農村土地集體所有產權的殘缺性導致現行的農村土地製度成為農村土地市場發育的障礙。《農村土地承包法》第一次確認了農民承包土地具有物權性質，可以依法轉讓，但土地流轉隻限於農地之間，而且有社區限製，農民的承包土地還不能行使抵押權，這將大大製約農村土地市場發育的進程。在現實中，隨著城鄉經濟社會的不斷融合，在發達地區尤其是城鄉結合部，農村土地的資產屬性日益顯現，農村集體建設用地以出讓、轉讓、出租、抵押等形式自發流轉的數量和規模不斷擴大，集體建設用地的隱形市場已成為客觀存在，這種隱形交易反映了市場經濟的內在要求，但由於缺乏製度規範和管理，私下交易帶來許多問題，由此引發許多矛盾和糾紛，許多農民因為自己的土地財產權沒有得到有力保護而上訪、申訴。
隨著我國工業化、城市化的快速推進，占用農村土地，加快城市化進程是必然的趨勢，農地向非農地的轉換目前隻有國家征地一種途徑。征地具有強製性，是國家為了“公共利益”的需要，依法對農村集體土地實行征用，並給予補償。由於用地需求的多樣性和供地方式的單一性，出現眾多的用地者隻能通過國家層層審批這座“獨木橋”。這種高度集中和嚴格管理的土地配置方式，不符合市場經濟的效率原則。而且法定的征地價是補償價值而不是交換價值，存在低價征用、高價出售的情況，這是一種“製度性尋租”，農民不能分享工業化、城市化的利益。在我國城市化的過程中，往往存在著城市化“化地不化人”的現象，土地通過國家征用進入了城市，但是原來依靠土地生活的農民除了拿到少量補償款外，卻成為一無所有的“無產者”，他們缺乏良好的進入城市工作的勞動技能，沒有養老保障，沒有醫療保險。政府的圈地賺錢行為損害了農民的土地所有權，雖然法律上農民集體是農地的所有者，但實際上地方政府卻是土地的控製者。可以說，我國現行的農村土地製度對農民的財產權保障是很不充分的。
三是城市流動人口社會保障權利缺失
在我國社會保障製度的形成與改革處於城鄉差別明顯的社會經濟背景中，現階段城鄉二元社會保障製度是計劃經濟時期城鄉分離政策的重要組成部分，其形成與變遷過程也不可避免地烙上城鄉二元性的印記。
建國後近30年，我國實行計劃經濟體製，公民的社會保障有兩種情況：一種是在製度內、得到製度照顧、具有明確的製度保護的城鎮非農業人口的社會保障。其中國家機關、事業單位由國家財政提供保障，企業職工由企業提供保障，其它城鎮社會成員則由政府提供社會救濟。這種製度的特點是，保障、就業和福利三位一體，即不僅包括社會保障，而且還包括生活必需品的計劃供應、統包統配勞動就業、福利住房、公費醫療、子女入托、入學等福利。也就是說，實行的是全麵保障，保障範圍非常廣泛，從出生到死亡，幾乎無所不包。另一種是在製度外、得不到製度照顧的廣大鄉村人口的社會保障。其中，絕大多數農民的養老在法律要求下，在家庭內用道德規範解決。極少數貧困的“五保戶”由集體救濟提供保障，發生重大自然災害時政府提供必要的救災救濟，但主要提倡“自力更生”，開展生產自救。這種城鄉分離的二元社會保障製度，是與城鄉分割的戶籍管理製度高度一致的。
20世紀80年代後，我國的社會保障製度在改革開放的推動下，沿著兩條線路發展。一條是在農村實行土地家庭聯產承包責任製，養老和失業保障主要通過土地製度來保證，即把土地製度建立在生產和保障功能並重的基礎上。通過按人口平均承包集體土地的方式，保障農民的基本生活需要，或者直接按人口平分土地，把保障生活需要的土地隱含在承包土地中；或者采用“兩田製”方式：先按人口分出口糧田用作生活保障，再按勞動力平分生產責任田。在非農產業發達的農村，政府鼓勵由集體組織建立集體範圍內的統一養老金製度，把部分家庭保障集體化；少數發達地區還出現了由鄉鎮政府組織、以鄉鎮為單位的養老統籌，使養老保障初步走向社會化。不過，這還是一種程度很低的社會化保障。
另一條是城市社會保障的改革。我國陸續以法律、法規和政策的形式，逐步形成了現行的城鎮社會保障製度。它具有的特點是：(1)保障對象基本上是具有城市戶口的職工，新進入城鎮就業的市民、工人缺乏保障。雖然政府提出要在“所有企業以及外商投資企業的中方職工中推行和深化養老、醫療、失業等社會保險製度及住房製度的改革，建立健全社會保障體係，為勞動力資源的合理配置和正常流動創造條件”，但是對農民工能否享受社會保障含混不清，沒有明確的規定。(2)保險費用的來源實行雙軌製。在企業由職工個人和用人單位共同承擔，機關幹部和國有事業單位人員由個人和政府財政共同負擔。進入城市打工的新市民和相當一部分城市勞動者，不屬於政府提供保障的對象，實際上是被排斥在社會保障之外，各種保險費用需要獨自承擔。(3)在小城鎮和鄉鎮企業，社會保障製度基本上沒有建立起來，主要原因是：鄉鎮企業多是一些低技術、低效率、低質量、低效益的勞動密集型企業，多數企業處於低工資、低盈利循環狀態，維持企業正常生產尚有困難，更不用說承擔職工的社會保險了；加上有些鄉鎮企業是集體企業，企業管理者本人就是職工，在職工低工資、缺乏保障意識條件下，很難形成職工社會保險的機製。所以，在小城鎮和鄉鎮企業，一部分市民和工人還保留著自己的土地承包使用權，把社會保障寄托在土地上，一旦他們失去土地承包權，他們就完全沒有社會保障。(4)由政府負擔的社會救濟主要是麵向國有企業職工，特別是國有企業的下崗職工，非國有企業職工及農民沒有任何保障。自然，進城的農民工及其家屬沒有從當地政府獲得基本生活物質幫助的權利。(5)社會保障製度建立在市民的不平等基礎上。既有老市民與進城農民工之間的不平等，進城農民工受到製度的歧視，又有老市民中國有企業職工與非國有企業職工之間的不平等。在這種嚴重歧視下，農民工對城市社會存在嚴重的對抗心理，沒有把進入城市作為追求目標，城市各方麵也沒有把農民工作為平等的市民給予社會保障，社會保障製度呈現出諸多漏洞。