與此同時，首都還未選定，也同樣給朱元璋增添了煩惱。明朝建國於南京，也就以南京為首都了。朱元璋在晚年時，又向南京內遷徙富民。直到洪武二十四年七月，朱元璋責成由工部負責遷富民5300戶到南京。
朱元璋這麼做，其實一方麵是想用他們充實京師，從而達到居重馭輕的目的；另一方麵也是想對他們進行控製，免得他們在地方上作亂。朱元璋所做的這一切都反映出了他的憂慮之心。
在朱元璋撒手人寰之前，他最放心不下的就是皇太孫朱允炆，不知他能否支撐起大明王朝的江山，也不知他能否降服眾多的長輩。朱元璋的這些擔心，在他的遺囑中也表現了出來。
朱元璋在臨終之際，為了防止出現諸王爭權鬥爭，他便在遺詔中禁止諸王至京奔喪；諸王駐蹕國中，不得到京；王國範圍內的文武吏士聽朝廷節製，唯護衛官軍聽王，其他命令與此有不符的，以此令為準。還特別申明，王國所在文武吏士，聽從朝廷節製，王府護衛官軍聽諸王指揮調遣。這也算是朱元璋為皇太孫所能做的最後一件事了。
朱元璋把大明視為自家產業，這也是封建帝國小農觀念的局限性所在。朱元璋為了使其子孫把持對明朝的統治，因此大肆鏟除異己，從而進一步維係朱家的天下。
早在封王之初，朱元璋就收到過鞭辟入裏的諫勸。擔任山西平遙訓導的浙江寧海儒生葉伯巨，曾上書指陳朝廷三大弊病：“分封太侈，用刑太繁，求治太速。”
大封王子，濫用典刑，急功近利，正說到朱元璋的病根上，但他卻認為這是用心惡毒，中傷朝廷。尤其是“分封太侈”的指責，更違背他依靠親生兒子保障朱家江山的初衷。
朱元璋當即拍案怒喝：“葉伯巨竟敢離間朕的骨肉，快快把他逮來，我要親手射死他！”後來，由於胡惟庸的勸阻才使葉伯巨免了頸上一刀，但他卻很快“病”死在牢獄中了。
想到這裏，朱元璋暗暗讚賞葉伯巨的先見之明，後悔不該對逆耳之言如此反感，並使耿忠的進言人冤死在獄中。此時，對於殺掉那麼多功臣宿將，朱元璋也產生了幾分悔意。朱元璋想：如果他們還活著，也未必敢於覬覦皇位。其實，最為可怕的不是外人，而是自己的親生骨肉！他們現在已經羽翼豐滿，不再是曾經伸手可捉的雛鳥了。
“這該怎麼辦呀？”朱元璋一遍又一遍地心口相問，“像解決勳臣武將那樣，將他們統統除掉，可我怎麼能向親生骨肉下手啊？！”
揮拳擊胸，抓疼頭皮，仍然找不到答案。憂煩困心，茶飯難進，使得年已古稀的朱元璋又一次病倒了。
大臣們紛紛進宮問安，朱元璋伏在龍床上，氣喘籲籲地囑咐道：“近者失調受疾，卿等頻來問安，禮也。堯、舜、禹、湯、文、武之世，皋、夔、稷、契、伊尹、周、召為之臣，其有誌匡王也。朕以此示卿，卿等宜竭忠修職，副朕至懷！”
朱元璋的諄諄勉勵，與其說是要臣僚對自己竭忠修職，毋寧說是要他們對皇太孫忠誠，希望他們能像周公、召公輔佐周成王一樣，對年幼的繼承人忠貞不貳。
其實，在冊封皇太孫的同時，朱元璋已經開始物色可以托孤寄命的大臣了。有一天，朱元璋向兵部右侍郎齊泰詢問邊防諸將的情況。齊泰不僅將他們的姓名、履曆、個性、功過等說得清清楚楚，而且還將各地的山川要塞及布防情況，也一一作了陳述。
齊泰一邊介紹，一邊從袖中取出了自己繪製的山川關津以及兵力部署圖。朱元璋看過之後令他感到大開眼界，他對獻圖人刮目相看，並不由得感歎道：“看來，齊泰不是等閑之輩，他是個可以委以重任的良才啊。”
按照規定，每年的四孟即孟春、孟夏、孟秋、孟冬以及除夕，皇帝都要親去太廟上香。可是眼下的朱元璋已經是步履蹣跚，行動已是十分困難了。
大臣及嬪妃們都勸皇上愛護龍體，可以派遣皇太孫代他行祭禮，但朱元璋卻執意不肯。朱元璋虔誠地相信，從一個放牛娃、乞缽僧，到大明天子，並且安享皇位30年，都是祖宗的在天之靈降福蔭佑的結果。因此，無論如何他都要親自乞求祖宗神靈，護佑自己祛病延年，保佑皇太孫福綏雙至，皇運綿長。
在4月13日的這一天，春風駘蕩，朝陽和煦，路旁枝頭的鳥兒一聲接著一聲地鳴唱著。鋪滿金色陽光的街巷也被打掃得幹幹淨淨，寬闊的街道上闃無一人，行人和小販也不知被驅趕到什麼地方去了。在浩浩蕩蕩的儀仗鹵簿導引下，皇帝的龍輦緩緩駛出皇宮，向著東南方的太廟走去。
這時的天氣已經相當燥熱了，袞冕袍服的朱元璋在侍從的攙扶下走下了龍輦，此時他已經是熱汗涔涔了。朱元璋在侍從的攙扶下，虔敬地行三跪三獻之禮，默默祈禱祖宗神靈，保佑小孫子皇位久安，保佑朱家江山千秋永固。
在休息的時候，朱元璋對隨侍的太常寺卿等說道：“當年太廟建成，祖宗神主遷入供奉。朕行罷祭禮，稍事休息，不覺睡了過去，夢見皇考喊著朕的名字，急急地說道：西南有警。朕隨即回官，果然有西南緊急邊報。足見，祖宗神明，無時不照臨朕的頭上。爾等掌管祭祀，定要加意敬慎。早晚灑掃，務必心誠事恭，以安神靈。”
臣下們諾諾連聲，然後勸朱元璋早些回宮休息，但他卻仍然流連徘徊不忍離去。朱元璋見到環立太廟庭院中的檜、柏、桐、梓等名木古樹，此時已經是盈抱合圍，亭亭如蓋，他無限感慨地指著說道：“當年太廟初建，它們不過是幼枝嫩條。經過多年的養護，不覺林蔭滿地。鳳陽皇陵一定也是如此。朕的皇考、皇妣離我而去已是五十餘載，可惜呀，朕卻不能親自到皇陵上，為他們燒上一陌紙錢！”