樂美真說，雙方對文本中核查時間、船隻等問題及個別地方交換了意見，進行了修改。在大體條文取得共識後，我們又討論排印、簽字、新聞發布等技術性問題。陳長文開玩笑地說，你們大陸的簽字習慣是不是左派簽左邊，右派簽右邊。此語一出，我們也笑了。原來台灣方麵給我們文本簽字處他們在左，我們在右。我們早上給台灣方麵的文本是我們在左，他們在右。我們明白，台灣方麵在計較前後之分。這時，徐祖安說可以豎排。樂美真說，我說豎排也有上下之分。大家研究後認為，簽兩份協議，一份你在前，一份我在前，就可以解決了。陳長文問道：“簽字後樂美真們用什麼年號？”樂美真說，“當然用公元年號。”陳長文說，“我平常習慣簽字後用我們的年號。”樂美真堅持說；“這是我們絕對不能同意的。道理很簡單，公元年號是世界上通用的，並不是我們大陸方麵獨有的。”一時間雙方出現僵持。這時徐祖安靈機一動說，“我們可以用農曆年號，今年是庚午年，這是我們中國人獨有的。”計克良說，“一甲子60年，轉一圈以後不知道是哪一年了。”張希林也插話說，“這有點不倫不類。”樂美真想，如果用農曆年號，月、日用什麼呢？
年、月、日都用農曆，世界上其他人可看不懂，還要換算；如果年用農曆，月、日用公曆，確實有點不倫不類。樂美真把想法說出來後，陳長文也表示同意。但又重提他習慣用的年號，為簡化，隻寫“七十九年”，並說是他最後的堅持。雙方相持不下，隻好各寫各的。樂美真重申，在對外的新聞稿上，我們必須寫公元年號，台灣也在用，這是回避不了的。常鬆茂說，新聞稿可用“本年”某月某日。至於雙方的稱謂，由於不能達成一致意見，大家都同意用“海峽兩岸紅十字組織”。至此，經過唇槍舌戰，發揮了中國人智慧又照顧各方立場，終於達成共識，簽訂了兩岸第一個協議一一一“金門協議”。
“金門協議”的內容是：
海峽兩岸紅十字組織在金門商談達成有關海上遣返協議
海峽兩岸紅十字組織代表韓長林、陳長文等於本年九月中旬在金門對雙方參與見證其主管部門執行海上遣返事宜舉行工作商談，經充分交換意見後，達成協議。協議如下：
一、遣返原則：
應確保遣返作業符合人道精神與安全便利的原則。
二、遣返對象：
(一)違反有關規定進入對方地區的居民(但因捕魚作業遭遇緊急避風等不可抗力因素必須暫入對方地區者,不在此列)。
(二)刑事嫌疑犯或刑事犯。
三、遣返交接地點：
雙方商定為馬尾一一馬祖(馬祖一一馬尾),但依被遣返人員的原居地分布情況及氣候、海象等因素,雙方得協議另擇廈門一一金門(金門一一廈門)。
四、遣返程序：
(一)一方應將被遣返人員的有關資料通知對方,對方應於日內核查答複,並按商定時間、地點遣返交接。如核查對象有疑問者,亦應通知對方以便複查。
(二)遣返交接雙方均用紅十字專用船,並由民用船隻在約定地點引導。遣返船、引導船均懸掛白底紅十字旗(不掛其他旗幟,不使用其他的標誌)。
(三)遣返交接時,應由雙方先約定的代表二人，簽署交接見證書。
五、其他：
雙方應盡速解決有關技術問題,以期在短期間內付諸實施。如有未盡事宜,雙方得另行商定。