美日兩國之間隨著經濟力量對比的變化，經濟摩擦不斷擴大，程度也在不斷深化。兩國經濟力量的差距逐漸縮小，當日本成為世界上最大的債權國、第三大製造品出口國，並在高科技等多方麵處於領先地位的時候，美國每年的財政赤字高達3000億美元，90年代初期的外債高達10000億美元。經濟矛盾的加劇不可避免地影響到了兩國關係的其他方麵，兩國政治合作明顯鬆弛，並很有可能危及到美日軍事同盟關係。麵對經濟摩擦加劇的危險處境，美國政府強行要求日本向美國商品開放市場，但是令美國失望的是日本根本沒有理睬美國的要求，仍然自行其是。為 了 進 一 步 加 強 對日協調，美國提出了《美國的東亞太平洋地區安全戰略》。在 報 告 中 美 國 強 調 了 與 日本聯盟的巨大的戰略意義，並提 出 希 望 能 夠 擴 大與日本的全球戰略型夥伴關係的合作範圍，諸如加強救濟難民、核不擴散、環保等領域的合作。這一報告的提出表示美國對日戰略已經從政經分離走向政經不可分。
1992年初，美國總統布什訪日並發表了《全球夥伴關係行動計劃》和《東京宣言》，美國強調了加強對日協調的重點：加強日美安全同盟，增加安全方麵的合作；緩和經濟上的緊張局麵，保持平衡，鞏固經濟基礎；實現全球性的戰略夥伴合作關係；加強文化方麵的相互理解。同時，布什還強調兩國同盟的關係是牢固的，是確保東亞穩定的核心力量，冷戰後加強美日合作是解決世界性或地區性問題所必不可少的。此外美國還肯定了兩國在經濟方麵所取得的進展，對美國來說，日本是美國軍隊在亞洲的前沿基石。經濟摩擦雖然不斷加劇，但是防衛合作卻在不斷強化。1993年4月，當時的日本首相宮澤喜一訪問日本，日美就兩國的夥伴關係正式下了定義為政經不可分原則。在前蘇聯解體之後，為了鞏固日美同盟關係，美國總統、副總統、國務卿等紛紛要求訪問日本，希望通過支持日本保守黨能夠保證美國在亞洲乃至太平洋地區的利益。1992年美國國防部應國會要求修改了《亞太地區戰略格局》報告，新報告根據前蘇聯解體之後國際社會的變化，尤其是近期朝鮮的“核嫌疑”問題，對冷戰後美國的亞太戰略做出了補充和調整。其主要內容就是加強日美同盟合作的關係，繼續把日本作為美國重要的太平洋盟國和美國亞太地區防禦戰略的基石，繼續把矛頭對準俄羅斯、朝鮮和中國，其出發點就是聯合日本來製約中國。
該報告重新肯定了駐日美軍的必要性，借助日本來保障美國在亞洲的軍事威懾。駐日美軍除了日本外，還要參與維持整個遠東地區的和平與安全。日本增強防衛力量提高了日美安全體係的質量，但是還有很多方麵還存在著不足，早期預警、艦對空防禦、防空及防導彈都存在很多漏洞。1993—1995年，駐日美軍進行了第二階段的削減計劃，駐衝繩美軍減少了700人，還將每個F—15飛行隊的飛機從24架減少到18架。1993年初日美《東京宣言》重申日本將繼續提供地區和設施給美國，並承擔更多的美軍駐留費。20世紀90年代，很多跡象都表明日美合作關係的不斷加強。加強各方麵與日本的聯係保證了美國在亞洲的長期發展戰略的實施，既支持了日本“政治大國”進程，又遏製了日本過快的政治攻勢，符合美國的根本利益。
1994年11月，美國國防部負責國際安全事務的助理國防部長約瑟夫·奈訪問日本，在和日本高級官員密切廣泛接觸之後，他 向 美 國國防部提交了要求調整對日政策、重 新定 義 安 保 體製的備忘錄。該備忘錄成為美國政府之後製定對日政策的藍本，並 於 次 年 發表了《東亞及太平洋地區安全戰略報告》。報告分析了冷戰後的東亞地區以及全世界安全形勢之後，認為東亞地區仍然有威脅安全的因素存在，因 此 美 國 將 終 止 戰鬥力削減方案，將增強美國對這一地區的影響力，維持對日韓等同盟國的保護和現有的10萬人的戰鬥前沿部隊。駐日美軍是美國實現亞太安全戰略的基石，使美國在太平洋地區具有全球性威懾做出迅速和靈活反應的能力。該報告再次強調了日美關係的重要性，認為兩國的雙邊關係是美國太平洋安全政策及全球戰略目標的根本，美日安全聯盟是美國亞太安全政策的關鍵，並 表 示 支持日本積極參加防止核武器擴散、維持和平行動和人道主義救援等活動。