此時，前來哭臨的府縣各級官員恰好均集於蘇州府衙，其中就有江蘇巡撫朱國治等高官。秀才們乘“撫按皆在時，跪進揭帖”。正當官員們準備接受秀才們提交的揭帖時，聚集在府衙外的千餘名民眾，“號呼而來，皆欲逐任知縣也”。本來是“秀才上訪”，陡然間化作“群體性事件”。朱國治害怕群眾暴亂，驚慌之下，“叱左右擒獲，眾見上官怒，各鳥獸散，止獲十一人：倪用賓、沈玥、顧偉業、來獻琪、丁觀生、朱時若、朱章培、周江、徐玠、葉琪。偕任維初發王道研審，喚吳之行詰問”。迫於社會各方麵的壓力，朱對任維初也予以暫時拘審。
拔出蘿卜帶出泥，任維初案件明顯牽涉到巡撫朱國治。朱見對己不利，連夜派手下到道台王紀處索取口供，塗改審訊供詞。他故意“高抬年月”，使自己“與任立於無過之地”。同時，他還惡人先告狀，肆意歪曲哭廟的事實真相，上綱上線，參奏哭廟生員三大罪狀：一、鳴鍾擊鼓，號哭抗糧，震驚先帝之靈，罪大惡極；二、聲言抗打朝廷命官，目無朝廷;三、擅寫匿名揭帖，觸犯大清律令。
當時，清政府於東南統治尚未穩固，鄭成功、張煌言等抗清力量，仍不時深入江南內陸進行活動。同時，江南士紳對清王朝頗懷二心，世祖新喪，康熙年幼，正值“人神乏主，億兆靡依”之際，清廷擔心蘇州發生民變，故定於5月1日，案子移至江寧會審。朱國治主場審案，其自然有恃無恐，甩開膀子收拾這批讀書人。會審不久，朱又將同情和支持哭廟行動的顧予鹹、程翼蒼、朱嘉遇、薛爾張等9人株連入案。25日，丁子偉、金聖歎二人被押解至江寧審訊。其實“哭廟案”爆發當日，金聖歎在混亂中僥幸逃脫。當晚他還召集有關人員，準備於次日再次率眾哭廟，抗議官府的鎮壓暴行，後被人勸阻而未行。後來，金曾到他處躲避多日，“以有司不公，哭文廟，構成獄，避匿僻所，卜滿百日，可脫災。及三月，僅欠一日，以為幸免矣。悶鬱已久，暮稍出探巷口，舊門頭過賀曰：‘相公幸甚，案定不追。但我拖累艱苦，須為壓驚。’旋為訪拿，抵案陷辟，正落百日之厄”。
就這樣，“軍師”金聖歎被定為“哭廟案”之首犯，受到嚴刑拷問。金聖歎被作為要犯審訊，不外三個原因：一是鳴鍾擊鼓，二是草擬哭廟文，三是為文得罪朱國治。金聖歎曾作“十弗見”之文，對朱巡撫含沙射影，故朱“必欲殺金等而後快”。再說金聖歎平日裏一向蔑視權貴，“遇貴人，則嬉笑怒罵以為快，以是大吏頗感之!”在很多高官富貴眼裏，金聖歎這“刺兒頭”，該死！
那麼，金聖歎之死，有何象征意義？
餘論
須知，“哭廟案”發生前，雖說清軍鐵騎踏遍江南各處，但擊退了南明弱旅，卻未掃盡晚明文人遺風。是故像金聖歎這般的狂生尚可以放蕩不羈，甚至時不時冒出幾句“不和諧”的雷語。
然而，“江南”這個詞彙，卻如同一根鋼針紮在清統治者眼中，令其坐立不安（詳見楊念群教授《何處是江南》一書）。於是乎，欲除“邪氣”，必先“整人”。朱國治砍了金聖歎的腦袋，雖有替自己脫罪之嫌，但恐怕也有殺殺江南士子們銳氣之意。
就這樣，金聖歎和他的小夥伴們成為清廷拿來祭旗的刀下之鬼。一刀下去，晚明與清初斷然割為兩個時代。於是，清代的政治基調也由此譜成……
那位端坐在文廟裏的孔聖人，其實，也救不了任何人……