人民公社的製度安排也進行了調整，實行三級所有，以隊為基礎。明確生產隊為基本核算單位，恢複了農民的自留地，允許農民從事紡織、編織、縫紉等家庭手工業，允許農民飼養豬、牛、羊、雞、鴨等，還可養大牲口，農民還可以從事采集、漁獵、養蠶、養蜂等副業生產，這實際上確認了農民和農戶作為微觀經營主體的地位，農業生產逐步得到恢複和發展。
作為對前一時期過度城市化的糾正，這一時期經曆了一次非正常的逆城市化過程。1960年到1964年，由城市返遷農村的職工人數達2000萬左右，城市人口淨減少3788萬人，城市化率也從1960年的19.75%下降到1963年的16.84%。在隨後的1964-1965年，由於經濟形勢有所好轉，城鎮化開始呈現回升態勢，到1965年底全國城鎮人口緩慢增加到13045萬，城鎮化水平也恢複到18%左右。城市化的停滯還表現在用政策手段對城鎮人口的壓縮和減少市鎮的數量。由於城市戶口附屬有包括糧食等生活必需品供應、住房供應、醫療、養老、教育、就業等多種權益，為了減少供給壓力，國家開始通過提高設市設鎮標準而大量精簡城市人口。建製鎮常住人口標準由過去的2000人提高到3000人，一部分新設市恢複到縣級建製，而一部分地級市則降級為縣級市，建製市由1961年的208座減少到1964年的169座，建製鎮從4429個減少到2877個。
4.1966-1977年：城市化停滯和人口遷移受阻階段
從1966年起，“文化大革命”的發動使中國進入十年的動蕩時期，但經濟仍取得了一定的發展。“三五”和“四五”時期國內生產總值分別增長6.9%和5.5%，鋼鐵、原油、原煤等主要產品的產量大幅度增長。一些大建設、大工程、大項目也都是在這期間完成的，中國在一窮二白的基礎上建立了獨立的比較完整的工業體係和國民經濟體係。但是，經濟和重工業的發展並未帶來城市就業機會的同步增長，這一時期在嚴格的戶籍製度約束下，城市化進入停滯時期。
自20世紀60年代中期起，中國在三線地區開展了一場以備戰為中心，以軍工為主體的經濟建設運動，三線建設是這一時期我國基本建設的主要任務和核心內容。這種“臨戰姿態”直到20世紀70年代初中期才有所轉變。1973年用於沿海地區和三線地區的投資比重已大體持平，1974-1975年用於沿海地區的投資則大大超過三線地區。這一時期片麵強調“山、散、洞”的方針，並未形成城市人口和推進城市化進程。為減緩城市人口以及由此帶來的福利供給壓力，國家號召知識青年到農村去接受貧下中農的再教育，從1967年起上山下鄉運動規模不斷擴大，到1969年達到最高潮。從1967年到1976年間，全國參與“上山下鄉”的知識青年和幹部下放改造估計達1500萬人，成為一次特殊的政治性人口遷移。這一時期，國民經濟開始出現的全麵好轉並未帶動城鎮化的發展，隨著“文革”和“三線建設”的推行，這一時期全國大約有3000多萬城鎮青年學生、幹部和知識分子到農村去勞動和安家落戶。而且以備戰為目的的“三線”建設使得基建投資在很大程度上與原有城鎮相脫節，從而導致城鎮建設大大滯後，許多小城鎮日益衰敗，城鎮發展明顯萎縮。1976年城鎮人口為16341萬人，10年間城鎮人口僅增加了3296萬人，這主要來自城鎮人口的機械增長，城市化率始終徘徊在18%以下，從1965年的17.98%下降到1976年的17.44%。
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