唯識思想的產生，雖是佛滅後7世紀以後的事，但其思想源泉，以及在發展中的思想演變，當從原始佛教去探究。
原始佛教的根本教義，是業感緣起說，而大乘唯識學上所說的幾個唯識觀念，大都與業感緣起有關。如《解深密經》所表現的“即心所現”的唯識思想，就與業感緣起的認識論有關連。人們認識作用開始，依佛法所說在於觸（感覺），但感覺的發展不是無因而突然的，必有其活動的機構在，於是進而發現“六入”，六入為觸活動的機構，所以經中說觸以六入為緣。但六入在人的生命體上，可說是沒有問題而被公認了的，但認識它卻不能從現量而得，隻可以比量而知，因要知客觀的名色反映而起認識作用，所以六入又以名色為緣。這樣一來，名色就成了所認識的客觀對象。此所認識的名色，必須透過主觀的認識，方能得知其形相如何，如果離去主觀的認識，那就毫無意義可言了，所以經中說，名色以識為緣。如是從緣起的認識論之立場出發，人類的認識，其主要因素在於識。主觀的認識存在，客觀的對象就存在；主觀的認識滅去，客觀的對象也就滅去；所認識的對象有無，不取決於客觀的本身，而取決於客觀的心識，那自心所現的唯識義，豈不是很容易從人的心裏現起嗎？《解深密經》所表現的“因心所生”的唯識思想，就與業感緣起的胎生論有關。胎生有情的最初受胎，依佛法所說是由於識，即當父母結合時，主體的心識，由於業力的牽引，於一刹那投入母胎，吸取父精母血，使生命一天天地增長起來，以至於成人。這一入胎識，唯識家稱其為是生命果報識，為去後來先的果報主體。所以《顯揚聖教論》卷一明白地引十二緣起中“識支”，以證明阿賴耶識，故曰：“雲何有此識？如簿伽梵說：無明所覆，愛結所係，愚夫感得有識之身。此言顯有異熟阿賴耶識。又說：如五種子，此則為有取之識，此言顯有一切種子阿賴耶識。”於是唯識家就將“因生所生”的唯識義，建立在緣起的胎生論上。因為十二緣起中的名色，是有情組合的要素，亦即身心組織的全體，換句話說，就是五蘊的略稱，所以學術界大多數都確認色為色蘊，名含受想行識四蘊，是則名色支中具有識蘊。這裏需要明確的是：名色中的識蘊，具體包括“六識”，而“識緣名色”的“識”，是這粗顯的“六識”背後所潛在的微細心識。自細心思想被發現，後來的大乘學者，就將其據為自己所建立的賴耶，所以《成唯識論》特別引《阿含經》中所說的“識緣名色，名色緣識”兩句話，作為實有阿賴耶識的教證。
佛教的入胎識，不僅在入胎時負有主導的作用，就在一期生命中也負有執受功能，任何一個生命體，不論在什麼時候，都不能離開主體的心識，什麼時候離開生命自體，生命自體就在什麼時候崩潰。從這個意義觀察，原始佛教所說的心識，具有這樣的勝用，唯識學所說的賴耶，同樣具有這樣的功能。因此，原始佛教的理論裏，明顯的具有唯識思想的痕跡。
唯識學上的“由心所造”的唯識思想，在原始佛教中也可找到依據。佛說緣起，具有兩大律，就是雜染的流轉和清淨的還滅。為什麼會有雜染而流轉於生死，是由於雜染心造作雜染諸業；為什麼會由清淨而還滅於涅槃？是由清淨心造作清淨諸業。根據這一原理，很明白地揭示出有情的雜染或清淨，不是由於其他什麼因緣，而要以人的一念心為轉移，所以《阿含經》中說：“心雜染故有情雜染，心清淨故有情清淨。”此種因心的染淨而有染淨的有情之說，發展到唯識家的理論裏，就將其用作唯識的教證了。說萬有的諸法，都是由人的心識所造，如《華嚴十地經》說：“三界（虛妄）但是一心作，十二因緣分皆依心。”《成唯識論》卷四，講到五教十理，其第十理引證《阿含經》“心雜染故有情雜染，心清淨故有情清淨”的經文之後，有段釋文說：“謂染淨法以心為本，因心而生，依心而住故，心受彼熏，持彼種故。”如此所說的心，究竟是怎樣的？《唯識論》卷三說：“染染諸法種子之所集起，故名為心。”由此可知，“由心所造”的唯識思想，是從原始佛教之緣起論發展而來的。
依據學術界所說，小乘佛教隻講六識，除此更不講其他心識的存在。事實是不是隻有六識呢？隻此六識能不能說明心理之一切？從常識的自覺經驗所得，深覺粗的六識，不僅向外的五識，有時間斷不起，就是內傾的意識，在某幾個現象中，也會停止其活動的。雖然六識不起作用，但仍是具有生命的有情，是有情就不能沒有心識的執持，此執持有情生命體的心識是什麼？在學者們不斷地探究之下，慢慢認識到了六個間斷識外所存在的相續細心，如是細心被發現，心識思想就邁進了一步。理論上盡管可以說有細心，而尚無明顯的教證可尋，所以細心說開始被提出，學者們遠未敢直捷地說他別有實證，隻是把其看作一種意識的細分而已。其後從佛陀的聖教中，發現細心的根據，才公開地在間斷的六識之外，建立起一味恒在的細心。所謂聖教的根據，就是佛說的“十八界”理論。要知道心識活動的生起，需要所依根與所緣境，而十八界的學說，恰好就是緣於此說而來。即內根、外境各六，所生起的認識，自然也就有六。從所依根去思索，不期然地找出了細心說的來源。六根，大體分別有色根與心根兩類，即前五根是色根，後一根是心，而這意識所依的心根，學者們認定他就是六識外的細心。細心的思想，是在這樣情況下產生的，後代的大乘唯識家，以細心為賴耶，因此可以肯定地說唯識思想與原始佛教的十八界學說，有著深切的關係。