前述之兩種說法，一是依於《解深密經》，一是唯識學者傳統的史敘。若是以上麵指出的應時而發揚的眼光去看唯識學的產生，那更有特殊的深義了。瑜伽行學派學者雖然建立了八個識，而前六識為大小各派所共許，故其偏重確為第八阿賴耶識與第七末那識。何以要偏重地建立第八識？這出發點主要是使“無我”說與“業果”說的問題，得到調和與解決。佛陀住世數十年，為教化眾生所說的法義，其主要的特質，就是無我而有業果的說法。有業果而無我，是佛陀親證的真理，佛陀宣揚出這自己所親證的真理，一掃當時印度各種宗教神權的主宰與實我的計執。但無我而有業果的說法，其含義太奧妙了，不為一般從無始以來就妄執深重的眾生所了解，所以從表相上看來，無我而有業果，似乎是矛盾的。既是無我，業果支配的是誰？向來實執習氣深厚的人們，莫不生起這樣的疑問。佛陀住世時，很多的人都以這個問題向佛陀請問，以佛陀的智慧功德開示疑問者，很容易使疑問得到了解而信受。佛陀入滅以後，佛弟子們沒有佛陀的大智慧功德，對於無我而有業果的道理雖然自己能夠信受，但對於持這個問題的來問者，卻不能予以調和及圓滿的答複。而事實上這個問題又非解決不可，所以小乘佛教各部派，都在佛陀的教說中找根據，以期解決這個佛教的根本問題。如沙婆多部立三世實有之蘊假我，犢子部立不可說我，大眾部立根本識，化地部立窮生死蘊，正量部立果報識，上座部立有分識，經部師們立心種等，都是為了解決無我而有業果的問題，在佛陀的教說裏找著了根據而產生的特殊建立者。因為有所建立，而建立的理論又非盡善，於是產生計執實有所得的流弊，一有計執，顯然又與佛陀所說的無我而有業果的意義離得太遠了。所以龍樹菩薩於佛滅後六百年出世，見著小乘各部派的建立，已成為實有計執的流弊，不合乎佛陀說教的本懷，乃據《大般若經》倡導畢竟空義，一掃小乘各部派的蔽執，於是空宗大興，小乘、外道為之披靡。但是，空宗之興乃是破執救弊而起，偏重破斥，於諸法緣起性空的空義方麵發揮至極，而緣起有之有的方麵，卻少有建樹。所以流行既久，實有計執雖除去，空的執著又產生了，岌岌乎不落於斷見者有幾人！
到佛滅後九百年頃，無著菩薩出世，為了補救計空計有的偏執，根據《解深密經》等教理，倡導外境非有，內識非無的唯識中道義。外境非有，是破除諸法實有的計執；內識非無，是建立業果流轉的真異熟主。小乘各部派所說的根本識等，大多指的第六意識，或意識所依根，在無著菩薩看來，都不能成為建立業果的真依處，根據教理的確定，最低必須具足異熟、不斷、遍三界的三個條件。小乘各部派所說的業果依處的第六意識或意根，根據經典的研究，很顯然不能全具這三個條件，所以沒有作真依據的資格。於是無著菩薩在經教中潛心研究，尋找一個阿賴耶識出來，而且是大小乘共許的《增一阿含經》中找出了一段經文作證：“世間眾生愛阿賴耶，樂阿賴耶，欣阿賴耶，喜阿賴耶，為斷如何是阿賴耶，說正法時，恭攝耳，住求解心，注隨法行，如來出世如是甚奇稀有，正法出現世間。”從這段經文看來，眾生愛阿賴耶識……所以流轉生死，要斷生死，必須聽聞正法，斷阿賴耶，才能得到解脫，此文即暗示有情流轉三界生死的精神係主即阿賴耶識！在意義上說，阿賴耶的本義為攝藏、依處、根本等義，可以攝藏業行的潛勢力、經驗、記憶等，也可說阿賴耶識為業行潛勢力、經驗、記憶等的依處，正合佛陀說有情流轉生死的行支為緣有識支的定義。無著菩薩找到這段經文的根據後，回頭再看小乘各部派所建立的業果依處之根本識等，在佛陀的本懷不是指的第六意識或意根，乃是第六意識與意根之外的另一個心識，即阿賴耶。同時，更在大乘經典裏尋出阿賴耶的根據來，找出許多與阿賴耶同義異名的心、阿陀那、種子識、異熟識等作證，主要的如大乘經典《阿毗達經伽陀》中說：“無始時來界，一切法等依，由此有諸趣，及涅槃證得。”複有頌說：“由攝藏諸種，一切種子識，故名阿賴耶，勝者我開示。”《解深密經》說：“阿陀那識甚深細，一切種子如暴流，我於愚凡不開演，恐虞分別執為我。”《華嚴經》亦雲：“三界唯一心，心外無別法，心佛及眾生，是三無差別。”大小乘經典的根據既已找到，再加上理論上的推論，成立阿賴耶識之決有，與確為有情流轉生死的精神係主，於是阿賴耶識確然地建立起來。但真此異熟主的阿賴耶識，是恒轉如暴流似的非常非固實性的精神係之總框，不是恒常主宰不變的固性個體。這種破除實執而存在業果的建立，顯然不背無我說而又能建立業果流轉的意義。阿賴耶既為有情所愛樂欣喜之對象，在能所的關係上，必另有一能愛著此阿賴耶之心識存在。而且此一心識也必須是染汙、遍於三界、恒時不變的愛著阿賴耶，倘若這能愛著的識在三界中有處不起現行，或時間上有間斷，則在眾生位上即有不起我執的時候與處所的過失。所以這個心識，必須是恒時染汙，遍三界，於阿賴耶恒審思量，才能愛樂欣喜阿賴耶。大小乘各派所說的第六意識，根據教理的研究，都沒有具備這遍三界恒思量而愛著阿賴耶的意義，於是乃在經典裏尋出心、意、識三者之訓釋有別，與不共無明等不成的六個理由，推證第七末那的存在，為常恒愛執阿賴耶見分為我的染汙意識，而建立有情有八個識的體係。根據這種思想理論，無著菩薩乃造一部《攝大乘論》，完成這體係雛形係統的唯識學，而麵授其弟世親菩薩。世親菩薩更為《攝大乘論》造釋，並且繼承這一學說體係而竭力推演闡揚，晚年著成《三十唯識論》，成為瑜伽行學派高建法幢的寶典。繼之有十大論師競為此論造釋弘揚，於是唯識學大興。發展至三百餘年，護法論師集其大成，唯識學義迄此已發揮得淋漓盡致了！玄奘大師留學印度，投於那爛陀寺戒賢論師門下，學成歸國，創立法相唯識宗。由此，唯識學之研究中心由印度而轉至中國。