這類學校的弊端也很多，主要表現在以下幾方麵：第一，不少學校辦學以營利為目的，辦學條件被降到最低水平，從而使辦學者獲得最大的“利潤”。第二，缺乏最基本的辦學條件，有的學校甚至沒有最基本的安全和衛生條件，學生在這樣的學校裏沒有人身安全保障。第三，辦學者和教師的素質較差，有的學校從校長到教師沒有一個人有過從教經曆，體罰現象比較嚴重，教育質量無法保證。
以北京為例，我們來看兩則案例。
案例一
為較全麵地認識打工子弟學校，中央教育科學研究所教育發展研究部和海澱區教科所密切協同，在2006年9月11-13日對海澱區6所未獲批準的非法打工子弟學校進行了全麵調研，部分調研報告內容如下：
學校概況
此次調查的6所打工子弟學校均未獲教育主管部門批準，都位於北京市海澱區的城鄉接合部：3所分布在北京市四環與五環路之間，3所分布在五環路以外。6所打工子弟學校主要以小學教育為主，都設有學前班，其中4所學校設有初中部。學校在學前班和低年級（小學一至三年級）實行包班製，高年級實行分科教學。課題組訪談了6所學校校長，並對全體教師進行問卷調查。
教師狀況
在6所學校填寫的139份有效教師調查問卷中，教師情況如下：
（1）教師的性別、年齡、學曆、教師資格及職稱情況
男教師16人（占18.7%），女教師113人（占81.3%），平均年齡29歲，最年輕的19歲，最年長的64歲。教師的學曆比例為高中畢業11人（占8.1%），中專或中師畢業41人（占30.1%），大專畢業70人（占51.5%），大本畢業14人（占10.3%）。可見教師以中師和大專為主體。106位教師有教師資格證（占76.3%），33位教師沒有教師資格證（占23.7%）。學校教師中無職稱的較多，達109人（占78.4%）。擁有較高職稱的教師大多是附近公立學校的退休教師。
（2）教師的生活待遇及工作量狀況
數據顯示，59.2%的教師享受學校提供的免費簡便午餐。學校一般為年輕單身教師提供集體宿舍，比例占39.8%；已經結婚且夫妻雙方都在京的則自己租房住，學校沒有任何補貼，這部分占總數的51.9%；教師自購房的占8.3%。一個值得關注的情況是，僅有2.3%的教師有三險。教師每周課時量最多達30節，平均為24節，工作量很大。
（3）教師想在本校工作多長時間
教師回答的情況如下：半年占4.6%，一年占4.6%，兩年占17.6%，三年占24.1%，四年以上占49.1%。教師中想在學校工作三、四年及以上的占73.2%，這與近年師範專業就業困難、且很多打工子弟學校的教師在人才市場競爭中不具優勢有關，而學校提供的一些低廉的條件（免費的住宿、用餐等）也暫時解決了他們的衣食之憂，因此大多選擇隨遇而安。也有9.2%的老師隻想呆半年或一年，他們對學校的發展前景和工資待遇不滿足，這部分教師流動性很大，對教學造成一定的影響。
（4）教師所擔心的問題
教師擔心的問題主要集中在就業（占23%）、職稱評定（占14.3%）、沒有教師資格（占13.5%）、教學水平（占15.9%）、收入偏低（占59.5%）和沒有三險（41.3%）等方麵，尤其以“收入偏低”和“沒有三險”比例最大。因為打工子弟學校辦學不合法，教師不能與學校簽訂勞動合同，也沒有“三險”，這反映出打工子弟學校遊離於政府和社會保障係統之外，教師沒有生存底線。政府應該關注這部分弱勢群體並建立相應保障體係。
（5）教師管理教育方式及體罰學生的情況
通過調查6所學校：對低年級學生，教師經常打罵學生占13.4%，偶爾占9.1%，很少占41.9%，從不占35.6%；對高年級學生，經常打罵學生占7.5%，偶爾占26.6%，很少占36.6%，從不占29.3%。可見，打工子弟學校在對學生管理教育方式上存在很大缺陷，年輕教師沒有育人經驗，缺乏對學生的尊重，存在打罵體罰學生的現象，不利於身心的健康發展。這也表明打工子弟學校教師隊伍建設急需加強，師德教育是關鍵。
（6）教師與學生溝通情況
據對6所學校學生的問卷調查顯示，打工子弟學校教師缺乏與學生的心理溝通。在所調查的高年級學生中，有39.7%的學生認為教師從不跟自己談心，偶爾談心占47%，而經常談心僅占13.3%。這種狀況不利於教師對學生的了解和教育。