看起來，與傳統舊式文人的生平履曆相類的丁福保，似乎就此應在名師指引和勤學博識的道路上究其一生。然而，光緒二十四年（1898年），二十五歲的丁福保因任職算學教習，位卑薪低，深感乏錢之苦。在一次研讀《史記·貨殖傳》之際，忽然省悟“謀生之術，技藝為先”。這也是他後來棄文從醫，並廣涉房地產、出版發行、雜誌報刊、古幣收藏等多個門類投資，而收獲頗豐的淵源所在。
由於學術根基的紮實和靈活多變的謀世策略，丁氏早年對國學門徑之外的各種學說並非持保守拒斥態度，相反勇於嚐試，並樂於拓寬自己的知識麵和眼界。事實上，早在1899年，丁氏即辭去薪俸微薄的教習職位，赴上海從新陽趙靜涵先生學醫，並開始係統學習日文與西文。並隨即開辦譯書公會，邀約醫學界學者翻譯相關著述，朝夕研究，切磋交流，編成生理學、解剖學、病理學、藥物學等醫學叢書。開放中國醫學視野，並隨之納入新的思路與辦法，成為丁福保這一時期的重要經曆。從這個意義上講，丁氏與戊戌變法一派是頗有默契的，隻不過他沒有選擇拋頭顱灑熱血，而是學外語開眼界；不但苟全性命於亂世，還留待來日大發展。
果不其然，後來在總督端方的賞識下，丁福保被舉薦赴日本考察。丁氏一行周遊帝國大學、千葉醫校、青山腦病院與胃腸病院、北裏柴三郎傳染病研究所、岡山醫校、愛知醫校以及各處之附屬病院，大開眼界；並首次接觸到X光醫學理論，可以采用X光檢查發現肺結核患者。這束神奇的光線，洞開了丁氏三十幾年來累積的學識底蘊，他意識到，空守著故紙懷緬“國故”是行不通的，無論是國學本身，還是傳統中醫；無論是國家運轉，還是個人謀生，都需得大尺度上的轉變，而絕非小圈子裏的自信與自戀。
雖然歸國之後，由於端方的失勢和國內政局的突變，丁福保並沒有能將這些思想上的大尺度轉變加以踐行和施展，但那一束能洞穿人體血肉、洞察骨骼的神奇光線始終激勵著他的先行探索。事實上，傳頌千年，那個為關公刮骨療毒的“神醫”華佗，如果會說外語、懂得西醫，就能使用X光作預診，注射抗生素防感染，其妙手仁心將更臻完美。而丁福保的時代，為理想主義者打開了那扇沉重的閉關鎖國之門，敢於踐行者就是那個時代的“刮骨”神醫。
1908年，在魯迅還在為父親抓蟋蟀治肺病的時代，在魯迅描寫吃人血饅頭治肺結核的年代，丁福保即以嫻熟的日文功底，翻譯了日人竹中成寬的《肺癆病預防法》一書，1911年又撰寫了《肺癆病一夕談》。他於1910年率先創立中西醫學研究會，以研究中西醫藥學、振興醫學為宗旨，這是一個創立較早並突破中西藩籬的醫學組織。緊接著，於1913年編撰《曆代名醫列傳》，這並非是一部自神農嚐百草以來的傳統中醫群英譜，而是沒有中西方學術偏見，既介紹中國曆代名醫，又介紹了“發明血液循環之哈斐氏（William Harvey威廉·哈維），發明種牛痘之占那氏（Edward Jenner愛德華·琴納），以醫術名廣東之嘉約翰氏（John Glasgow kerr約翰·哥拉斯戈·科爾），發明細菌學及消毒法，號稱近世之醫聖者的古弗氏（Robert Koch羅伯特·科赫）”；丁氏本人即成為向國人係統地介紹西洋醫學家第一人。1913年，他更創立和發行醫學刊物《中西醫學報》，這份曆時有二十年之久的以貫徹中西醫理論與實踐的刊物，也當之無愧地成為中國第一份中西醫結合診療科學的宣言書。
人心何須分中西，不拘一格降人才。應該說，丁福保從一開始就不是一個埋首於故紙堆裏的國粹型學問家，也不完全是懸壺濟世的舊式中醫及學者，更不單純是經商謀財的生意人與收藏家，他的生涯始終是開放式的，不斷開拓也不斷轉變，很難用一個固定的尺度給他一個定格。雖然擁有藏書數萬卷的“詁林精舍”、自辦的醫學書局和各式報刊、自撰出版的各式著述數千卷，丁福保仍然沒有在所謂的主流學術界主動占踞什麼“大師”名銜，這仍然與他的開放式視野緊密相關。
1914-1920年：心外無法文字纏
1914年，是丁福保思想再次發生大轉折的一年。這一年，丁氏開始深思，如何從機體上的病理治療轉向於更深層次的心理治療。這一年，他開始接受佛教理論。
原來，1914年，丁氏母親薛太夫人病逝，繼之他又大病幾死，除卻深沉的悲痛之外，自身的病痛和無法預知的生命境遇，讓他深信醫療之外，人心之撫慰方為人生大藥。他開始齋戒誦經，除行醫、印書外，並廣購佛學書籍，作深入的研究。他於1920年刊印的《佛學叢書》自序中說：
餘自垂髫後，即喜披覽典墳，為義理辭章考據之學者十餘年，奔走衣食，任算學教授者六年，翻譯醫書，為人治病者十餘年，積書至十餘萬卷，而於各種學問皆一知半解，未能深入其奧宓，惟涉獵之餘，性喜刻書，因成《醫學叢書》、《文學叢書》、《進德叢書》，凡三部。
然蹉跎荏苒，年逾四十，而道不明，德不立，曉夜以思，為之懼且恥，茫乎未知人生究竟為何也。於是悉棄其向所為學，一心學佛，聚經萬餘卷，積數年之力，鑽研窮究，始知內典之博大精深，非世間書籍所能比擬。
然而，虔信宗教是一回事，解釋宗教又是另一回事。在丁氏熱心於刻印佛經、校注佛經的同時，他遭受到來自宗教界主流批評，這讓他始料未及。
佛教經典文字艱澀，於初學者不易了解。精於翻譯且樂於大眾傳播的丁福保，選擇了一些卷數較少的經典，依照漢儒訓詁的方式，逐字逐句地解釋。這種解釋，沒有繁瑣的宗門說教，也沒有談玄說妙的高超理論，簡單的字句解釋使初讀佛經者容易入門。這種逐字逐句解釋的方式，原本是“通俗”的好辦法，而在當時的一些佛門中人看來，這種方法是一種非常繁瑣，且割裂經文的“文字障”，不但不利於信徒領悟佛法，還有賣弄儒學功夫、將初學者引入歧途的危險。最典型的例子，莫過於印光大師對丁氏學佛的多次勸誡，這些內容就散見於印光大師與丁氏的十九封通信之中。
應該說，從印光回複丁氏的前七封書信中，除了僧侶與居士之間交往的那種寒暄客套與互致問候之外，禮節性語言居多，實質性的批評與論爭並不多。但隨著丁氏篤信佛教愈深，且將其研讀修習的成果——自撰諸多佛教經典“箋注”、入門指南式的各類著述一一寄達印光手中時，印光對其“箋注”佛經之舉頗有微辭，批評之態度愈發明顯。在“複丁福保居士書九”中，印光對丁氏欲“箋注”《六祖壇經》勸誡曰，禪宗貴在參，不貴在講。壇經雖有義路，若不開宗眼，不是挽宗作教，即是以迷為悟。禪宗語句，須另具隻眼，若不善會其意，未免依文解義作三世佛怨。若或違背教義，隻成離經一字，即同魔說。易則易如反掌，難則難如登天。非宗教具通，雙眼圓明之人，固不宜輕易從事注解此經也。