薩長倒幕派十分清楚，幕府所謂的“奉還大政”其實不過是緩兵之計罷了，於是他們提出堅決倒幕的主張。1868年1月1日的夜裏，天皇朝廷向薩摩、土佐、藝州、尾張和越前藩主下達了命令，由五藩兵力守護禁闕。1月3日，三條實美、中山忠能、岩倉具視等公卿，還有熾仁親王、晃親王、純仁親王和德川慶勝、山內豐信等藩主以及五藩藩士代表西鄉隆盛、大久保利通等聚集在皇宮中，擬定並發布了《王政複古大號令》。在這天夜裏，他們還在皇宮之中的小禦所召開了會議，商討新政。
在會議上，岩倉具視對以往幕府的敗筆做了一一陳述，他表示德川慶喜必須要“辭官納地”，岩倉具視的意見得到了薩摩和藝州藩主的支持。而此時的西鄉則正率領兵士在會場四周嚴陣以待，以施加壓力。於是，會議最終做出了讓德川慶喜“辭官納地”的決定，並宣布“王政複古”、實行新政的“大號令”。這次的宮廷政變之後，取代德川幕府的明治天皇政權宣告成立，日本帝國在1868年開始正式建立。
一直企圖用韜晦之計的德川慶喜在宮廷政變後，於1月8日和13日，在大阪推翻了《王政複古大號令》。緊接著在1月27日，以薩、長兩藩兵力為主力的明治政府軍的5000人，和前來反撲的幕府軍的1.5萬人，在京都南部的鳥羽、伏見地區展開了激烈的戰鬥，幕府軍大敗，德川慶喜逃到了江戶，戊辰戰爭由此開始。
政府軍此時大舉東征，逼迫德川慶喜在5月3日交出江戶城。政府軍在11月上旬時，平定了東北地區諸藩的叛亂；1869年春天，開始出征北海道；6月27日攻下了幕府軍隊的殘餘勢力所盤踞的最後據點函館五郭，至此戊辰戰爭結束，幕府軍最終以失敗告終。
1868年4月6日，以天皇為首的新政府，發布了具有政治綱領性的《五條誓約》。6月11日，公布了《政體書》，稱“天下之權力皆歸太政官”，並把“太政官之權力分為立法、行政、司法三權，使無偏重之患”。按照這個原則，天皇政權實行了首次的“太政官製”。在9月3日，天皇下詔改江戶名為東京。10月23日，把年號改為“明治”，取自中國《易經》中“聖人南麵聽天下，向明而治”，一句中的“向明而治”，並規定從此一代天皇隻用一個年號。翌年4月，天皇遷都東京。
從此之後，以天皇睦仁為首、由改革派武士掌握實權的新政府，開始實行“維新”。“維新”就是變革的意思，其實就是實行一係列資本主義改革。
明治天皇在1869年7月25日，下詔接受各藩奉還領地和戶籍，以前的藩主也不再沿用舊稱，而新稱為藩知事，或統稱為“華族”，而一般的武士則稱為“士族、卒”。1871年8月29日，“廢藩置縣”開始實行，舊藩主藩知事的職務被解除，近代府縣製度開始建立，封建領主的統治權力也被取消，全國的行政區被重新劃分為3府72縣，由中央政府任命的府、縣知事管理。
進入明治時代的日本，在確立並鞏固了以天皇為首的帝國新政府後，就不遺餘力地大力推進日本資本主義化。銳意改革是明治政府發展的大方向。在經濟上，地稅改革是最值一提的一項根本性舉措。帝國政府在宣布地稅改革之前，就國內的具體情況，就采用了一係列解放農業生產力的措施，那些措施對擴大種植作物品種的數量，使土地買賣領域流暢、鼓勵農民從事其他職業等方麵都起到了很好的作用。
1873年7月28日，《地稅改革條例》得以頒布，該條例中明確規定，以耕地的法定價格作為全國統一的課稅標準，地稅的稅率定為法定地價的3%，另征1%的附加稅。地稅一律用貨幣交納，法定納稅人是從國家領取土地執照，且擁有土地所有權者。從某種程度來說，當時的地稅改革意義重大。它不僅是使日本近代的土地稅製度得以確立，從法定意義上廢除了幕藩封建領主土地所有製。地稅改革中所涉及的廢除各種封建限製，也使日本的農業生產力得到了促進和發展，為日本農業走上了近代化的發展道路掃清了障礙，日本政府也得到了穩定的財政來源。
日本帝國政府為了在日本建立並全麵發展資本主義，還製訂了一項重大的經濟改革製度“殖產興業”。這是一項希望運用國家政權的力量，通過各種政策手段和動用國庫的資金，加緊推行資本原始積累，並以國營軍工企業為主導，按照西方的樣板，大力扶植資本主義發展的政策方針。
當然，要推行這項製度，首先就要解決資金的問題。日本帝國政府從之前已經進行的地稅改革中所獲取的巨額土地稅收入則正好派上用場。不僅如此，日本政府還實行了貨幣金融政策，大量發行紙幣，之後又提高了稅率、增收了新稅；日本政府采取的金融緊縮的政策，實際上就是對人民進行了雙重的剝削，他們還用發行公債的方法，籌集了大量的資金。而對外，日本則是將之前在自己身上所受的痛苦照搬在鄰國身上，他們也通過向亞洲一些近鄰的國家，實行侵略掠奪，來獲取本國擴展經濟的資金。
資金不成問題，“殖產興業”政策的推進也就穩步前進。在實行“殖產興業”的第一階段，由國家的資本帶頭，日本創辦了官營企業、實行資本主義工業化。很快，日本進入到“殖產興業”的第二階段。在1880年之後，日本頒布了《處理官營企業條例》，這一次主要是以大力扶植和保護私人資本主義發展為主。