（2）兩岸海上通航
1979年8月，交通部負責人發表談話，明確表示願就迅速恢複和發展大陸與台灣之間的海上客貨運輸問題同台灣航運界進行協商，並宣布祖國大陸各對外開放港口對台開放。台灣的船舶到大陸港口靠泊作業，當地港務部門給予了大力合作。為保證台灣海峽的航行安全，大陸一側的燈樁率先解除了對台灣方麵的遮避，還陸續新建了一批燈樁。大陸海岸電台對台灣船舶均已開放。大陸海事衛星地麵站為台灣船舶提供通信導航服務。大陸海上搜救中心已全方位開放對台灣遇難船舶的救助工作。在大陸方麵推動下，台灣方麵的燈樁也隨後解除了對大陸方向的遮避。
海峽兩岸航運交流協會與台灣海峽兩岸航運協會經過協商並達成共識，促進兩岸海上通航向前發展。1997年4月19日，福州、廈門至台灣高雄港的試點直航開始啟動，結束了台灣海峽兩岸48年來商船不能直接通航的曆史。雖然兩岸方便旗船隻能經高雄港轉運祖國大陸的外貿貨物，兩岸間的貨物仍需經第三地中轉，但畢竟在兩岸直航上跨出了第一步。1998年起兩岸走國際航線的集裝箱班輪可以直接掛靠兩岸港口，兩岸貿易貨運船舶經第三地換單不換船，一船到底航行兩岸。目前，台灣航商在大陸設立了38個辦事處，2個獨資公司和4個合資公司。
2001年1月，福建沿海與金門、馬祖、澎湖間實現直接往來，在福建的台商和金門、馬祖居民的親屬取道金、馬往來於兩岸。福建沿海地區與金門、馬祖海上漁船民往來是早已存在的事實，但台灣當局一直視為走私行為。2000年3月，民進黨上台後，為了兌現陳水扁在競選時對“三通”的承諾，台當局宣布2001年1月1日起，金門、馬祖與大陸試辦通航，但限製兩岸人員和貨物從金、馬中轉。這不是真正意義上的“三通”，隻不過是台灣當局敷衍台灣民眾對兩岸直接“三通”的強烈要求，才搞所謂的“小三通”。大陸方麵考慮到金、馬民眾實際生活需要，采取措施，推動福建沿海與金、馬之間的直接往來，逐步實現了兩岸的客、貨船舶直航，由此帶動兩地的經貿往來和文化、體育交流。2002年金、馬地區遭遇旱災，福州向馬祖運送2300噸自來水。截止2002年底，廈門與金門、馬尾與馬祖、泉州與澎湖通航700多航次，運送旅客85000多人次，實現了直接雙向往來。福建方麵對金門、馬祖、澎湖民眾熱情接待，為他們提供周到的服務，大陸演出團組和商品展覽會在金、馬舉辦，福建湄洲媽祖到金門和澎湖巡安等活動，增進了兩岸同胞的相互了解和感情。
（3）兩岸航空業的合作
早在1981年10月，中國民航總局作出決定，隨時可以與台灣通航。我民航及相關部門為兩岸空中直航做好了一切準備。為方便兩岸人員往來，推動兩岸空中通航，1995年12月和1996年8月，我控股的澳門航空和港龍航空公司的飛機經澳門和香港機場換班號，一機到底飛行兩岸。兩岸航空公司為兩岸旅客實行了行李直掛、一票到底。兩岸航空公司已建立了票務結算關係，雙方在機務維修、航空管製、航空氣象、航空醫學、航空教學等方麵也進行了交流與合作。兩岸經第三地航空貨運量不斷增加，2001年3月，兩岸民航企業合組廈門機場貨運站公司，共同經營國際、國內及轉口貨運業務。2001年9月，東方航空公司、中國遠洋運輸（集團）公司和台灣中華航空公司簽署了“中國貨運航空公司增資擴股暨華航入股中貨航協議”。2001年11月，台灣中華航空公司和長榮航空公司向我民航總局申請，飛越海南三亞飛行情報區，往來於東南亞國家，這是兩岸民用航空業務又一良好合作。台灣的4家航空公司已在北京設立了辦事機構，而台灣當局至今不批準大陸的航空公司在台設立辦事處。2003年春節期間，經批準，台灣六家航空公司實現由台北、高雄經港澳地區至上海的單向、間接包機。
（三）兩岸經濟存在巨大互補性
海峽兩岸經濟關係的發展直接帶動了台灣經濟的轉型與產業升級，緩解了島內勞動力的不足，增加了台灣外彙儲備，成為台灣經濟發展的重要動力。目前祖國大陸已成為台灣製造業轉移的重要基地，成為台灣經濟發展倚重的巨大市場。自1991年起，祖國大陸取代美國成為台灣最大貿易順差來源地，2002年祖國大陸成為台灣最大出口市場。如果沒有祖國大陸每年對台灣的巨額逆差，台灣的對外貿易將出現逆差，台灣國際收支將難以平衡，其外彙儲備也將大大削減。當然，兩岸經濟的交流與合作對祖國大陸經濟的發展也起了積極的作用，台商投資祖國大陸，有助於地方經濟的發展。祖國大陸各省、自治區、直轄市都有台商投資，投資地點不僅在沿海發達地區、中心城市，許多偏僻、落後地區，包括山區、草原、戈壁、森林，都有台商投資的項目。在蘇州、深圳、東莞等地區，台商投資已經成為當地經濟重要的增長點。
（四）兩岸經濟相互依存關係日益緊密，合作與分工層次提高，近年出現台商在大陸投資資本、技術密集型產業熱
根據台灣學者的研究，祖國大陸對台灣經濟增長的貢獻達2個百分點，台灣經濟發展對我的依賴是明顯的。目前，在我產業政策的指導下，台商投資領域從勞動密集型產業（如紡織、輕工、食品等）向資本、技術密集型產業（如電子、信息、電力、石油化工、金融、精致農業等）發展，企業規模從中小企業為主向大型化發展。依照國家產業政策和兩岸經濟特點，一大批資本、技術密集型項目的審批、建成，標誌著兩岸經貿合作層次逐步提高。