1.唯識所因難，此乃據何教理而立論唯識之問難。對此問難，舉《華嚴》、《深密》、《楞伽》、《維摩》、《阿毗達磨》等經論之諸唯識說而立證，就心內之境不離識，更以四比量論證。
2.四事乖宗難，見世間之事實，時處一定，多有情同緣，如是境中有實之作用，豈非心外有實境佐證之問難。對此問難，答以若定有實境，何以緣同一物，而自他所見不同、感受不同。
3.聖教相違難，若心外無色等實境，佛何以於經中說有十二處之問難。釋此疑難，謂有十二處，非心外有實色等，乃為令了知心外無有實色等諸法。
4.唯識成空難，若雲為令了知法空而說唯識，其識亦應畢竟空無之問難。對此問難，答說破遣心外實有之遍計所執，故說法空無我，非謂根本、後得二智境之依他、圓成之事理亦為空無，故說唯識無偏空之失。
5.色相非心難，色乃有形有質礙，何以之唯識之問難。對此問難，謂眾生無始以來，執著色相有形而受熏習，依其妄分別之熏習力，遂生起似色相之境，此非心外實有之境。
6.現量為宗難，色等外境為現量智之所緣，若無外境，何以現量得知色等之問難。釋之，謂前五識之現量者，乃心內之相分，以此為心外之色等係意識之妄分別，並非現量之故。
7.夢覺相違難，夢中之境醒後知其為妄境，醒時之境卻無此事，不以之為例之問難。對之，謂雖夢境，其夢不醒時自不知妄境，知乃在醒後，故醒時之境亦爾，至廓然大悟，始知其妄。
8.外取他心難，他人心識在自心之外，如以他心智緣（知）他心，是否緣心外之境之問難。對之，謂雖以他心智緣他人之心識，乃在自心之中緣現他人之影像，非親緣他心，故無緣心外之境之失。
9.異境非唯難，續前問，雖非親緣，而自心之外有他心之異境，則是否應唯識之問難。對之，謂唯識非唯一人之識，十方世界有無量之凡聖，一切諸法乃此等凡聖之各自唯識所變，所謂唯識乃遮遣以凡情執著心外有實法之失，成立唯識所變，非謂唯一人之識所變。
（第二節）初能變
第八識阿賴耶識又稱初能變、第一能變、異熟能變。第八識係人界乃至天上界之有情所共之果報，其報由引業牽引，而為恒常相續之總報體，故稱為異熟，或稱異熟能變、異熟識、真異熟。例如眼、耳、鼻、舌、身、意等前六識與貧富貴賤等個別之果報，係由滿業而來之別報體；然以其報有斷絕，故不稱異熟，而稱異熟生。若自賴耶三位而言，異熟識之名即相當於善惡業果位。關於初能變，可分八門釋之。
一、三相門
初能變識體相雖多，大小共說，有三種相，即自相、果相、因相。自相名阿賴耶，果相名異熟，因相名一切種。
1.自相：自相即自體也。以阿賴耶識為自體相，有能藏、所藏、執藏三義；謂與雜染互為緣故，有情執為自內我故。
（1）能藏，第八識能含藏前七識諸法的種子，猶如倉庫，能含藏寶貝，故得藏名。此識能含藏雜染種子，故名為種，亦即持義。謂根身種子器界等法，皆藏於識身之中，如影像在摩尼珠內。故曰：欲覓一切法，總在賴耶中，欲覓一切像，總在摩尼內。
（2）所藏，即是所依義；猶如庫藏，是寶貝等所依。此識是雜染法所依處，謂是身根種子器世間所藏處也。以根身等，是此識之相分。如藏中物像，如身在寶內。故曰：欲覓賴耶識，隻在色心中，欲覓摩尼珠，隻在青黃內。
（3）執藏，第七識從無始以來，迷執第八識為自內我故，生起我愛執故。猶如金銀等寶藏，為人堅守，是堅守不舍義。諸有漏法，皆名雜染，非唯染法。有情執為自內我者，是解藏字之義；唯指煩惱而言，不指所知障。不爾，無學應有此名。此不別執為其我所及與他我，名自內我。
三藏之義，即顯示初能變識所有自相。雖具三藏義，但正取第三執藏義，名第八識曰藏，即阿賴耶識，因為我愛執藏的過失重故。但是，第八識如果到了第八識的煩惱障即我愛執藏不現行位，即舍阿賴耶識之名。
第八識共有三位。這八識從凡夫發心到圓證佛果，由於斷證有異，因此第八識的名義有三位的差別：
（1）我愛執藏現行位，聖位七地以前的菩薩、二乘有學，一切凡夫從無始以來名阿賴耶，此雲執藏，到無我執位，這阿賴耶的名稱就舍掉了。
（2）善惡業果位，即從無始凡夫位至菩薩金剛無間道時，乃至二乘無學位，名毗播迦，此雲異熟，至無所知障位，第八識純善無漏，這異熟的名稱也就舍掉了。
（3）相續執持位，即從無始乃至如此盡未來際利樂有情位，名阿陀那，此雲持執，執持種子根身等，永無棄舍。
(本章完)