二是沒有同工同酬權，勞動報酬權利遭到侵害。勞動報酬權是勞動者有按照勞動的數量和質量取得報酬的權利。城鎮勞動力中相當一部分人仍在享用傳統工資體製強大剛性帶來的好處。農民工報酬卻完全由勞動的邊際生產率決定，嚴格按照勞動力市場上供求關係的變化而變化。由於我國目前存在可視為無窮的勞動力供給量，致使農民工邊際生產率幾乎為零甚至為負數。兩種不同的報酬製度必定導致同工不同酬的現象。在一些企業，農民工雖然從事著勞動負荷最重、勞動條件最差的體力活，他們的工資卻隻有城鎮職工的一半，甚至更少。譬如，在吉林省的長春市，包擦一戶窗戶的價格，“城市工”幹可得10元錢，而農民工幹隻得5元錢。就是這樣辛辛苦苦爭來的血汗錢，還經常被克扣和拖欠。據北京市調查，2004年全市建築行業有70萬農民工，被拖欠的工資總額高達30億元，人均被拖欠4000多元。2002年上半年，湖南省發生30人以上的集體上訪、罷工事件共487宗，其中因拖欠工資引起的就有335宗，占總數的68.8%。廣東省有64.4%的“三資”企業與私營企業存在拖欠工人工資、克扣和拒發工資現象。新華社記者設計了一份調查問卷，72.5%的受訪農民工表示，他們的工資不同程度地遭到拖欠。2003年10月24日下午，溫家寶總理在農婦熊明德家座談時，了解到包工頭拖欠熊明德的丈夫的工資時說：“一會我到縣裏去，這事一定要跟縣長說，拖欠農民的工資一定要還。”當夜，熊明德和丈夫拿到了拖欠的2240元工資。後來，國務院辦公廳發出通知，要求各地切實解決建設領域拖欠工程款的問題。至當年年底，為農民工追回欠款數百億元。泱泱大國竟然出現總理為農民工討工錢的現象，不能不說是對現實的絕妙諷刺，也同時說明了現實中拖欠農民工工資現象的嚴重性。即使農民工與城市原住民在企事業單位幹同樣的工作，所得到的報酬也低得多。
三是休息休假權難以保證。勞動者有勞動的權利同時也應享有休息休假的權利。但是農民工普遍反映勞動超時現象嚴重。有關調查顯示，有55.6%的農民工加班時間超過了每月加班最長不超過36小時的法律禁止性規定。每月加班在80小時以上的占30.4%。這種狀況嚴重損害了農民工的身心健康。2000年在廣東惠州竟然發生過一個月工作500小時，使打工仔當場累死的事件。
四是基本社會保險嚴重缺失，沒有平等的享有勞動保護的權利。當前我國社會保障體製改革的立足點是城鎮居民，較少顧及農民工，多數農民工被排除在城市社會保障網絡之外。雖然上海市等少數地區在地方性社會保險法規中就農民工的社會保險作了特殊規定，或通過專門立法就農民工社會保險作出規定，但這些規定沒有嚴格執行。很多地方社會保險法規、規章規定的農民工享受的社會保險險種不完整。而企業在辦理社會保險時還有所選擇，一般隻為中層管理人員或技術、業務骨幹辦理社會保險。農民工參保比例較低，他們在城市遇到失業、疾病等問題時，得不到社會保障體係提供的保護，更享受不到城鎮居民所享有的住房、醫療、義務教育、養老等社會保障、福利待遇。“國家統計局的數據顯示，已市民化的外來農民工參加養老保險、醫療保險的比例隻有4%和2.7%，而尚未市民化的農民工更不可能進入社會保險範圍。”
五是勞動安全衛生條件較差。根據我國勞動法、安全生產法等相關法律規定，用人單位應當采取適當的組織措施、準備必要的勞動工具和輔助用品等，為勞動者提供安全、衛生的勞動環境。然而，許多用人單位未履行法定勞動保護義務，農民工的勞動環境狀況很差，勞動安全事故頻發。國家安全生產監督管理局負責人透露，我國每年因工致殘人員有70萬，其中進城務工人員占絕大多數。他們每天工作12-16小時的占46%，沒有休息日的占47%。我國的鄉鎮企業83%存在不同程度的職業病危害，60%沒有配備必要的防護用品，90%粉塵超標，30%的職工接觸有害物質，職工職業病發病率達15.8%。