左丞相別兒怯不花，陰險狡詐，雖然德不高、才不著，但是野心卻不小。按照元朝官製，丞相分左右二職，左丞相是輔助右丞相處理國家大事的。別兒怯不花在一個比自己小很多的年輕人手下工作，心裏很不是滋味。尤其脫脫才高識卓，稱譽朝野，更令他自慚形穢。一想到脫脫年齡比自己小得多，如果要等他退休讓位，自己這一輩子就別想當右丞相了。嫉妒心和野心往往是孿生的，如果人不能加以抑製，往往便不能正確認識自己，其行為就會失去常態。在嫉妒心和野心的驅使下，別兒怯不花每天都在用兩隻眼睛盯著脫脫，希望能找到他的一些失誤，想方設法加以陷害。
別兒怯不花多次在順帝麵前進讒言，對脫脫進行誣陷誹謗。而這元順帝妥懽帖睦爾是一個庸碌的君主，不善朝政，因此偏聽偏信讒言。在別兒怯不花的挑唆下，順帝開始懷疑脫脫，有些事情不找脫脫，而直接讓別兒怯不花辦理。
脫脫年輕氣盛，他痛恨奸佞小人暗箭傷人，更痛心元順帝遇事不察，偏聽讒言。自己的一片忠心卻不被理解，這是最讓人痛苦的。一氣之下，他便上疏順帝，以自己身體不好為由，請求辭去官職。順帝不同意，但脫脫堅決請辭。此時順帝似乎覺得有點愧對脫脫，於是下旨封他為鄭王，食邑安豐，賞賜巨萬，但脫脫都堅辭不受。
別兒怯不花終於如願以償了，他本該高興得跳起來，但望著脫脫歸去的背影，他怎麼也樂不起來，他似乎有種預感，此人還會重返朝廷。他千思萬想，阻止脫脫重返朝中最好的辦法就是置之於死地。他那陰毒的小眼睛一轉，臉上露出了一絲奸笑。
此時別兒怯不花雖是左相，但是由於在相位上已經經營了幾年，且由於構陷排擠走脫脫，實際權力還是在他手中。他想，新任右相阿魯圖，剛到相位還摸不著頭腦，自然先要依靠他。其實別兒怯不花早已打算好，先拉攏阿魯圖，利用他去加害脫脫，害死脫脫後，再想辦法把他從相位上趕走。哪知君子和小人不足與謀，阿魯圖對別兒怯不花陷害脫脫早已痛恨不已，現在竟想讓自己助紂為虐，不由得心頭火起，對別兒怯不花進行了痛斥。惱羞成怒的別兒怯不花於是便開始向順帝進讒言，又唆使心腹黨羽排擠阿魯圖。在四麵夾擊下，阿魯圖隻好辭去相位。
阿魯圖下去之後，昏庸的順帝便任命別兒怯不花為右丞相。別兒怯不花終於實現了自己的野心，但他同時又坐立不安起來。因為脫脫這塊心病未除，他怎能睡得安穩。由於脫脫的威望太高了，的確又抓不到他的什麼把柄，立即害死他根本不可能。幹了虧心事的人，心裏時時都有一種自危感，總覺得對方時時在危及自己。一時整不死脫脫，那就先整他父親。別兒怯不花想來想去，覺得這個主意不錯。脫脫的父親馬紮爾台，在清除伯顏集團後被任命為右丞相，不久因病辭去相位。別兒怯不花便在順帝麵前大進讒言，誣陷馬紮爾台企圖謀反。順帝是個聽風便是雨的昏庸之輩，下詔將馬紮爾台流放到甘肅。當時馬紮爾台已是60歲的老人了，又有病在身，為了照顧父親，脫脫上書力請與父親同行。
這西行路上，人跡稀少，大漠孤煙，讓這一老一少怎能不感慨萬千。父子都曾為朝中丞相，為朝廷也立下了汗馬功勞，如今小人構陷，皇帝昏庸，竟不分青紅皂白，把他們向死亡線上驅趕。不知經受了多少風雨，越過了多少險灘崎嶇，父子倆飽受勞苦之後，終於活著到達了甘肅。可是剛到那裏不久，便接到順帝的詔令，將馬紮爾台移到撒思（新疆境內），分明是讓他們死於路途。這又是別兒怯不花的陰謀，當他知道馬紮爾台父子活著到甘肅時，心裏總覺得不舒服，因為隻有讓他們父子死在途中，才能去掉自己的心病，他才會有安全感。於是便請順帝將他們移到撒思。那裏是一個讓人生畏的地方，不僅路途險惡遙遠，而且要穿過沙漠、越過冰山才能到達，被流放到那裏的人，很少有人能活著回來。馬紮爾台和兒子脫脫，接過皇帝的詔書，擦去悲憤的淚水，拖著病體一步一步向西邊繼續行進。
人算不如天算，別兒怯不花擠走了右相阿魯圖，又將脫脫的父親發配到撒思。按照他的想法，脫脫父子不死在路上，也會死在流放地，絕無生還之理。於是在朝中弄權，大搞陰謀，無所顧忌。他的行為受到了朝中很多正直大臣的反對，不少大臣上疏彈劾。順帝此時方才醒悟，將別兒怯不花貶黜。別兒怯不花一倒台，朝臣們紛紛為脫脫父子鳴冤，元順帝立即下詔讓他們返回甘肅。詔書下到時，脫脫父子剛好來到黃河邊，望著滾滾翻騰的黃河之水，脫脫心潮起伏。他很想在政治上有所作為，但是朝中就像這黃河之水，渾濁而又險惡。自己空有報國之誌，卻難以實現。
回到甘肅後，馬紮爾台由於年老多病，加上流放路上的折磨，不久便去世了。順帝念脫脫對朝廷立下的豐功偉績，便將他召還京師。
元至正九年，順帝罷了朵兒隻、太平都的相位，詔令脫脫再次任中書右丞相。
此時的元朝，不僅國庫空虛，而且自然災害不斷，加上各地紛紛發生農民起義，整個大元王朝如同一座快要倒塌的大廈，千瘡百孔。脫脫受命於危難之時，他要努力支撐，不讓大廈倒下。
當時黃河在白茅堤決口，又在金堤決口，連續五年缺口不能堵住，中原地區方圓數千裏被淹，給百姓帶來了巨大災難，多少人隻好背井離鄉。作為丞相，脫脫覺得有責任為百姓解除痛苦，他下定決心治理黃河。他采納了賈魯的計劃，決定施工堵塞缺口，並親自掛帥，擔任治河總指揮。很多大臣出於各種動機勸他慎重，有的大臣顧及財政上的困難，也來阻止他這樣做。但脫脫看著那些流離失所的百姓，他對大臣們說：“皇帝方憂慮百姓，為大臣的職責所在，應當為皇帝分擔國憂，大家都明白黃河決口若不解決，將來危害更大，這就好像人得了病一樣，如果拖延不治，最終會病死。自古以來河患就是難治的疾病，現在我一定要除去這個疾病。”說服眾人之後，脫脫奏請賈魯為工部尚書，具體負責治理黃河的工程。僅用了八個月的時間，便疏通了黃河故道。為了嘉獎脫脫的功勞，元順帝令人製《河平碑》以永載史冊。