（六）調整軍中輔助係統
在台灣軍事係統的組成中，存在三個特殊的輔助係統：高度發達、無處不在的情治係統，曾經得勢、正在萎縮的政戰係統，基礎不全、畸形存在的軍火係統。對台灣軍隊來說，還有如形相隨、沒有編製的“醜聞係統”，軍中事故頻發、軍購舞弊不斷。
首先是情報間諜無處不在。“情治係統”包括“國安會”、“軍事情報局（軍情局）”、“警政署”和“調查局”、“僑委會”等部門，主要集中進行針對祖國大陸的情報活動。情治部門的一個重要任務是維持當局的統治，插手社會各領域各階層，監督內部政治動搖分子和社會上的政治反對派。正因為執政者依靠情治部門過頭，使得情治部門有恃無恐；正因為情治部門有恃無恐，使得情治部門受到社會各界的抵製。其次是“政治作戰”名聲不好。“政治作戰係統”實際成為與軍令、軍政平行的第三個上下連貫的全軍係統，隨著政治多元化的進行，“軍隊國家化”成為“政黨政治”的重要內容。1993年3月，“參謀本部”規定國民黨在軍隊中的活動全部停止，“軍隊中立”意味著“政戰製度”的淡化。因此在“國防二法”中“參謀總部總政治作戰部”編製、位階被壓縮。第三是畸形存在的軍火工業。台灣地區的軍火工業到80年代後期李登輝主政時已有一定規模，進入90年代後，開始成批生產IDF戰鬥機、改裝重型坦克，研製“天弓3型”、“雄風3型”等導彈和第三代戰鬥機、坦克，執行研究中程導彈為內容的“逖靖計劃”。但是台灣軍火從研製到生產問題眾多，一是整體科技水平不高製約軍事工業的發展，二是以“組裝”為主要手段的“自製”無法提高軍火工業的水平，三是生產成本過高。第四是事故不斷積重難返。李登輝主政期間，軍中各類事故頻出，非正常死亡成為軍中難於克服的痼疾。論軍購舞弊案，“尹清楓案”隻是其中之一。法國媒體揭露說，台灣花費近百億美元向法國采購“拉斐葉艦”和“幻影2000”過程中，其中有15億美元用來行賄。隻要台灣軍方繼續推行“軍事保‘獨’”而大肆采購各類武器，隻要“國防預算”缺乏有效監督，軍購舞弊就會繼續發生。
在以“軍事保‘獨’”為目標的“軍事升級時期”內，台灣當局組建“二代兵力”項目大部完成，“台獨”勢力則把其當成分裂祖國活動的資本。
二、以“決戰境外”為基點的“軍事台獨時期”
隨著2000年5月的政黨輪替，台灣地區的軍事狀況也發生變化。民進黨當局在“積極防禦，有效嚇阻，防衛固守”的“全麵防禦戰略”基礎上，提出“決戰境外”的口號；針對長期以來把“反對台灣獨立”作為宗旨的軍隊，加大“去中國化、去國民黨化、去反台獨化”的力度。軍隊正在逐漸蛻變為“台獨”的新陣地，民進黨當局在“軍事台獨”的道路上越走越遠。
（一）穩住軍心拉攏軍隊
“台獨”政黨和陳水扁贏得2000年3月選舉後，政黨輪替的殘酷現實是：一夜之間曾經是軍隊死敵的“台獨”政黨如今成了執政黨，曾經無數次指責軍方的陳水扁成為“三軍統帥”。有的軍人想不通，有的軍人不甘心，紛紛發出“為誰而戰、為何而戰”的疑問。因此如何在軍中“消毒”，如何控製軍隊，如何改造軍隊為“台獨”陣地，成為民進黨當局就職以來的主要工作。
首先是穩住軍心。50年來，對接受國民黨當局教育和指揮的軍隊來說，“服從憲法、反對台獨”一直是基本信條。陳水扁當局為了從感情、理性和立場上完成軍隊從反“台獨”向搞“台獨”的過渡，四出安撫部隊以穩軍心。陳水扁和一些軍方要員多次表示，台軍必須全力捍衛“憲政體製”，“為維護中華民國國家的生存發展而戰”、“為確保中華民國國民的安危福祉而戰”。2002年7月，民進黨當局發表的該黨執政以來的、第一本“國防報告書”中重申了這一立場。其次是極力控製軍隊。陳水扁上台後在鞏固自己統治基礎、推動“漸進式台獨”的同時，竭力拉攏、掌控軍隊。陳水扁在就職後，為穩定軍心及政局提名唐飛任“行政院長”，留任湯曜明為“參謀總長”。同時為增加對軍隊的控製，一再打破人事任用慣例，從2001年5月至2003年2月已經8次進行高層人事調整，突擊提拔和晉級忠於他的軍事將領。特別是2002年5月、6月間任命陳肇敏、康寧祥（2003年1月由林中斌接任）為“國防部文職副部長”，更是安排排擠非嫡係將領的代表性舉措。經過3年來的反複調整，一批他不放心的將領離開軍事指揮崗位，一批忠於他的將領走到推動“軍事台獨”的前台，成為“陳家軍的管家”。第三是四處活動擴大影響。陳水扁為樹立“三軍統帥”的形象，在就職第二天就趕往金門巡視，然後又以“三軍統帥”身份進行所謂“國防之旅”，先後赴“國防部”、“三軍總部”、“軍情局”、空軍作戰中心、“憲兵總部”、台南“經國號”戰機聯隊、嘉義F-16戰機基地、海軍“旭海”登陸艦基地、各軍校等重要軍事部門和基地視察。在2002年2月22日海軍左營軍港的聯誼活動時，陳水扁在活動結束後，又登上第256潛艇戰隊主力“海龍號”出海觀看實地演訓。事實上隻要是軍中稍有規模的活動，陳水扁幾乎是每場必到，逢場必講，憑著“作秀”天才和選舉本能，為樹立“三軍統帥”的新形象進行過不少努力。
對陳水扁來說，“穩定軍心、拉攏軍隊”，不僅是為了鞏固自己的統治基礎，從長遠看，更是要抓住執政機會，改變軍隊的政治屬性，“改造”軍隊為“台獨”的工具。