2.在種識現起一切的思想下，確立唯識無境的原理。萬有諸法的現象，是從種識所現的，而諸現象的本身是不是就是識，這在《心意識品》還沒有交代，要到《分別瑜伽品》，佛陀對彌勒解答心境一異的問題，才具體地顯露，如說：“我說識所緣，唯識所現故……此中無有少法能見少法，然即此心如是生時，即有如是影像顯現。”這很明白地否定了一切客觀的存在，而發展成為一切是心識所現的思想，以成立有心無境的唯識義。從思想的演進看，《分別瑜伽品》的此一說，是對《心意識相應品》的種識說加以一種補充而圓滿的說明。唯識思想發展到論典時代，就將一切種子心識的唯識義，稱之為因能變；而將識所緣是識現的唯識義，稱之為果能變；因而證知兩種能變思想，不是後代論師所獨創的，而早在《解深密經》裏，已具體而微地含有了。
3.唯識學所說的三性三無性義，在《解深密經》裏，不但可以找到明顯的根據，而且還有詳細的說明，這如《一切法相品》與《無自性相品》所說可知。後代唯識學者，對此雖有種種不同之說，但其根本義均不出《解深密經》。
4.唯識學上重要的論題，且在佛教界展開激烈的論爭，至今仍為佛教自身一大懸案的三乘、一乘究竟的問題，在《解深密經》之《無自性品》中，對這一論爭有很好的啟示。唯識學者堅持三乘究竟，就是以本經為教證，而透徹精辟地說明為什麼是三乘究竟，在諸大乘經中，亦隻有《解深密經》了。
5.如來的境智，是不是常住，學術界和佛教界都有不同的看法：將其視為無漏無為，必然就說為常住不變，而不承認其有生滅；若將其視為無漏有為，必然就說為有生有滅，而不承認其常住不變。前者如真常大乘說，後者如唯識大乘所說。唯識家所以作如是說，是據《解深密經·如來成所作事品》而來，因為這一品詳細地討論到這一問題，結論認為佛的境智，是有生滅現象的。
6.唯識學所判的三時教，完全依《解深密經》論說。
即此六點，可以看出經典時代的唯識學，對於唯識的要義，差不多都已涉及，如果說還有什麼所缺，那隻有種子說的思想，在《解深密經》中，尚未有怎樣的開顯。
《大乘阿毗達磨經》的思想內容，因為該經沒有漢譯，不得而知。不過無著菩薩的《攝大乘論》為解釋該經的《攝大乘品》，再就《阿毗達磨雜集論》、《成唯識論》等所引《大乘阿毗達磨經》的經文來看，亦可發現該經的思想所在，並且知道古來的學者們，把其與《解深密經》等量而觀。因此，該經雖然沒有漢譯，但不能忽視其所含的唯識思想。如《解深密經》中所說“我說識所緣，唯識所現故”的唯識義，不是由想象或推論而得的，而是從實踐實行中所體驗到的，但在《解深密經》裏，還沒有用這一方法論證“識所緣是識現”的道理。用這一方法論證的，是《大乘阿毗達磨經》。如《攝大乘論》引該經說：“若諸菩薩成就四法，隨能悟入一切唯識都無有義。一者成就相違識相智，如餓鬼、傍生及諸天、人，同於一事，見彼識有差別故。二者成就無所緣識現可得智，如過去未來夢影緣中有所得故。三者成就應離功用無顛倒智，如有義中能緣義識應無顛倒，不由功用知真實故。四者成就三種勝智隨轉妙智，何等為三？一得心自在一切菩薩，得靜慮者，隨勝解力諸義顯現。二得奢摩他修法觀者，才作意時諸義顯現。三已得無分別智者，無分別智現在前時，一切諸義皆不顯現。”由佛所說三種勝智的轉隨轉妙智，及佛所說三種極強有力的理由，那“識所緣是識現”的唯心無境的理論，可說已得到極充分的證明。同時，從唯識學的全體看，唯識思想演進至此，其體係也就益臻完備。再從《攝大乘論》通釋《大乘阿毗達磨經》所說法有雜染分、清淨分、彼二分的三分看，不但知道該經含有充分的識變義，而且知道該經還具有三自性義。其他，《攝大乘論》引該經的伽陀，以實阿賴耶識的實有；無性之《攝論釋》據《大乘阿毗達磨經》的“諸法於藏識，識於法亦爾，更互為異性，亦常為因性”一頌，以明輾轉攝藏互為因果的道理，都是唯識學上重要思想之一環。