邵飄萍白天奔走各社團謀救亡，晚上撰寫《請看日本朝野與山東問題》、《國民對待外交之準備勿以空言塞責》的評論文章。謂：“日本因山東問題，其內閣、其貴族院，其國民團體，皆一致強詞奪理，為示威之運動。我國民、我政府、我國之議會團體，對之也有動於衷否乎？欲奪他人生命財產以自肥者，其氣概且如此。然則吾人為國家生命自救滅亡起見，安得不一致奮起以與決一生死也哉！”
5月3日，北京各高校學生決定當晚7時在北大聚會。當晚，開會時間還未到，來自北大、高等師範、中國大學、朝陽法專學校、工業專門學校、農業專門學校、政法專門學校、醫藥專門學校等學校的學生超千人聚集北大法科禮堂。作為《京報》社長、新聞學研究會導師、國民雜誌社顧問的邵飄萍發表演說，他悲憤地報告了巴黎和會上，中國外交失敗的經過和原因，又具體分析了山東問題的性質和當時的形勢。他高呼：“現在民族危機係於一發，如果我們再緘默等待，民族就無從挽救而隻有淪亡了。北大是最高學府，應當挺身而出，把各校同學發動起來，救亡圖存，奮起抗爭。”邵飄萍富有戰鬥性，具有很強號召力的高呼感染了在場的每個人，同時，也帶動了大家憤慨的情緒。
新聞學研究會的會員和國民雜誌社的社員高君宇、謝紹敏、張國燾及各高校代表夏秀峰等紛紛慷慨陳詞。當晚，與會者做出了如下決定：（一）聯合各界一致力爭；（二）通電巴黎專使，堅持和約上不簽字；（三）通電全國各省市於5月9日國恥紀念日舉行群眾遊行示威運動；（四）定於5月4日（星期日）齊集天安門舉行學界大示威，同時推舉代表到各國公使館，陳述對於青島之民意及決心。深夜，邵飄萍回到報社撰寫活動的新聞《北京學生界之憤慨》以及評論《速息內訌》，報道“五三晚會”。
當晚，邵飄萍又調整《京報》版麵，要聞欄在“國民一起奮起”的大標題下刊登《國民外交協會之決議》、《學生界之宣言》，廣告欄登出《國民外交協會特別大會》一文作為通知各界諸君出席在中央公園召開的“五七”國民大會，討論救亡圖存的辦法。
5月4日上午，邵飄萍又馬不停蹄趕往堂子胡同國立法政專門學校，去參加北京各校學生代表在那裏舉行的集會。大會臨時公推北大代表孟真先生為主席，邵飄萍報告了巴黎和會經過和我國外交形勢，經過一小時左右的悲憤發言，主席當場宣布各代表迅速回學校召集同學下午一時在天安門集合，赴東交民巷的各國使館示威，抗議巴黎和約。下午一點多鍾，十幾所中等以上學校的三千多學生，揮舞白色小旗，高舉寫著“取消二十一條，還我青島，寧為玉碎，勿為瓦全”的標語牌在天安門前集合，這就是震驚中外的“五四運動”。
學生的反帝愛國運動，受到了北洋軍閥的鎮壓，大批學生被捕。5月5日，全北京的學生罷課，強烈抗議政府對學生大打出手的無恥行為。6日，學生成立“北京中等以上學校學生聯合會”，並通電全國，組織散發傳單，講演等活動，全國各地紛紛響應。北洋政府迫於學生運動的壓力，迅速罷免曹汝霖、章宗祥、陸宗輿的職務。
“五四運動”自爆發後在全國迅速發展，邵飄萍站在曆史的高度，審時度勢，不但利用《京報》這塊陣地大篇幅報道“五四運動”，而且還針對時局的變化，5月5日至10日，在《京報》上發表了《外交失敗第一幕》、《堅持到底》、《速釋學生》、《研究對外之辦法》、《再告工商實業界》、《內外交迫》，推動五四運動朝著正確的方向前進。在評論中，邵飄萍敦促當局釋放學生，認為學生的奮起，非“由於私仇宿怨”，而是外交“困於絕境”，學生“出於天良”所致，“非法律範圍所可限製，故群眾之肇禍，與個人之故意犯罪大異”。為此，他提醒當局注意主張解散高校者和乘機報複者，“不平不當，且將激成全國之變”。
邵飄萍主張與日本等列強“鬥爭到底”，希望當局“當能嚴守”，“尤願國民亦堅持到底，使各代表可始終利於不變之地位”。他預言，在中國國民之覺悟，與日本當局之野心成正比例而俱進之時，如果政府食堅持到底之言，“中國可悲，日本也絕非可喜之事”。他在文章中還鼓勵工商實業界要迅速加入到學潮中去，希望工商實業界奮起對外，以和平切實而且持久的辦法，盡國民外交之責任，千萬“勿效官僚政客之空言”。邵飄萍更是直言不諱堅決支持學生的愛國反帝運動。5月10日，他繼續在《京報》上一次又一次地發表評論，高聲呐喊“大禍臨頭，忍無可忍”，夜以繼日地撰寫《日本之野心益暴露矣》、《外交失敗之補救》、《萬眾一心》、《求諸己》、《斥京津日日新聞》、《國民與政府之對外》、《請政府綿密注意》、《今之所謂公理》等20多篇文章。
北洋政府為了撲滅“五四”烈火，一方麵為賣國賊洗脫罪行，一方麵繼續汙蔑學生的愛國運動是“縱火傷人”、“舉動越軌”、“以愛國始，以禍國終”，甚至說學生已經構成非法行為，下令“即日一律上課”，對不聽從命令者揚言要逮捕法辦。政府的這一所為，再次激怒了廣大學生，6月3日，學生再次上街遊行、演說，被當局逮捕了181人。邵飄萍無法容忍政府的卑劣行徑，6月4日，發表署名文章《為學生事警告政府》，稱：“政府當知對人，而不知對事；但知打膚淺之官話，而不肯視為重大問題加以細密之研究。”“喚醒政府勿再專事對人敷衍，以益使風潮擴大。”政府不顧社會輿論，於4日再次逮捕700多名學生。學生沒有被嚇到，5日五千多學生再次爆發大型遊行運動。邵飄萍繼續用他犀利的文章，嚴厲指責政府袒護賣國賊，鎮壓愛國學生的醜惡行徑。
學聯成立後，拒簽運動在全國勃起。邵飄萍又撰寫了《和約簽字後如何》、《今之所為公理》、《挽回而後簽字乎抑袖手以待簽字乎》、《我國不簽字之影響》、《拒絕簽約後之一致》、《望主張不簽字者之奮起》等評論，就簽字不簽字的利弊影響，簽字與不簽之後怎麼辦，簽字不簽字的根本原因等諸多方麵進行論述，誠告國人不要迷信公理之說，不要對列強抱有幻想。中國拒簽巴黎和約，國際反映強烈。邵飄萍又發署名文章《敬訴諸世界各國之輿論》，指出，“巴黎和會名為主持公道，實已變為爭權奪利之場。”“我國專使拒絕簽字，具有萬不得已之苦衷。”因為它“直接為損害我國領土完全，間接增加東亞極大危險”，“不僅為中國自身利害計，實為東亞前途安危計，即為今後世界和平生命計”，“我國拒絕簽字自是正當防衛，不得不斷然之處置”，以喚起世界各國國民的同情。同時，邵飄萍在《拒絕簽約後之一致對外》一文中，又忠告當局再不要“內訌不已”，“宜速複統一之組織，方可以言對外。否則簽字不簽字，皆將成為無意味之舉動，且更增國家之危險”。