但，民辦鐵路也有不少困難和問題。一是民間財力有限，遠不能滿足鐵路建設的巨額投資。如粵漢鐵路湖南段共需投資4000萬（銀）元，但募集到的資金僅170多萬元。各省紳民不得不以各種各樣理由向民間搜刮財富，加捐加稅，籌措資金，弄得民怨沸騰，怨聲載道。二是在體製性腐敗的政治生態下，管理上弊端叢生，管理層中飽私囊。廣東粵漢鐵路有限總公司募集到了較多的股本資金，總公司卻未建立健全的會計製度，一家巨型公司，每年的進出資金卻隻有一個年終的總額，連日常收支都沒有記錄，股東就更無法知曉公司的運營情況了，公司的總工程師鄺孫謀不公開曆年購買的進口物質、設備的單據，以免被人查賬；總經理梁誠拿著每月2000銀圓的高薪，卻對公司的各種腐敗現象不聞不問，直到最後被查賬，他卻不辭而別。
川漢線是另一條預備修築的鐵路幹線，1903年由四川總督錫良奏請中央後設立了川漢鐵路公司，屬於官辦或國辦的性質，經過3年的籌款和經營毫無進展，隻好由官辦改為商辦。民辦的鐵路公司采取“租股”製，即按田租的3%強製收取鐵路股份，這樣全川所有有田地出租的地主都成為股東，至1910年募集資金達1198萬兩。但是築路進展卻異常緩慢。四川諮議局成立後即對其提出許多質疑，包括用人行政不按《商律》辦事；開支多浮濫；管理層侵蝕中飽私囊，弊端甚大。另據郵傳部調查，川漢鐵路公司在上海保管進口鐵路設備資金的職員假公濟私，造成的損失高達白銀300多萬兩。
一邊是強製募股，一邊是築路遲遲無進展，十餘年間僅有30餘裏運料路通車，其餘80餘裏因橋洞未修難以通車。這種局麵令四川上下議論紛紛，民怨沸騰。總之，民辦鐵路導致的貪腐和效率低下，引發民眾強烈不滿。不僅如此，民辦鐵路後還衍生出一個新問題，即技術標準在資金來源多樣化之後變得不易統一，這對於統一的全國路網也是一個潛在的隱患。所以，早在慈禧太後時代，兩廣總督岑春煊、湖廣總督張之洞、雲貴總督李經羲等就提出，鑒於鐵路兼具商業和軍事價值，投資甚巨，應在全國範圍內統籌規劃，設計線路網絡，根據不同的輕重緩急情況，分批分期、有步驟地逐漸建設、統一管理。
1906年商部就開始進行摸底調查，準備實施全國範圍的鐵路國有化政策並進行了試點，向河南、陝西及江蘇鐵路公司集股不多且一直沒有開工的工程注入一部分官股；將隴海路各段由原來的商辦改為官商合辦，化解了這些路段的資金困難。但也有人提出國進民退不是出路，問題出在政策歧視上，即官辦鐵路可以路權進行抵押去向海內外融資，而商辦鐵路卻不允許，應該調整的是這個政策。中央和地方圍繞路權爭論不休，一直找不到兩全其美的妥協辦法。
但，民辦鐵路也有不少困難和問題。一是民間財力有限，遠不能滿足鐵路建設的巨額投資。如粵漢鐵路湖南段共需投資4000萬（銀）元，但募集到的資金僅170多萬元。各省紳民不得不以各種各樣理由向民間搜刮財富，加捐加稅，籌措資金，弄得民怨沸騰，怨聲載道。二是在體製性腐敗的政治生態下，管理上弊端叢生，管理層中飽私囊。廣東粵漢鐵路有限總公司募集到了較多的股本資金，總公司卻未建立健全的會計製度，一家巨型公司，每年的進出資金卻隻有一個年終的總額，連日常收支都沒有記錄，股東就更無法知曉公司的運營情況了，公司的總工程師鄺孫謀不公開曆年購買的進口物質、設備的單據，以免被人查賬；總經理梁誠拿著每月2000銀圓的高薪，卻對公司的各種腐敗現象不聞不問，直到最後被查賬，他卻不辭而別。
川漢線是另一條預備修築的鐵路幹線，1903年由四川總督錫良奏請中央後設立了川漢鐵路公司，屬於官辦或國辦的性質，經過3年的籌款和經營毫無進展，隻好由官辦改為商辦。民辦的鐵路公司采取“租股”製，即按田租的3%強製收取鐵路股份，這樣全川所有有田地出租的地主都成為股東，至1910年募集資金達1198萬兩。但是築路進展卻異常緩慢。四川諮議局成立後即對其提出許多質疑，包括用人行政不按《商律》辦事；開支多浮濫；管理層侵蝕中飽私囊，弊端甚大。另據郵傳部調查，川漢鐵路公司在上海保管進口鐵路設備資金的職員假公濟私，造成的損失高達白銀300多萬兩。
一邊是強製募股，一邊是築路遲遲無進展，十餘年間僅有30餘裏運料路通車，其餘80餘裏因橋洞未修難以通車。這種局麵令四川上下議論紛紛，民怨沸騰。總之，民辦鐵路導致的貪腐和效率低下，引發民眾強烈不滿。不僅如此，民辦鐵路後還衍生出一個新問題，即技術標準在資金來源多樣化之後變得不易統一，這對於統一的全國路網也是一個潛在的隱患。所以，早在慈禧太後時代，兩廣總督岑春煊、湖廣總督張之洞、雲貴總督李經羲等就提出，鑒於鐵路兼具商業和軍事價值，投資甚巨，應在全國範圍內統籌規劃，設計線路網絡，根據不同的輕重緩急情況，分批分期、有步驟地逐漸建設、統一管理。
1906年商部就開始進行摸底調查，準備實施全國範圍的鐵路國有化政策並進行了試點，向河南、陝西及江蘇鐵路公司集股不多且一直沒有開工的工程注入一部分官股；將隴海路各段由原來的商辦改為官商合辦，化解了這些路段的資金困難。但也有人提出國進民退不是出路，問題出在政策歧視上，即官辦鐵路可以路權進行抵押去向海內外融資，而商辦鐵路卻不允許，應該調整的是這個政策。中央和地方圍繞路權爭論不休，一直找不到兩全其美的妥協辦法。