瑜伽行學派及法相唯識宗謂，諸法之種子各有本有、始起二類，而種子須具備之六項條件，稱為種子六義。據《成唯識論》卷二、梁譯《攝大乘論釋》卷二等載，即：（1）刹那滅義，謂眼、耳、鼻、舌、身、意等諸識種子，一念才生，生則隨滅，念念不停，刹那變異。（2）果俱有義，果即識與根，謂識與根同時俱起，以成力用。如眼根照色境時，眼識隨即同緣，於諸實境分明顯了。耳、鼻、舌、身、意亦同。（3）恒隨轉義，謂眼、耳、鼻、舌、身、意等諸識起時，種子隨轉。如眼根照境時，眼識種子隨即相續，無有間隔。（4）性決定義，謂諸識各各所緣善、惡、無記等三性，無有間雜。如眼識緣惡境，則成惡法，不能成善法；若緣無記，則不能成善、惡二法。（5）待眾緣義，謂諸識之種子非一因緣而生，必假眾緣而後成就，如眼識之種子須得空（無壅塞、不障礙）、明（亮光）、根、境等眾緣，方得顯發。（6）引自果義，謂諸識各引自體果用，非是色、心交互而成。如眼根照境時，眼識即緣所對之實境，而不混於聲、香等別體。《瑜伽師地論》卷五謂，“因”有七相，即：無常法因、與他性為因、與後自性為因、已生為滅因、得餘緣為因、成變異為因、與功能相應為因、相稱相順為因。《成唯識論掌中樞要》卷上末，以此七相相當於種子之六義，將二者對應之關係。
至於種子生起之情形，依曆來各家之主張，可歸納為三說：（1）本有說，乃護月之主張，稱為本有家。主張第八識所藏之種子，皆為先天本具，而非新熏習，現行之熏力唯增長本有之種子而已。（2）新熏說，乃難陀、勝軍之主張，稱為新熏家。主張一切種子悉皆七轉現行之新熏，非先天本具。（3）新舊合生說，乃護法之主張，稱為新舊合生家。法相唯識宗係以第三說為正說，即認為種子有二類：（1）本有種子，即無始以來，先天存在於阿賴耶中之種子，又稱本性住種子。（2）新熏種子，即由後天現行諸法所熏習成之種子，又稱習氣成種。諸法之發生，除初入“見道”刹那之無漏智，僅從本有無漏種子生起外，其餘一切、一切法無不由本有、新熏二類種子和合而生。蓋唯識學對由“種子”變成“諸法”之關係，最重要者即為：由“三法”所構成的“二重”因果說。所謂三法：即指“能生之種子”（本有種子）、“所生現行”、“所生之新種”（新熏種子）；所謂二重因果，即指“種子生現行”（略稱“種生現”。係指由心識內之“種子”而形成諸法之現行。亦即存在於第八阿賴耶識中之無數種子，生起現前存在之諸多事物；而“種子”與“現行”兩者之間同一刹那，不相隔時）、“現行熏種子”（是在“種子生現行”之同時，彼種子所現行之萬法，又於藏識中新熏其種子）。此三法同時輾轉互成二重之因果，即一切種子既為同一刹那間“現行之因”，亦為後一刹那之“種子之果”，故又可稱為“種子生種子”。如是，由本有種子、現行、新熏種子等三法之輾轉相生，而有“種子生現行，現行熏種子”之關係，這就是阿賴耶識緣起說。賴耶緣起，謂由藏識所執持之本有種子遇緣生現行，次由所現行之萬法新熏種子於藏識中，而後更遇緣，則自種子再生現行，自現行再熏種子，如此經由本有種子、現行、新熏種子三法輾轉輪回，互為因果而無窮始終。也就是說，當色、心之諸緣和合時，阿賴耶識可持之種子，必令當前之外果產生某現象，此即“生起現行”；於同一刹那，其現行之法必隨所應而熏種子，此即現行熏種子。就八識而論之，則第八識所持之種子為因，生起眼等之七轉識；同一刹那，七轉識之現行法亦為因，而生起第八識之種子，故有所謂“七轉、八識，互為因果”之說。
我國法相唯識宗之根本教義，說唯識之相，以“五位百法”不離識者，即為總門唯識或不離門唯識；如《五位百法》章所述，五位之中，心王是識之自相，心所為相應於心王作用之心理活動，色法為識所變現，不相應行法為以上三位之分位假立，無為法為以上四位之實性，依此等理由顯示唯識者，稱為別門唯識。別門唯識之說，係為愚者分別能所而說明，故又稱虛妄唯識、不淨品唯識、方便唯識。初地以上之菩薩，能了悟唯識之理，證得唯識無塵智，而存有真實者，稱為真實唯識、淨品唯識或正觀唯識。《成唯識論》卷九，列舉對唯識教理九種疑難（唯識九難）之答譯，對初習唯識義之理解很有啟迪。唯識九難即：