正欲離職之際，孫可望歸降信到，鬱鬱寡歡的洪承疇興奮莫名，假病變真病的衰態刹那全消。
如同打了一針興奮劑一樣，他馬上給順治帝上疏要求帶病留任——其實最大的目的，就是想把孫可望投降之功全部據為己有。
洪承疇一向見人下菜碟，同為“勢窮來歸”，之前南明將領張名斌帶一百多士兵投降，洪承疇立刻下令處決，並把降將的妻妾財產皆沒收入官。孫可望僅攜左右二十人來降，由於他名氣大，是南明“秦王”，洪承疇知道對方利用價值大，立刻破格對孫可望即時薪俸全支，上疏竭力為老孫爭取王爵。
喘定之後，孫可望投桃報李，無論是逢人宣講還是自己上奏，盛誇清朝“連年湖南、廣西以守為戰，節節嚴密，遂致明朝內變，使我決計奔投”——巧妙地為洪承疇歌功頌德，讓順治皇帝和清朝大臣們覺得似乎南明內訌和他自己的投降，皆是因洪承疇在五省經略有方所致。
不僅如此，孫可望投降後，向洪承疇盡告雲貴虛實，畫山川地形圖，把南明諸將士兵的守衛情況一一細稟。洪承疇根據孫可望的指點重新安排軍事計劃，反複研商修改，最終成為“雲南通”。
而後，清軍將西南進軍計劃修改如下：第一，一改昔日三路大軍齊集費餉費糧的作為，先發兩路軍，繼發一路軍，在雲貴步步為營，穩紮穩打。如此，則可免三路大軍齊聚爭糧之弊；第二，一軍入貴州占領省城後，嚴禁分兵誤入崇山深林拚消耗，而是要各軍因地製宜，分守要害，蓄銳養威，協調指揮，從四方八麵合殲南明軍隊。
另一方麵，孫可望雖大潰敗，他在南明的政治影響力仍不可低估。其原先的手下將領士兵雖然暫時投降李定國，日久必然產生新的矛盾。清軍打著他的招牌，又有他手下數名降將熟門熟路當向導，進攻雲貴，自然是事半功倍。
本來，孫可望還自告奮勇要隨清軍出征，但清廷覺得他在北京具有更大的利用價值，就把他召回京城。
當雲貴漸平，孫可望這位“義王”的利用價值也就越來越小。
順治十五年七月，孫可望得知失散十多年的弟弟孫可升在上海的消息，喜不自勝。他忙向清廷打報告，要求清政府用公家驛傳把他那個當小兵的窮弟弟一家運來北京與自己團聚。殊不料，這麼一個小小的請求，卻引來清廷禦史一陣猛轟。參劾他的疏奏還有理有據：“（孫可望）始以張獻忠養子荼毒蜀楚，神人共憤。繼而稱兵犯順，逆我顏行。迨眾叛親離，計無複之，方率數百疲敝之卒，亡命來歸……”
揭他老底後，禦史又稱，孫可望之弟隻是一個食糧兵丁，白身無官，這樣的人，怎敢冒用妄用國家驛傳？看到劾奏後，孫可望如五雷轟頂，趕忙上疏謝罪。
不久，又有人揭發孫可望家人在天津有放債取利之事。為此，他很快遭到清廷斥責幾天睡不著覺，鬢發皆白。
聽聞清軍大定雲南的消息，孫可望知道自己的利用價值已經不大，隻好主動上疏，乞辭王爵，時為順治十七年（1660年）夏天。順治帝卻假裝高姿態，仍下旨讓他保有王爵。
孫可望一肚子苦水，滿腹鬱積“苦哀”，向順治帝訴說：“臣於明季失身行伍，浪跡疆場，各處人民遷徙逃亡無居所，此怨臣者有之；今臣叨膺（皇帝）寵眷，無寸功可記，一旦錫以王爵，此忌臣者有之；再可慮者，臣下文官如吳逢聖、武官劉天秀等百有餘員，蒙皇上格外加恩，官爵太重，每見（他們）出入朝班，諸人睨目而視。臣知朝廷有逾分之（恩）典，眾心沸騰之端也。然怨忌既積於心，妒害自生於外，謗議之事，久知不免。”
這年年底，孫可望就死了。正史上說他是“病死”，但《行在陽秋》等筆記中，均說他在是隨順治帝出獵時被皇家禁衛軍射死。如果是中箭而死，顯非清朝軍人誤射。還有筆記記載他被清廷毒死。而且，記載他非正常死亡的筆記作者，皆是明末清初的漢族學人，事有所聞，當非空穴來風。