龍樹、提婆創建的中觀學派，反對部派佛教某些流派萬物實有的觀點，認為人生的痛苦，在於對世間一切事物沒有真正的了解，產生了顛倒分別的無益戲論。要解決痛苦，最根本的是要體會一切事物的“實際”，認清一切事物並無實體，也就是“無自性”，就是“空”。中觀學派的空觀是根據緣起學，萬物即是因緣和合而生，這就說明不是真實的存在。因緣所生就證明事物的內在並不真實，任何事物因而得以存在，它就必定失去聲稱自己有內在真實性的權力。佛教的緣起學是講任何事物都是有原因的，否則就不是實有的事物。這就是說，由於事物是有原因的，因此是實有的。而中觀學派認為，一切有原因的事物都不是真實的，正是因為有原因，所以才不真實。這是在緣起學的基礎上，進一步發展成為緣起性空、一切皆空的宇宙觀，因此，中觀學派亦被稱為空宗。
瑜伽行學派繼承了中觀學派的空觀思想，但認為一切皆空的說法，會導致否定佛教的主體和境界理論，危及佛教自身存在，於是提出了萬物唯識所變，識有境無的主張。眾生的“識”是變現萬物的根源，由於萬物由識所變，因此萬物（也就是境）是無（也就是空）。由於識能變現萬物，此“識”是有的。瑜伽行學派主張識有，所以又名有宗。識能變現萬物，識也就是眾生輪回轉生的主體。由此，瑜伽行學派提出了“轉依”的宗旨，作為解脫的代替語。所謂“轉依”，就是從人們與生俱來相續不斷的意識著眼，認為人們意識、認識的轉變，會影響行為，也會使整個的認識行為和環境都發生轉化，眾生也就隨著這種轉化而成佛。這是佛學中最具有典範意義的哲學。
瑜伽行學派的理論，一般稱其為唯識學。唯識學的思想理論，在全部佛學的體係中，是最具條理最具組織的一門學說。佛陀住世四十九年，說法講經三百餘會，依佛陀說法的次序而言，唯識學的教說屬於第三時教說。唐代窺基大師根據《解深密經·無自性品》之三時而立：第一時教，釋尊於初時為發趨聲聞乘者宣說四諦之理，稱為第一時有教，指《阿含經》等所說“我空法有”之旨，謂一切存在均由因緣所生滅，故無實體，然實有構成存在之要素，故稱有教，指小乘；第二時教，釋尊為發趨大乘者講說“諸法皆空”之理，如《般若經》等之說，謂一切萬法本來即為空，此係否定之教法，稱為空教，指大乘空宗即中觀學派；第三時教，釋尊為發趨一切乘者講說中道之義，如《華嚴經》、《解深密經》等，以三性三無性之說，談空之真意，肯定非有非無之中道，故稱為中道教，指瑜伽行學派。此三時教中之初時有教與第二時空教稱為方便未了義教（方便權巧而未圓滿之教法，攝機、教理各有互缺），對前二者，則第三時中道教稱為真實了義教（完全、真實之說教，攝機、教理是圓）。三時教判原係印度戒賢論師所立，我國法相唯識宗對三時亦有不同解釋：有以根據佛陀實際說法之前後時期為別之年月三時說，有以根據教法意義、內容之深淺而別之義類三時說，以及折衷前二者之年月、義類兼帶之三時說。不管三時的教判怎麼說，大乘佛教的空有二宗，將佛教哲學發揮到了極點，達到了宗教思想的高峰，特別是唯識學，可以說標誌著印度佛教思想的完成和終結。
佛陀入滅後，佛教流行於世，先後成為主流的教義，也是巧合於《解深密經》釋尊三期說法施度教義的次序。佛陀入滅後，由迦葉、阿難、優婆離等所主持結集的小乘三藏，得當時國王大臣的保護，弘傳得勢，雖有菩薩結集的大乘教法，但還不為一般人所知道，所以佛陀入滅後五百年中，小乘教法的弘傳成為主流，大乘教義，不過隱行而已。到六百年間，有馬鳴菩薩出世，著《佛所行讚》等，竭力倡大乘佛法，這時大乘教法才露其端倪。繼有龍樹菩薩應運而生，依據《大般若經》，造《中論》等破斥小乘有執，闡揚大乘畢竟空義，更得其弟子提婆菩薩的協助，造《百論》等廣破外道、小乘，於是大乘空義大盛，小乘教義的弘傳因之而衰，大乘畢竟空的教義，成為了弘傳的主流。但畢竟空的意義，非上根利智的人，不易徹底了解，智慧稍差者，往往闡空而墮了惡取，所以龍樹師徒入滅後，一般人誤解空義，走上佛陀所嗬斥的斷見邪途。到佛陀入滅後的九百年間，有無著菩薩出，傳說他以神力上升至兜率天親依彌勒受教，因而得悟大乘空義。並且為了取信於人，無著特請彌勒菩薩下降人間，說《瑜伽師地論》、《辯中邊論》等，發揚第三時之教說。無著自己亦依《解深密經》、《瑜伽師地論》等造《攝大乘論》、《顯揚聖教論》等，奠定五法、三性唯識的雛形，後得其弟世親菩薩回心皈依，造《攝大乘論釋》，並廣造諸論，破斥外道、小乘，弘揚三性唯識的教義，晚年造《唯識三十論》，尤為唯識學之傑著，後有十大論師給這部論造釋，於是唯識學蔚然大興。瑜伽行學派成為佛陀入滅九百年之後，佛教流行於世的主流。