1937年1月初，曹雲祥準備赴美國，行程安排好以後，在1月25日致信中國紅十字會，辭去該會秘書長職務。2月7日下午，曹雲祥在出行美國之前，在上海去看牙醫，在回家途中的汽車上突然昏厥過去，不到1小時，因心髒衰竭（一說因腦充血）不幸去世，一說去世時間為2月8日、9日，年僅56歲。過去傳說是死於車禍，其實不是。是在汽車上昏厥，去世於寓所。
曹雲祥去世後，2月10日下午3點，在上海殯儀館入殮，2月16日的上海《申報》第4頁刊登題為“曹樹滋堂鳴謝”的啟事：“雲祥公之喪，辱承諸親友寵錫隆儀，枉駕垂唁，舉殯之日，又蒙躬送，雲天高誼，存歿均感。謹致謝忱、伏維矜鑒。曹宅賬房敬啟。”20日在上海八仙橋基督教青年會大禮堂召開紀念大會，100餘人參加；清華同學會等九大組織給他召開了追悼會，曹雲祥的留美同學，上海交通大學校長黎照寰博士致悼詞，上海市長吳鐵城將軍參加，清華校友陳錦濤、中國紅十字會董事趙晉卿發表演說，家屬方麵有其侄子曹懋德致答詞，300餘人向他同致最後的敬禮，極盡哀榮。上海監理會（即其後衛理公會）慕爾堂堂主任，上海教會名牧俞止齋牧師祈禱，結束儀式。會場挽聯素幛百餘幅，滿懸大禮堂四壁。其中有抗日民族英雄、上海市長吳鐵城將軍的挽聯是：
熱淚灑神州，想當年挾策，歐西萬裏風雲舒健翮；
英才銷江左，歎此日騎鯨，海上千秋事業付頹波。
前任外交部長王正廷的挽聯是：
具碩學，擅外交，功在淩煙無遺憾；
富熱忱，樂公益，名留青史有餘榮。
22日下午5時，曹雲祥被安葬於上海閘北宋公園路基督教浸理會公墓。
曹雲祥任職單位：青年會、華洋義賑會、中華慈幼協會，紅十字會，“一身行事，恒見其服務精神……經辦之社會事業，有口皆碑，不勝枚舉”。
“能於公私之暇，從事工商改進之著述。始成英文，繼譯國語，稿凡數易，迄以奔走各項事業，未能付梓。”“先生國際宣傳文字極多，惜均未以己名發表，故知者絕鮮。”
曹雲祥被認為是“中國提倡科學管理的第一人……我們稱他為中國的泰勒，也不能說過分”。中國工商管理協會成立之初，財政部長孔祥熙是理事長，後來因為政務繁忙，由曹雲祥接任。曹雲祥說：“科學管理在中國，力量還很薄弱，我不過是播一個種，耕耘的工作，是要你們來完成的。”
1931年九一八事變之後，上海成立國際問題研究會，曹雲祥被推為理事，擔任出版組主任的職務，他“積極籌劃，建樹頗多。《國際》月刊之編輯，《日本之遠東政策》諸書之編訂，博士均與有力焉。”後來因為對外宣傳的需要，又“經理事會決議，發行英文《中國季刊》”，被聘為總編輯，“出版以來，一紙風行，蜚聲中外”。
中華全國體育協進會對曹雲祥的評價是“先生宅心仁厚，辦事幹練，於社會多匡襄，於友朋多輔導”，“辦事精神，守時勿失，尤為難得”。1935年第10屆遠東運動會開幕之前，召開例行常會，解決種種問題，曹雲祥、沈嗣良代表中華全國體育協進會和王儒堂先生出席會議，當時日本提出偽滿參加的問題，曹雲祥嚴加駁斥，致使日本的陰謀未能實現。
“晚年致力於紅十字會事業，矢勇矢勤，堅謀卓越，規劃經營，數年來如一日。其服務之時也，即以複興紅會，造福人類為己任”，“慈祥偉度，救世熱忱”，“之於紅會，猶慈母之於嬰兒也”。
《上海青年》發表文章悼念這位多才的博士。科學管理人士撰文說：現在科學管理漸漸的在受人重視了，我們在悲痛曹先生的逝世之餘，同時也替先生遺留下來的事業而高興！我們堅決相信：曹先生的肉體雖已離開這個世界，但是他的精神是永久不會毀滅的！
曹雲祥去世的時候，巴哈伊教的聖護守基·阿芬第發電報給當地（上海）的巴哈伊團體負責人，伊朗籍的奧斯庫裏先生，對於曹雲祥死於突發性心髒病表示震驚，特別表揚曹雲祥令人難忘的傑出服務，並且為逝者家屬和親戚朋友祈禱。這是曹雲祥逝世後得到的最高榮譽。