除處分適用於嚴重違法亂紀的職工，主要包括以下幾種情況：1）被判刑並入監服刑的；2）二次勞教被注銷城市戶口的；3）留用察看期間表現仍不好的；4）嚴重犯有《企業職工獎懲條例》第十一條所列七項錯誤行為之一的。
除名僅適用於無正當理由經常曠工，經教育不改，連續曠工時間超過15天，或者一年以內（按自然年度計算）累計曠工時間超過30天的職工。
違紀辭退則適用於犯有《國營企業辭退違紀職工暫行規定》第二條所列七項錯誤行為之一，且經教育或行政處分無效的職工。一般是指那些大錯不犯、小錯不斷的職工，他們所犯錯誤程度既夠不上開除，也夠不上除名。
3.作為懲戒方式，它們的實施程序不同。
開除處分，按《企業職工獎懲條例》規定，應由廠長（經理）提出，由職工代表大會討論決定。
違紀辭退，按照《國營企業辭退違紀職工暫行規定》，應由車間、科室提出職工違紀的證據和處理意見，在聽取工會意見後，由廠長（經理）決定予以辭退。
除名，法規沒有實施程序的具體規定，但在實踐中，許多企業是參照辭退違紀職工的程序，在征求工會意見後，由廠長（經理）作出決定。
另外，2001年10月6日國務院發布了319號令，廢止了一批行政法規，其中包括《國營企業辭退違紀職工暫行規定》。因此，國營企業處理違紀職工不能在依據該《暫行規定》。
二、解除勞動合同與開除、除名、違紀辭退的聯係與區別
解除勞動合同與開除、除名、違紀辭退之間的聯係主要是：它們都是解除勞動關係的一種方式；開除、除名、違紀辭退合同製職工時，可以采用解除勞動合同的方式，須在解除合同的通知書上注明：“因違紀被開除或者除名、辭退而被解除勞動合同。”即可。
它們的區別主要有以下幾點：
1.各種方式的運用主體不同。
解除勞動合同的方式，用人單位可以運用，勞動者也可以運用，雙方還可以協商一致共同運用。而開除、除名、違紀辭退三種方式，隻有用人單位才可能運用，勞動者沒有這種權力。
2.各種方式的適用對象不同。
解除勞動合同的適用對象是用勞動合同建立勞動關係的雙方當事人，即用人單位和勞動合同製職工。而開除、除名、違紀辭退的適用對象則是違犯勞動紀律的合同製職工和固定職工等。
3.各種方式的適用原因不同。
解除勞動合同適用的原因是多種性質的。有的是懲戒的，如：職工嚴重違反勞動紀律或者用人單位規章製度，而被用人單位解除勞動合同；用人單位以暴力、威脅或者非法限製人身自由的手段強迫勞動者勞動，被勞動者解除勞動合同等情況。有的是非懲戒性的，如：勞動合同訂立時所依據的客觀情況發生重大變化，致使勞動合同無法履行，經當事人協商不能就變更勞動合同達成協議，而解除勞動合同的情況。還有其他一些原因，如職工在試用期內被證明不符合錄用條件而被用人單位解除勞動合同的情況，既不是懲戒性的，也不是非懲戒性的，或者說既含有懲戒性的因素，也含有非懲戒性的因素。
開除、除名、違紀辭退適用的原因，則是單一性的，即屬於懲戒性的原因。
另外需要說明的是，從發展的角度看，將來懲戒職工的手段可能會簡化為隻有違紀辭退和違紀解除勞動合同兩種，更便於用人單位行使自主權，以及勞動爭議的處理。然而目前還需要按現行的法規、規章辦理。2001年10月6日，國務院發布了319號令，廢止了一批行政法規，其中包括《國營企業辭退違紀職工暫行規定》。因此，國有企業處理違紀職工除依據《企業職工獎懲條例》之外，主要就是依據《勞動法》第25條的規定，解除違紀職工勞動合同的方式。