“喉舌”被封 流亡日本
“五四”時期，邵飄萍大膽揭露北洋政府的賣國行徑和鎮壓學生的暴行，政府當局把他當作眼中釘、肉中刺。“欲加之罪，何患無辭。”《京報》發表文章《魚行老板》、《豬子營生》，諷刺曹錕賄選，更激怒了軍閥政客。該報又轉載上海《時事新報》一短文，隱譏當時為司法總長的安福係敗類朱深，以聚斂所得供安福係政客賄選總統。原文寫的不是朱深的真名，但明眼人都知道是諷刺朱深。讀者大呼過癮，朱深卻勃然大怒，下令查封《京報》，派軍警包圍報社，邵飄萍倉促從屋頂爬出，輾轉小巷，乘黃包車躲進東郊民巷六國飯店，當局曾以各種理由引渡，但都沒有成功。邵飄萍想法設法潛出六國飯店至豐台區，再改變裝束，混於旅客中，乘車逃離北京至天津。北洋政府沒有逮捕到邵飄萍，就在全國通緝他，並於1919年8月22日查封《京報》館，判邵飄萍的戰友兼合夥人潘公弼兩個月的監禁。
到了天津，邵飄萍把行蹤電告不住《京報》館內的祝文秀女士。祝女士急忙趕往天津與邵飄萍見麵。聽完邵飄萍的講述，祝女士才知道是司法總長朱深要抓他。祝認為天津不是安全之地，要他千萬注意隱蔽，不要隨便外露。為躲避查房的麻煩，他倆住進了外國人開的賓館。在天津，邵飄萍繼續以筆名揮筆撰文，議論朝政。因為寫作需要書，當時天津兵荒馬亂，邵飄萍一時無法買到所需之書，他便靈機一動，準備派祝女士回北京取書，一方麵，他可以拿到自己所需之書，寫出更多針砭時弊的文章，另一方麵，邵飄萍正想考驗祝文秀的膽識，在血雨腥風中鍛煉她，逐漸使她成為自己的得力助手。臨行前，邵飄萍叮囑祝文秀要相機行事，當心眼線。
為了逃避敵人的眼線，祝文秀進站不乘客車，設法搭上了篷車。到北京後，她到邵飄萍夫人湯修慧那裏要齊了邵飄萍所需之書，順利返回天津。邵飄萍非常高興地說：“這是鍛煉你，今後有很多事需要你幫我去做，將來你可以成為我的第三隻手。”沒有逮住邵飄萍，朱深覺得很沒麵子，於是，在全社會公開懸賞追捕邵飄萍。在邵飄萍天津住房周圍，也有朱深的暗探，軍警似乎對邵飄萍的行蹤有所察覺，這使得邵飄萍和祝文秀不得不離開天津，於是，他們喬裝打扮乘火車前往上海，邵飄萍打扮成工人，在一節三等車廂的角落裏裝睡，祝文秀穿著母親衫打扮成保姆在同車廂另一個角落裏。
來上海不久，因為不斷的顛沛流離，邵飄萍病倒了，高燒不退，身體日漸消瘦。然而，即使在生病，他也不忘用手中的筆與反動政府做鬥爭。他將一條凳子放在床上作為桌子奮筆疾書，每天撰寫大量的文稿，由祝文秀女士郵寄到各報館。除了寫評論時事的文章外，邵飄萍還寫作劇本諷刺當時上層階級的腐朽生活。祝文秀清楚地記得邵飄萍在上海期間寫編過一個劇本《醋溜黃魚》。她說：“有天深夜我一覺醒來見阿平還在寫作，就披上依法湊過去看，隻識‘醋溜黃魚’幾個字。我以為是開菜單，要請人吃飯。阿平說不是，說過段時間我會知道的。過了不久，阿平要我陪他去看戲，劇場門口的戲牌上寫著‘醋溜黃魚’四個字。看了戲之後，我才知道‘醋溜黃魚’是阿平寫的劇本，是一本講上海哈同花園主人大妻小妾爭風吃醋的諷刺劇。當時上海幾個劇院同時上演該局，轟動一時。”
在上海期間，邵飄萍的處境使得他的報友張季鸞等為他擔心，認為在上海東藏西躲不是辦法，於是建議邵飄萍去日本一段時間，以躲避北洋政府的追殺，並向他推薦了朝日新聞社。朝日新聞社在日本甚至在世界都享有很多的聲譽。由於張季鸞在新聞方麵的突出貢獻，當時的朝日新聞社向張先生發出了工作邀請。張季鸞將這個機會讓給了四處逃亡的邵飄萍。邵飄萍感激之餘，欣然接受了這個難得的機會。
《朝日新聞》是在日本唯一獲得過美國“密蘇裏新聞獎”的有國際影響的一家大報，其地位和作用頗相似於當時中國的《申報》和此後的《大公報》。它以新聞報道的客觀、時效、通俗以及趣味等著稱，是最先實行記者考試錄用製度的。這家報社，如今也還是日本“五大報紙”之一。後來邵飄萍回憶自己在該報社工作的半年時間感歎道：“察其規模之宏大，與其辦事之認真敏捷，竊歎日本國勢之盛，蓋有因也。”
1920年2月1日，邵飄萍為朝日新聞社所聘，出任中國問題顧問一職，月薪300元日元，年休假一個月，差旅費以高級社員的標準支付，且報銷北京到大阪的往返旅費及日常生活費。雖然在朝日新聞工作，邵飄萍仍然不忘國內時政，不時在《朝日新聞》上就廢止“二十一條”和“無條件交還山東”等問題，與日本朝野坦誠交換意見。在《朝日新聞》上，邵飄萍發表的《正告日本國民》一文中，全麵陳述了中國主張主權完整、謀求中日真親善的意見。
由於“五四”運動的推動，改造中國社會的呼聲，在進步的知識界中迅速高漲。邵飄萍沒有滿足於罷免曹、章、陸和拒簽“和約”，他不滿現狀，一心想創立一種新社會。在日本期間，邵飄萍更是不斷思索國家的未來。4月，他署名邵振青，在《東方雜誌》上發表《教育與社會及政治》的文章，對當時的教育進行了全麵分析。5月，邵飄萍又將人口問題的研究成果《避娠問題之研究》投寄國內發表。為使國民正確認識各國對華外交，邵飄萍於同年7月發表評論《資本主義與各國對華政策》。
在新舊文化的衝突時期，思想界呈現百家爭鳴，異說競爭的局麵。在眾多思潮中，馬克思主義成了最有力量而為眾多先進分子所接受的思潮。然而，在“五四”以前，國內對馬克思主義的介紹較零碎、片麵，有的甚至誤解和歪曲，多數人對馬克思主義的理解也比較偏頗。1918年，李大釗發表《法俄革命之比較觀》、《庶民的勝利》，1919年元旦又寫了《新紀元》一文，標誌著馬克思主義在中國傳播的開始。在日本工作期間，邵飄萍全心全意致力於馬克思主義的學習和研究。他經常跑書店、圖書館、想方設法尋找馬克思主義著作的日譯本。隻要載有關於馬克思主義學說和俄國革命前後資料的報刊，他都收集，白天工作，晚上攻讀。他一邊研究各國曆史及現狀，一麵鑽研馬克思主義的學說，想利用馬克思主義學說挽救國家和人民。邵飄萍將其在1919年旅日期間學習蘇俄10月革命和馬克思主義的材料、心得，撰成《綜合研究各國社會思潮》、《新俄國之研究》兩書以及《俄國新政府之過去、現在、未來》等文章，體現了他從一個熱切關心祖國命運和前途的知識分子變成了一個初步具有共產主義思想的知識分子。
恢複《京報》 教書育人
1920年，段祺瑞在直皖戰爭中潰敗，“安福係”政府倒台，邵飄萍在大阪獲悉，立即辭去朝日新聞社工作。對於聘期未滿辭職，他覺得非常過意不去。在辭職信中寫道：“此為愚充日本朝日新聞社顧問聘約之後幅留作紀念者。愚於直皖戰爭歸國，京報複活，致未滿期而請求解約，往返磋商，始承允諾，為愚生平最抱歉之事。特誌之以謝該社焉。”歸國後，剛上台的曹錕、吳佩孚，為標榜自己區別段祺瑞政府，就以政府的名義授邵飄萍一枚“二級勳章”。邵飄萍明知這是收買，但還是表麵接受。回京不久，9月17日，在邵飄萍等人的努力奔波下，《京報》得以複刊。
10月，邵飄萍在上海《申報》的廣告欄上刊登了“北京《京報》恢複出版”的啟事。啟事稱：“本報自前年發刊以來，大受社會歡迎，去秋被安福派之朱深等強迫封禁，停版至今，對於愛讀本報諸君深為歉仄。茲以政局更新，本報亦根本改組，除關於政治、外交問題仍持公平嚴正之態度外，特與教育、實業各界著名學者聯合，（1）主張教育民辦；（2）批評世界思潮；（3）研究改良社會；（4）注意海外華工。準於陽曆九月十五日發行：（甲）每日兩張，外埠報價每月連郵費大洋一元，空函不複；（乙）去年定閱者仍照舊寄，希即來示證明，或費已完者，請續彙，以免中止；（丙）各處繼續代派或新願代派及擔任分館者，希即來示接洽：（丁）送登廣告，七日送閱三日，希望者請來示接洽，當即照送；（戊）各處同業願交換音，請先寄大報一份，借作楷模；（己）來示概寄北京前門外三眼井三十七號本館收。北京京報館啟。”
《京報》每日版麵隻有兩張，稿源較多，版麵緊張，結果導致華北災情嚴重等重大題材無法全麵報道。為此，邵飄萍決定從11月2日起，增《賑務日報》一張，隨《京報》送閱。時隔月餘，邵飄萍得到海內外同誌的讚助，於12月13日再增附刊《海外新聲》周報。《京報》自重新開辦後，越辦越好，得到了海內外各界的讚許。當時新文化思潮激流澎湃，為適應當時的形勢，邵飄萍又創立了《青年之友》，作者以當時學界青年為主。後來，邵飄萍又根據形勢的變化對《京報》的版麵做了幾次變革，不斷增加新的版麵和欄目，《京報》關心國家命運和人民疾苦，且不斷向國民介紹新思想、新潮流，探討救國救民的方式，在全社會引起了極大關注。
此外，為了讀者能在第一時間內讀到《京報》，1921年7月1日開始，邵飄萍雇傭了大量腳踏車夫為其送報紙，受到讀者廣泛好評。為采訪方便，邵飄萍先後用洋車、馬車作為代步工具，後來又添了一部黑色小轎車，成了中國新聞記者中以自備汽車進行采訪的第一人。這樣，在一般情況下，他能直進中南海等重要場所，從不受阻，這不但為采訪帶來了諸多方便，也保證了新聞的時效性。
當時，記者在社會上不受重視，記者本身也自暴自棄，為了提高記者的自信，培養更多的新聞人才。1923年，邵飄萍繼續“五四”前在北大設立新聞學研究會的做法，在汪大燮等人創辦的平民大學出任主任教員。對平大設新聞係一事，《京報》8月8日寫道：“我國新聞事業，日益發達。新聞人才，日見需要。北京平民大學，為供應社會之需要，造就健全之新聞人才起見，特自今年下半年起添設新聞學與社會學兩係，為國內各大學所未備之科目。凡有誌新聞事業者，當以此為研究之唯一機會。”邵飄萍在平大教授新聞學科，與在北大新聞研究會時一樣，強調記者要重視品性修養，突出新聞的真實性。並就其13年記者生涯的豐富實踐經驗，講述記者必備的條件。