援馮助郭 擁戴中山
邵飄萍生性厚道，結交廣泛，三教九流，無所不能，尤其在北洋軍閥首領曹錕以賄選手段奪得總統，北京政府完全被反動軍閥曹錕、吳佩孚掌控，全國革命形勢陷入低迷期間，這時的邵飄萍覺得一個文弱書生力量有限，不可能戰勝惡勢力，所以經常留意政局，渴望與軍界進步人士的聯合，文武兼容，以實現救國救民的偉大理想。馮玉祥、郭鬆齡在北洋軍人中比較進步，因此，邵飄萍極力找機會與他們接近，最終，雙方結下了深厚友誼。
馮玉祥在北洋軍人中，性格倔強，痛恨政府的腐敗無能，立誌要救國救民，因此在軍閥中受到排擠、猜忌和壓製。1922年10月31日，吳佩孚將馮玉祥由河南督軍調任陸軍檢閱使，駐紮京郊南苑。馮玉祥深知其中的奧妙，一方麵不動聲色，大智若愚，大練精兵；一方麵留心物色合作人才，以圖他日登山再起。邵飄萍就是他選擇的一個對象。1923年6月，馮玉祥邀請邵飄萍到南苑做客，就當時政局及其他種種問題做了深刻交流。第二天，《京報》刊出了部分談話內容。1924年，馮玉祥又邀請北京各界代表人物到南苑參觀督軍閱兵式，邵飄萍也在應邀之列。閱兵式上，隊列整齊，顯示了馮軍的威武和良好的素質，參觀者讚不絕口，馮玉祥自然高興。馮玉祥還邀請新聞界人士座談，席間，多數人用溢美之詞形容馮玉祥，唯獨邵飄萍直言督軍的弱點，以及不利的處境，精辟分析了國內外形勢，建議馮玉祥離開北京，屯兵西北將來必有作為。馮玉祥對邵飄萍一番話甚感興趣，大為讚賞，當晚又邀請邵飄萍密談。邵飄萍還建議馮將軍與南方革命力量聯係，將部隊改編為國民革命軍。邵飄萍的這些建議和談話給馮玉祥留下了深刻的印象，並對他產生了深遠的影響。
1924年9月15日，奉軍張作霖向山海關進攻。北京當局曹錕、吳佩孚發布命令討伐張作霖，18日任命馮玉祥為第三軍總司令，率兵北上與張作霖作戰。馮玉祥假裝聽命，21日，先頭部隊出發，其實是在尋找機會推翻曹錕、吳佩孚政府，因此，後續部隊卻遲遲不出發。軍隊一天前進八十裏，然而又折回六十裏，在佯動中做好一切準備。10月12日，吳佩孚離開北京，到山海關前線督戰。馮玉祥獲悉後，立即宣布班師回京。10月21日，馮玉祥的數萬部隊掉轉槍口，瞄準了北洋政府。鎮守北京的孫嶽大開城門，馮玉祥軍隊迅速封鎖了要道，包圍了總統府，抓獲了曹錕，並囚禁於中南海延慶樓，在不知不覺中完成了“北京政變”。北京政變的當日下午，邵飄萍又與馮玉祥會晤。邵飄萍提出種種問題，馮將軍一一解答。對於這次談話，《京報》於10月24日刊出《馮檢閱使與本社邵君談話》，標題為邵飄萍手書，還刊出了照片。第三版又刊登了《馮軍駐京後之京畿治安》、《馮玉祥等主張和平通電》、《馮檢閱使之布告》等文稿，積極支持馮玉祥的北京政變。
25日，馮玉祥召開軍政會議，組織攝政內閣，並邀請孫中山北上商定國是。會議采納邵飄萍的建議，決定將參加此次政變的部隊更名為“中華民國國民軍”，公推馮玉祥為司令兼第一軍軍長。對於此次軍政會議，《京報》於26日作了詳細報道。對於馮玉祥政變後的時局，邵飄萍寄予了很大的期望。為了助馮玉祥一臂之力，《京報》特發增刊《時局論壇》，增刊從10月31日至12月1日，共發8期，深受民眾歡迎，也是馮玉祥國民軍將士的主要參考讀物。
然而，北京政變的局勢很快就惡化了。奉軍張作霖不守諾言，拋開政變前與馮玉祥“保證奉軍不入關”的君子協定，待曹錕、吳佩孚一倒台，就揮兵入關。馮玉祥考慮到孫中山先生來京還需要一段時間，又錯誤地先請段祺瑞出麵維持，段祺瑞輕而易舉地奪取了“中華民國”臨時執政的寶座，形成了一個以段祺瑞為首，段、張、馮聯合政府。
上台後，段祺瑞野心不改，不顧全國人民的反對，宣布維持帝國主義在中國的特權，並與駐京的各國公使勾結起來，反對孫中山北上。段祺瑞、張作霖還聯合排斥馮玉祥，迫於無奈，11月24日，馮玉祥通電下野。1925年1月13日，被逼無奈的馮玉祥就任西北邊防督辦一職。為再助馮玉祥一臂之力，2月15日，《京報》增發附刊《西北周刊》，創刊號上刊登馮玉祥贈送邵飄萍的照片，刊名下署“西北邊防督辦”。周刊頭版刊登邵飄萍的文章《開發西北之重要關係》，文章開門見山地稱，本刊發行之目的，在於開發西北，欲圖西北之開發，不可不先引起國內注意西北問題，共同討論，以供邊防當局之參考。文章還論述了開發西北的重要意義，指出可以鞏固國防、減除兵患。
邵飄萍對土匪出身的張作霖曆來沒有好感。1918年張作霖在秦皇島搶劫了北洋政府向日本訂購的一萬七千支步槍，時為《申報》記者的邵飄萍迅速發表文章揭露張作霖，將張搶劫槍支的行為與其土匪出身聯係起來，陳詞尖銳，全國嘩然，張作霖十分難堪，耿耿於懷，一直在尋找機會報複。對於軍閥的禍國殃民，邵飄萍深惡痛絕，經常在《京報》上公開指責奉係軍閥張作霖。
政府的腐敗無能和革命形勢的向好發展，使得政府軍中的一些高級將領不斷反戈政府，投身革命。奉係軍閥中郭鬆齡效仿馮玉祥將軍，宣布與國民軍結合，改稱所屬為東北國民軍，討伐張作霖。1925年10月，郭鬆齡獲悉張作霖打算承認賣國賊袁世凱都不敢完全兌現的“二十一條”為條件，來換取日本大量軍火進攻馮玉祥的國民軍。郭鬆齡大為震驚，正好當時張作霖委托他去天津成立第三方麵軍司令部，統轄三個軍，郭鬆齡充分利用這次組建司令部的機會，調配人員，安插心腹，為將來的倒戈張作霖作了相應的準備。當邵飄萍從秘密渠道獲悉郭鬆齡有倒戈張作霖之意，特意發表很多讚揚郭將軍的文章，甚至不斷做工作。
在與郭鬆齡的交往中，邵飄萍主動宣傳國民革命的形勢，曉之以理，動之以情，促使郭早日與張作霖決裂。邵飄萍還在馮玉祥和郭鬆齡兩位將軍中穿針引線，密傳情報。邵飄萍經常派其助手祝文秀秘密送遞文件，往返於京津、東北等地。有次祝文秀往東北奉天送信，剛下車就發現有人在把關搜查，祝文秀那天穿得很漂亮。出站時，裝出一副貴婦人的派頭，一邊等候搜查，一邊拿出小粉盒子，對著裏麵的小鏡子給自己塗脂抹粉，其實那封秘密信件就放在粉盒的夾層裏，幾個搜查的人朝她看了幾下，不知道她的來頭，問也不敢問就放她過去了。祝文秀就是通過這樣與北洋軍閥鬥智鬥勇，往返於京津之間，為馮玉祥和郭鬆齡傳送密件。