靈活與高效的組織
優衣庫的扁平化組織將商品設計、代工廠生產和門店銷售的整個流程中的相關工序加強運作，加強了部門與部門之間、人員與人員之間的協調緊密性，提高了整個企業快速響應的效率。公司鼓勵員工努力工作，但不鼓勵加班;鼓勵員工行動，但不是讓員工一個人想辦法解決問題，而是依靠集體的力量，團隊作戰。由於具有這種良好和諧的氛圍，優衣庫內部的跨部門合作非常暢通無阻。
在優衣庫，所謂的上級不是簡單地對部下發號施令，然後等著聽取彙報的領導，上級不僅要做指示，更要辦實事，根據工作內容和任務的變化隨時改變自己的工作職能，比如店長不僅能夠對店鋪經營作出總體協調和評估，同時自己也能承擔起店鋪的具體工作，哪裏需要就去哪裏，能上能下，充分發揮出扁平化組織的靈活性和高效性。
柔性化的管理
在高聳型的組織結構中，由於級別壁壘森嚴，新進入企業的員工從最底層做起，需要耗費大量的時間和精力才有可能實現級別的晉升。同時各級別之間有太多無效的規章製度，使得員工慢慢喪失工作激情，就連與上級領導溝通都需要層層遞交申請，積極性、創造力都被僵化的管理損耗殆盡，能力將會大打折扣。
但在優衣庫情況卻截然相反，扁平化的組織結構強調的就是自主管理、自主決策，對員工充分授權，這對於基層人員的成長是非常有利的。優衣庫內部是一種開放、民主的氛圍，在人事架構設計上力求簡潔，從總經理、經理、店長到店員，每個人分擔的業務明確，不存在層層上報的煩瑣流程。而且上下級之間關係融洽，注重互動，店長不僅能夠與上級順暢溝通，也能直接連通店員，在交流上不存在任何阻滯。相對於高聳型的權力組織，這種扁平化的柔性管理更能夠充分適應外部環境的動態變化，推動“快時尚”的順利實施。同時，借助於強大的IT係統，能夠保持組織內部每天信息的及時更新，為企業實現快速反應保駕護航。
嚴格的監督機製
在實行全員經營的公司中，為了保證員工的工作不偏離正確的方向，需要建立嚴格的製度以監督員工的行為，保障整個組織得以正常運轉。優衣庫對於旗下眾多的店鋪不可能一一仔細巡查，但可以通過內部監督檢查製度進行規範和管理。一般總部每半年都會派檢查員到店鋪突擊檢查。這些檢查員除了總部指定的人員外，還可能有各區域的負責人等，檢查的內容包括店鋪的營業環境、店員的服務質量、資金的流動情況等，有時連休息室、衛生間的角落是否打掃幹淨都會成為檢查的內容，檢查員會將資料複製或拍攝下來，並傳送到總部，在下一周周一舉行的例會上對店鋪進行評級。
優衣庫的店鋪常常會被分為A、B、C、D四個等級，被評為C、D級別的店鋪其店長就有降級的風險，可能由超級店長降為普通店長，並被分配到另一家銷售額較小的店鋪重新開始工作。這也說明了優衣庫看重實力，不搞終身製，即使升上了店長也並不意味著一勞永逸，隨著店鋪業績的變化，有的店長會升高級別，同樣也有的店長會被降格處理。
另外，如果檢查員發現店長要求店員進行無償加班，也會對店長進行處罰，因為優衣庫認為這種壓榨員工的做法會讓團隊士氣低落、效率低下，對企業沒有任何好處。此外，如果發現店內少收了顧客的錢，而店長自掏腰包補足了缺口，也會對店長進行降級的處罰，因為優衣庫不支持這種“自我犧牲”的做法，認為管理經營就應該公私分明，特別是涉及金錢的問題一定要清清楚楚，不能隨意敷衍。