獨孤皇後的政治操作，深深地影響了隋文帝，影響了朝政的走向，影響了高級官員的人選。鑒於她和隋文帝有著不相L下的政治影響力，宮中把她和隋文帝並稱為“二聖”。人們常以為“二聖”隻是武則天與唐高宗的合稱，殊不知，這是獨孤皇後開的頭。
與獨孤皇後對人謙和相映成趣的，是她對隋文帝在女人問題上的專橫。
筆者在拙著《皇冠與鳳冠》中說過：“君主作為一個特殊的男性，對女性具有無可爭辯的支配權。在至高無上的君權的作用下，除了倫理觀念所排斥的直係親屬外，隻要君主願意，國內每一個女性都可以成為他的配偶或情欲宣泄的對象。”出於限製君主對女性過度占有的考慮，曆朝製定了相應的後妃製度，確定不同級別嬪妃的人數。民間形象的說法是：三富六院七十二妃。
在獨孤皇後的幹預下，隋文帝的嬪妃被減低到曆朝內宮的最低數，除皇後之外，嬪三人，世婦九人，女禦三十八人。如此做，獨孤皇後並非沒有道理，她與隋文帝是有約在先的，為了照顧到丈夫做皇帝的麵子，她已經做了讓步。後官雖說有幾十粉黛，但獨孤皇後牢牢把著關，除了她和宣華夫人陳氏外，對其他嬪妃，隋文帝實際上難得見上一麵。
獨孤皇後還瞪大著眼，嚴密控製隋文帝與嬪妃以外的女人交往。有約在先，隋文帝對獨孤皇後的約束聽之任之。
盡管隋文帝不是好色之徒，但他畢竟有七情六欲，有次巡幸仁壽官，還是被一個長得楚楚動人的宮女尉遲氏給迷住了，於是發生了男歡女愛的事情。
獨孤皇後隨即獲悉了此事，表麵裝作不知，趁隋文帝上朝之際，找了個借口將尉遲氏杖殺了。
隋文帝聞報大怒，又不敢向獨孤皇後發作，覺得了無生趣，一人策馬出了宮，徑入二十多裏深的山穀。大臣高穎、楊素怕出意外，緊迫不舍，攔住隋文帝的馬頭，苦勸他回官。隋文帝歎息道：“我貴為天子，竟然不得自由！”高熲勸慰道：“陛下豈能以一婦人而輕天下！”折騰到半夜，隋文帝方被勸回官。獨孤皇後流淚謝罪，經高熲、楊素調解，夫妻重歸於好。
經過此事，獨孤皇後不敢再像以前那樣管丈夫，但自我的壓抑使她心理變了態，將怨氣發泄到其他男人身上。她見不得諸王與朝臣的小妾懷孕，尤其見不得生男孩，凡獲悉這類事，必百般詆毀，讓隋文帝罷他們的官。最倒黴的是高熲，他原是獨孤信的家客，和獨孤皇後的關係很是親近，但隨口的勸語“一婦人”，被獨孤皇後理解為是輕視她，由此被百般中傷，直弄到丟了官。
促使隋文帝將太子由楊勇換成楊廣，獨孤皇後起了莫大的作用。原因不是其他什麼事情，也在於女人的問題。她不準丈夫多內寵，並用同樣的態度對待兒子，也許她的本意不錯，要丈夫、兒子把精力放在國家大事上，不要被兒女情長所誤。然她的做法有些偏激，偏激得模糊了自己的眼光。
楊勇是個情種，他最愛的是情投意合的昭訓雲氏，還寵了不少嬪妃，獨不喜歡母親為他所娶的太子妃元氏。元氏心疾發作，僅兩日就一命歸西。獨孤皇後懷疑是雲氏所害，又懷疑是楊勇的慫恿，遂派人對他們進行暗察。暗察沒有結果，可她對楊勇的感情卻一落千丈。極有心機的楊廣，窺破母親的感覺，趁機將自己偽裝成一個不近女色的正人君子，冷落所有的嬪妃，隻與王妃蕭氏共處。兩子相較，獨孤皇後把感情的砝碼放到了楊廣身上。由此，楊廣萌發了代太子而立的想法，在母親的幫助下，終於把想法變成了事實。
獨孤皇後死在隋文帝前兩年，時為仁壽二年（公元602年）。
沒了正妻的約束，隋文帝開始同姿貌豔麗的宣華夫人陳氏、容華夫人蔡氏打得火熱，從未縱過欲的他失去節製，以致縱欲過度，一病不起。在臨終之前，他丟下了這樣一句話：“假若皇後還在，我必不致如此。”