那時武昌失陷，警耗傳入京師，崇禎帝聞楚王被溺，又大哭了一場，諭知兵部，調兵赴援。兵部尚書任逢龍，飛檄總兵左良玉，率部剿滅義軍。左良玉因河南失陷，正苦無處容身，接到上諭，集總兵方國安、常安國各統部眾分水道陸路，雙方並進。李自成聽得張獻忠襲取武漢，自稱西王，鑄印錄士，和自己幾分庭抗禮起來，便致書於獻忠道：“曹操羅汝才，老回回馬守殷，千裏眼賀一龍，左金玉，袁時中等，都已見誅，現在屈指算來，早晚要砍你的頭顱了。”張獻忠得書，又氣又畏自成勢大，隻得備了金珠數十車，往獻李自成。自成收了金珠，立斬來使。張獻忠大怒，方要起兵和自成拚死，忽報總兵左良玉領兵殺到。獻忠倉卒出戰，被殺得大敗，左良玉飛章告捷，崇禎帝閱奏大喜，下旨加左良玉為右都督，方國安、常安國各擢將軍。
再說洪承疇被滿洲文皇後所賺，投順了清朝，他當時部下的將士，如總兵吳嘉祿、王國安等，隻知道承疇失蹤，是遭敵人的暗算，不曾曉得承疇降清。清軍又乘軍中無主，由武應郡王阿濟格，肅郡王豪格，豫王多鐸，鄭親主齊爾哈朗，貝勒巴布達、巴布海，睿親王多爾袞等，率著勁卒，一陣地掩殺，明兵抱頭四散，無心迎戰。總兵吳嘉祿等陣亡，白遇春、陳福祥兩總兵降清，其餘副將遊擊，多半被擒投誠，二十萬大兵，逃散的一小半，死傷的一半，還有一小半，便投順清軍了。清軍乘勝進兵，宣府日危，大同陷落，關內震駭。幸得清軍並不進迫，隻任意擄掠一會，恐明朝大軍會剿，因此把掠得的輕重餉糈，人民的金銀寶物，裝載了五百多車，綿亙六七十裏，一路唱著凱歌，滿載歸去了。
崇禎所得宣、大兵馬敗耗，及洪承疇失蹤的消息，隻當洪承疇是為國盡忠了，崇禎帝倒很為震悼，當時下諭，賜祭十六壇，並命設立專祠，春秋祭奠。承疇子才誕生六月，以國學記名，封承疇公爵，諡號著禮部擬頒，子孫世襲公爵。又賜承疇家中喪葬金萬兩，派大學士李建泰、尚書方逢年兩人，為承疇主理葬事。又諭令翰林院撰成祭文，崇禎帝親臨吊奠，由大禮官開讀祭文，詞意哀切，一時隨駕大臣，以及親王等，無不為之垂淚。那篇祭文，讀得非常地淒楚悲愴。待到讀罷，崇禎帝忍不住放聲痛哭，把幾年來的鬱憤憂愁，一齊湧上心頭。越哭也就越覺得感傷，文武百官，侍禮下臣，宮監侍衛，個個泣不可仰。尤其是洪承疇的幾個姬妾，都哭得哀痛欲絕。一座經略府中，頓時罩滿了慘霧愁雲，大家正哭到難解難分的當兒，經內侍入白周皇後和懿安皇後（熹宗張後），深怕崇禎帝感傷太過，由周皇後乘著鑾輿，領了田貴妃與袁妃，向崇禎帝再三地慰勸，總算把崇禎帝勸回宮中。那時朝中的大小臣工，見崇禎帝這樣優遇洪承疇，誰不豔羨？都說是異數。誰知過不上幾個月，塞外傳進消息來，謂洪承疇並不曾死節，實已投順清朝了。崇禎帝聽了，不禁懊悔不迭，當即下諭，把賜給洪承疇的爵祿諡號一一褫奪；又命毀去專祠，將承疇的家屬，一齊逮係進牢，家產一例入官。這樣的一來，都下把這些事情當作了笑話講，氣得崇禎帝連話也說不出來，足足嗟歎了三四天，還是恨恨不已。