從十一屆三中全會前後開始，鄧小平領導我們黨進行撥亂反正。總結曆史，開創了改革開放和集中力量進行社會主義現代化建設的曆史新時期，形成和發展建設有中國特色社會主義的新理論。十五大作出高舉鄧小平理論的旗幟的決策，正是十一屆三中全會以來曆次黨的全國代表大會在理論旗幟問題上的決策的進一步發展。
曆史證明，舉起毛澤東思想的正確旗幟，給黨和人民帶來偉大的勝利。
“文化大革命”的錯誤，給黨和人民帶來巨大的災難。糾正“文化大革命”實踐和理論的錯誤，在新的曆史條件下繼承和發展毛澤東思想，舉起鄧小平理論的正確旗幟，中國社會主義事業從危難中重新奮起，取得改革開放和現代化建設的新的偉大勝利。這樣一種大跨度的曆史比較，鮮明地顯示出旗幟問題、指導思想的理論問題，對於我們事業的興衰成敗具有何等重要的意義。
在每一個曆史時期，黨的中央都必須有鮮明的旗幟，使全黨“有所指望”、“知所趨赴”。堅持鄧小平理論，在實踐中創造性地運用、豐富和發展這個理論，這就是中國共產黨的曆史責任。
黨的十五大明確提出鄧小平理論是黨的指導思想，並將其在黨章中確立下來，明確規定：中國共產黨以馬克思列寧主義、毛澤東思想、鄧小平理論作為自己的行動指南。這是我們黨經過近二十年改革開放和社會主義現代化建設的成功實踐作出的曆史性決策。作出這個決策，表明以江澤民為核心的黨中央第三代領導集體和全黨把鄧小平開創的建設有中國特色社會主義事業全麵推向新世紀的決心和信心，也反映了全國人民的共識和心願。這也是我們黨對鄧小平理論曆史地位的認識逐步深化的必然結果。
偉大的事業，必須有偉大的理論指導。科學的革命理論是共產黨人的靈魂和指南。中國共產黨是非常重視理論指導的黨。中國人民找到了馬克思列寧主義，中國革命的麵貌為之一新。馬克思列寧主義同中國實際相結合有兩次曆史性飛躍，產生了兩大理論成果。第一次飛躍的理論成果是被實踐證明了的關於中國革命和建設的正確的理論原則和經驗總結，它的主要創立者是毛澤東，我們黨把它稱為毛澤東思想。第二次飛躍的理論成果是建設有中國特色社會主義理論，它的主要創立者是鄧小平，我們黨把它稱為鄧小平理論。這兩大理論成果都是黨和人民實踐經驗和集體智慧的結晶。黨從誕生之日起，就把馬克思列寧主義確立為自己的指導思想。經過遵義會議和延安整風，黨的七大又把馬克思列寧主義的理論與中國革命的實踐之統一的思想——毛澤東思想，確立為黨的指導思想。現在，在十一屆三中全會和十二大、十三大，特別是在十四大的基礎上，黨的十五大又把馬克思主義同當代中國實踐和時代特征結合起來的鄧小平理論確立為黨的指導思想。
確立鄧小平理論為黨的指導思想有一個過程。黨的十一屆三中全會以後，在鄧小平理論這一當代中國的馬克思主義形成和發展過程中，全黨逐漸認識到它是我們黨領導改革開放和現代化建設的指導思想。黨的十三大報告在第一次使用“建設有中國特色的社會主義理論”概念的同時，也第一次指出馬克思主義與中國實踐的結合有兩次曆史性的飛躍。黨的十三屆四中全會形成以江澤民為核心的黨中央後，我們黨對這一理論及其曆史地位的認識更加深刻。1989年，江澤民在國慶40周年大會上指出：“鄧小平同誌關於建設有中國特色社會主義的理論，是經過十年實踐檢驗而為億萬人民所認識和接受的科學理論，是指引我們繼續前進的旗幟。”經過黨的十三屆五中全會、七中全會、江澤民在建黨70周年慶祝大會上的講話和1992年6月9日在中央黨校的講話，對鄧小平建設有中國特色社會主義理論作了進一步的總結和概括，指出這一理論“是在新的曆史條件下對馬列主義、毛澤東思想的重大發展”，“標誌著我們的社會主義事業進入了一個新的發展階段，標誌著我們黨對社會主義的認識實現了一個新的飛躍”。黨的十四大比較係統地概括了這一理論的主要內容及其貢獻，明確提出了“用鄧小平同誌建設有中國特色社會主義的理論武裝全黨”的戰略任務，指出“學習馬克思列寧主義毛澤東思想，中心內容是學習建設有中國特色社會主義的理論”，實際上確立了這一理論在全黨的指導地位。這是十四大最大的曆史性貢獻之一。十四大之後，在落實用科學理論武裝全黨的曆史性任務的過程中，我們進一步認識到鄧小平理論是指導中國人民建設有中國特色的社會主義事業的“主心骨”，是保證中國在改革開放中勝利實現社會主義現代化的唯一正確的理論。1993年11月2日，江澤民在學習《鄧小平文選》第二卷報告會上的講話中指出，鄧小平建設有中國特色社會主義理論，是馬克思主義同中國實際相結合的最新成果，是我們黨付出了巨大代價獲得的極為珍貴的精神財富，是我們黨和人民進行新的曆史創造的科學總結，是我們發展社會主義的偉大旗幟。黨的十四屆六中全會決議在論述精神文明建設的形勢時，把這一理論的形成和發展，說成是“黨的指導思想”的“曆史性飛躍”。這是黨的文獻中第一次直接使用“指導思想”的提法。鄧小平同誌去世後，在《告全黨全軍全國各族人民書》和江澤民同誌在追悼大會上致的悼詞中，更加直接明確地指出這一理論“是中國共產黨的指導思想和中華民族的精神支柱”，同時號召全黨全國人民“更高地舉起鄧小平建設有中國特色社會主義理論的偉大旗幟”。