社會團體和企事業單位的公文處理缺乏統一規範《中國共產黨機關公文處理條例》適用於黨的各級領導機關及其工作部門，《國家行政機關公文處理辦法》適用於各級國家行政機關，而社會生活中還有大量的社會團體如共青團、工會、婦聯、社科聯、文聯、科協以及大型國有企業單位、大型事業單位，他們在機關的運作和管理模式上與黨政機關有許多相近的方麵，而且與黨政機關之間有著經常性的文件交流，從公文統一的角度，應當探索和建立統一的公文處理規範。在條件不具備時，可以考慮社會團體參照《中國共產黨機關公文處理條例》執行，企事業單位參照《國家行政機關公文處理辦法》執行。
各類文種缺乏統一的規範解釋與界定《中國共產黨機關公文處理條例》規定的14種文種和《國家行政機關公文處理辦法》規定的13種文種，都隻是籠統地提示了基本用途，而社會實踐中的情況十分複雜，這些簡易的提示在實踐中很難準確把握和統一。因此，應當考慮對兩個規定製定具體的實施細則。
一些省市製定了實施細則，但仍然顯得較為籠統，而且省市之間在公文文種的理解和把握上應當盡量一致為宜。
公文文種運用中存在的主要問題有以下幾個方麵：請示與報告的使用和處理問題《中國共產黨機關公文處理條例》和《國家行政機關公文處理辦法》規定，請示用於向上級機關請求指示、批準，報告用於向上級機關彙報工作、反映情況、提出建議，答複上級機關的詢問。應當說這個規定是比較明確的，但在實踐中普遍存在一個以是否答複作為區分請示與報告的認識的誤區，並將是否需要答複作為文種選用的依據，認為凡是需要答複的，使用請示，不需要答複的，使用報告。於是下級機關在行文時，為了讓上級機關予以答複，往往把本來應當使用報告的文種使用為請示，顯得十分別扭。比如某縣發生地震，該縣政府為了向上級政府報告情況，並得到上級的指導、幫助，就寫一份《縣人民政府關於我縣發生地震的請示》，這無論從語法還是語義的邏輯關係來講都是十分不當的，難道要請示上級批準讓你發生地震嗎？其實，公文處理的規範是很明確的：其一，公文處理法規的解釋是“對情況報告一般不用答複”，這是十分明確的，限定在情況報告一類的報告，而不包含其他的報告；其二，不答複指的是“一般”情況，就是說也有不少報告是需要答複的，這也是很清楚的問題，但現在很多寫公文的專業人士都認為寫成報告不答複，如果需要答複就要寫成請示。
另外，工作中一些純屬上級機關職權範圍內的事情，當下級機關上報時，雖然是需要上級機關答複的，但也不宜使用請示。比如某縣人民政府希望把地處本縣的某個大型水利工程的建設列入上級政府的國民經濟和社會發展計劃，這種情況使用請示就不合適，請示是請求指示或者請求批準，上級無論是指示或批準，對該縣來講都沒有指導意義，因為縣裏根本就實施不了。自己不能辦的事情不應當使用請示，因為工程建設的資金和工程的實施是由上級政府掌握的，因此應該使用報告。
很明顯，以是否答複作為文種區分和選擇的依據，已經遠離了文種本身的內涵和外延範圍，公文文種選用與公文如何辦理，是兩個不同質的範疇，在實踐中也是兩個完全不同的操作環節，這種把公文的辦理與文種的使用生拉活扯在一起的做法，顯然是不妥當的。我認為，選擇請示還是選擇報告，應當根據事項本身的內容和行文目的，而不是是否需要答複。從公文的功能而言，報告不是當然地都不答複，而隻是一般的情況報告可以不答複。在公文寫作和處理實踐中，需要答複的也不僅僅是請示，還有其他多種文種都可能是需要答複的，如“函”、“報告”等。
過去許多單位經常使用“請示報告”，其實請示和報告是兩種不同的公文，不能合用，現在已經成為大家的共識。但是，另外一個問題又出來了。兩個公文管理的規範性文件出台以後，大家在理解公文文種的過程中，把請示和報告的內容又完全割離開了，認為請示裏麵不能夾帶報告事項，請示就隻能請示，不能報告，事實上這也不盡科學，上級機關答複請示的前提就是要全麵準確地知曉情況，下級機關不把情況報告清楚上級機關就無法批準或指示，報告情況是請示事項的前提。“請示”和“報告”的文種不可混淆，但內容卻是交叉的。
通告、公告的濫用問題根據公文處理規範，通告適用於公布各有關方麵應當遵守或者周知的事項，公告適用於向國內外宣布重要事項或者法定事項。這兩種文種都是權威性和文件效力較高的文種，往往具有公共管理的涵義，並帶有一定的行政強製性，尤其是政策性通告和公布法定事項的公告。
從其內涵來講，一般要較高層次的行政機關才可以使用通告和公告，但在實踐中各種性質的機關和各個層次的機構都經常使用通告、公告，每天的報紙一打開滿篇都是通告、公告，這是不夠嚴肅的，應當考慮通過公文管理法規的形式來確立通告、公告的法律地位和法定用途，並探索社會團體、企事業單位和其他各類社會組織的相應文種的建立，使其與行政機關使用的通告、公告相區別。
機關之間的關係與請示和函的文種選擇以及發送標示問題公文寫作實踐中一個普遍存在的突出問題是同級別不同職能不同地位機關之間的請示與函的混淆問題。這類機關主要以下幾種情況：一是機關各部門、下級機關與機關的辦公廳室之間，如市衛生局與市政府辦公室之間、縣人民政府與市政府辦公室之間；二是上級機關的職能部門與下級機關之間，如市民政局與縣人民政府之間；三是法定管理職能機關與其他機關之間，如市人事局與請求批準調動幹部的市廣電局之間、市財政局與申請核撥經費的市農業局之間。