1925年11月24日，郭鬆齡到欒川召開軍事會議，宣布班師回奉，倡導和平。當場扣留了不肯簽名附和的四個師長和三十餘名旅以下的軍官，爆發了東北國民軍的灤州事變。郭鬆齡通電反張，電文近兩千字，刊於27日之《京報》。同日同版刊載的還有郭鬆齡等聲討楊宇霆的電文。馮玉祥在24日也發出通電，曆數張作霖的罪狀，勸他引咎下野，以謝國人；並調整軍隊部署，以示對郭鬆齡倒戈反張的支持。
就在郭、馮通電反張之日的前後，邵飄萍在包頭采訪，並與馮玉祥將軍進行了長時間會麵，27日，馮玉祥將軍親書聘書，聘邵飄萍為高等顧問。回京後，邵飄萍立撰《包頭視察記》，並載於11月28日的《京報》，同時刊出與馮玉祥一起視察的三張照片。自郭、馮通電全國，邵飄萍在《京報》刊登了《郭鬆齡致張學良一封書》、《再致張學良》、《電告進攻錦州奉軍》、《聯馮反奉原因及其經過》、《郭軍到錦州》、《郭鬆齡到興城》、《京津間之形勢》、《郭軍已占錦州》、《張作霖之末路》、《奉張大勢已去》、《昨日之國民軍》等大量文章，支持郭、馮。並親自撰寫評論，指出西北和東北國民軍聯合打倒東北張作霖，為中國國民革命掃清障礙，並評價這一革命行動“雖不敢謂中國之政治麵目即是進於康衢大道，然至少可認為服從民意，警醒軍閥，使中國發生一種新機運之有益的行為”。
邵飄萍在京報上發表文章，曆數張作霖的種種罪狀，在《日軍閥之幹涉中國內政》一文中指出：“吾人所以反對張作霖者，固因其違反民意，妄肆野心，以武力逞威權，視戰爭如兒戲，獨夫民賊，不應再聽其專橫。……固雖擁有東省之富庶，而財政紊亂，胡匪猖獗，暴斂橫征，社會破產，數次侵略關內之戰，皆耗費數千萬金，可莫非東省之人民之所負擔，充其舍近圖遠窮兵黷武之虛榮心理，東省民力將無複得資修養之期。推翻張作霖，即為鏟除整理地方之障礙。”在郭鬆齡節節取勝，進逼張作霖老巢奉天時，邵飄萍又撰文鼓勵張學良“父讓子繼”。邵飄萍在報紙上對張作霖的討伐，令張作霖坐立不安，彙款三十萬給邵飄萍，想收買他，堵住他的嘴，邵飄萍更為惱火，當即將張的三十萬彙款退回，並繼續在報上對張進行無情的揭露。
日本政府對郭鬆齡發動的倒戈事件極為關注。灤州起義後，日本政府立刻發表聲明：“滿蒙與日本有密切關係，對蒙滿發生的事件，日本不能持旁觀態度。”但沒有表明在張、郭之間支持哪位，而是靜觀其變，想利用張、郭戰爭來擴大其在東北的利益，等待機會在張、郭中選擇一位進行交易。他們先與郭鬆齡接觸，得出的結論是一旦郭取得政權，日本在東北的特殊利益將會大受其害。於是暗地支持張作霖，向張作霖提出“關東租借地租期”、“南滿鐵路管理權延長九十九年”以及日本在蒙滿享有其他種種特權作為條件，並要他承認“二十一條”中關於蒙滿地位的條款。張作霖為了達到消滅郭鬆齡，保護自己利益的目的，再次不惜出賣國家的主權，在日本早已準備好的不平等條約上簽字。關注東北局勢的邵飄萍對張作霖的伎倆洞察秋毫，於12月10日發表評論《日本兵與張學良》、《日軍閥之幹涉中國內政》，譴責曆來以“中日友善”為口頭禪的日本當局妄圖侵略東三省，乃至全中國的野心。
一心想除掉張作霖的郭鬆齡終於在日、張的聯合夾擊下失敗下了。最後夫婦倆都死在張作霖的屠刀之下。郭鬆齡失敗後，邵飄萍在《京報》上闡述倒戈反張失敗的原因時指出，要害是日本關東軍的參戰和張作霖接受白川司令的要挾條件。在時評《日本暗助奉張之成功》中揭露：“日本阻止郭軍之前進，各省嚴守中立之態度，實際則使郭軍中途淹留，奉張可以從容備戰，致九死一生中獲得最後之勝利。故此次郭軍之敗，乃日本助張政策之成功，日本亦何愛於奉張乎？……”邵飄萍把此事件的真相向民眾披露後，在北方掀起了反日、反張的民眾運動。這使張作霖更加痛恨邵飄萍，發誓打進北京後就要逮捕邵飄萍，槍斃他。
孫中山從事革命工作幾十年，辛亥革命的勝利果實被袁世凱奪得，幾次組織政府幾乎都是曇花一現，最後都是被野心家擠下台。對於孫中山為救國走過的艱難坎坷，邵飄萍從在孩提時代開始就看在心裏。邵飄萍當麵向孫先生請教多次，因此，孫中山先生，對於邵飄萍來說，永遠是個長者、良師和益友。
1923年6月，中共在廣州召開第三次全國代表大會，決定采取積極步驟，與孫中山領導的國民黨合作，壯大革命統一戰線，李大釗、毛澤東、高君宇積極參與了此事。1924年1月20日，國民黨召開第一次全國代表大會。對於這次會議，《京報》以《國民黨大會通過組織政府案》一文，就“孫總理致訓詞後，關於中國現狀與國民黨改組問題，演說亙二小時之久”作了概要報道。後又連載了《國民黨全國大會宣言全文》。孫中山在絕望之際接受了中國共產黨的援助，實現第一次國共合作。邵飄萍積極支持，並利用《京報》積極宣傳。
馮玉祥取得北京政權後，電邀孫中山先生北上共商國事，《京報》幾乎每天報道孫中山的消息和北方政局。1924年11月14日刊《孫中山定昨日離粵赴滬》，報道孫中山先生將在上海稍作停留，與上海方麵國民黨商議幾天後北上的消息。17日，邵飄萍又全文刊登《孫中山離粵時宣言》。19日，中山先生到達上海後，《京報》刊《所譴帝國主義者之一矢》，12月4日，孫中山抵達天津，受到當地一百多個團體、一萬餘人的熱烈歡迎，《京報》先後刊出《孫中山先生繞道日本來津》、《北京各團體籌備歡迎孫中山》、《中山抵津盛況》等新聞通訊。邵飄萍在中山因病延期到京期間，為宣傳中山主張，先後刊載中山先生演講錄《大亞洲主義》，在《京報》副刊《圖畫周刊》創刊號上，登出“全國景仰之中山先生”全身像。所有這些宣傳，給反對孫中山的段祺瑞執政府以沉重的打擊。