1949年5月，中山大學教授不堪忍受生活的的悲苦，力請當局清償積欠多月的薪酬，竟集體出動，在廣東教育廳門前掛出“國立中山大學教授活命大拍賣”的醒目大招牌，當街變賣首飾、衣物、圖書、字畫，招致市民圍觀，也引起輿論嘩然，成為中外教育史上的一大醜聞。陳寅恪住在一江之隔的嶺南大學，對中山大學眾教授內心的苦處顯然感同身受，把最愛體麵尊嚴的教授都逼上大街丟人現眼，這樣的政府令陳寅恪失望之極。
上個世紀六十年代初，舉國饑荒，各地餓死人的事雖被巨手遮捂，但已算不上什麼新聞。陳寅恪就因為享受廣東省委書記陶鑄親定的住房、吃飯、穿衣的若幹照顧，以致引起某些教職員工的不滿，這些人質疑道：“我們沒有飯吃，為什麼要這樣優待他？”顯然，他們隻記得老祖宗的那句話，“不患寡，而患不均”，卻忘了往深處想一想，去質問究竟是誰造成了人禍，是誰讓他們沒有飯吃。
三是陳寅恪嗜書如命，卻屢遭書災書劫。關於藏書受到損失的情況，陳寅恪在寫於“文革”期間的第一次交代稿中有這樣一段話：“抗日戰爭開始時清華大學遷往長沙。我攜家也遷往長沙。當時曾將應用書籍包好托人寄往長沙。當時交通不便，我到長沙書尚未到。不久我又隨校遷雲南，書籍慢慢寄到長沙，堆在親戚家中。後來親戚也逃難去了，長沙大火時，親戚的房子和我很多書一起燒光。書的冊數，比現在廣州的書還多。未寄出的書存在北京朋友家中。後某親戚家所存之書被人偷光。”1938年，陳寅恪為避兵燹，將另外兩大箱書籍交由滇越鐵路托運，卻不幸失竊，其中最珍貴的是他親手批注的中文史書和古代東方書籍及拓本、照片。多年後，安南（越南）華僑彭禹銘在舊書店意外淘到陳寅恪那批失書中的《新五代史》批注本兩冊，無奈越南政府嚴禁書籍出口，這兩冊書便遲遲不能物歸原主。其後，越戰爆發，彭禹銘所藏古籍數千卷盡付一炬，陳寅恪的史本同為劫灰。這一損失嚴重影響到陳寅恪後來的著述。
陳寅恪遭遇到的最大書災當然還是在“文革”期間，造反派學生多次去這位史學大師居住的中山大學東南區一號樓抄家，將大字報貼得滿院滿室，甚至貼到陳寅恪的床頭。革命小將常常順手牽羊，生活用品尚且不肯放過，書籍更是被他們抄得魂飛魄散。1969年5月17日，陳寅恪八十壽辰，女兒陳小彭回家探親，陳寅恪氣憤地說：“我將來死後，一本書也不送給中大。”同年10月7日，陳寅恪含恨去世，家人迫於外界壓力，隻好讓學校將剩下的書籍全部搬走。最可痛惜的是，陳寅恪晚年口述的回憶錄《寒柳堂記夢未定稿》，以及他的完整詩集，經此劫難，蹤影全無，竟沒人能夠講清楚這些手稿的下落。
四是飽受病魔摧殘，陳寅恪中年目盲，晚年足臏，半生吃盡苦頭。上個世紀六十年代初，陳寅恪曾對“民進”中央副主席楊東蓴談及自身命運，用十二個字概括：“左丘失明，孫子臏足，日暮西山。”滿懷悲愴意緒，盡皆溢於言表。
1939年春，陳寅恪的命運本已露出一線曙光，英國牛津大學聘請他為漢學教授，並授予他英國皇家學會研究員職稱。夏日長假，他離開昆明，前往香港，準備全家乘船去英倫。不幸的是，他抵港後不數日，歐戰爆發，遠航成疑。及至秋天開學，他重返西南聯大，惟有感歎“人事已窮天意遠，隻餘未死一悲歌”（《己卯秋發香港重返昆明有作》）。一年後，陳寅恪再去香港，等待赴英時機，戰爭陰霾越發濃重，較年前更難成行。為生計考慮，他隻好就任香港大學客座教授。1941年12月8日，日軍空襲珍珠港，太平洋戰事爆發，不久，香港即告淪陷，陳寅恪失業在家，賦閑半年。早在1937年11月初離開北平時，陳寅恪的右眼視網膜即已出現剝離跡象，如果兩年後能順利前往英倫，眼疾很可能得以治愈，不致失明。天欲廢斯文，必先廢其人；天欲廢其人，必先廢其眼。一代史學大師，所患眼疾，國內竟無醫能治。1945年，由於戰時生活苦，營養差，再加上治學不倦，陳寅恪的左眼視網膜亦加重了剝離，不得已，他住進成都存仁醫院，接受手術，醫生回春乏力，終告束手。當年，先生詩作皆充滿悲涼慘淡之意。“少陵久廢看花眼，東郭空留乞米身。日食萬錢難下箸，月支雙俸尚憂貧”，此其一。“渺渺鍾聲出遠方，依依林影萬鴉藏。一生負氣成今日，四海無人對夕陽。破碎山河迎勝利，殘餘歲月送淒涼。鬆門鬆菊何年夢，且認他鄉作故鄉”，此其二。最令人讀之揪心淒絕的是《五十六歲生日三絕》的第一首絕句：“去年病目實已死，雖號為人與鬼同。可笑家人作生日，宛如設祭奠亡翁。”人間何世，陳寅恪視生日為祭日，視做人為做鬼，給書房取名為“不見為淨之室”，其深心的苦悶分明已經達至極點。抗戰勝利後，機會姍姍來遲，陳寅恪輾轉飛赴英倫，由於最佳治療時機一再被耽誤，他的眼睛再也無法複明。一位盲眼的教授，即使清華大學、嶺南大學給他配備多位助手，治學上的種種不便還是難以全部解決。陳寅恪的平生誌願是要寫成一部中國通史，總結中國曆史的教訓，這一願望終於未能達成。陳寅恪晚年與好友吳宓在羊城見麵，為詩自嘲曰：“留命任教加白眼，著書惟剩頌紅妝。”其注意力完全被柳如是和陳端生這兩位才高命薄的奇女子吸引去。“痛哭古人，留贈來者”，最得其心的是柳如是，陳寅恪精搜力探，撰成皇皇八十萬言的《柳如是別傳》，決意為這位遭“當時迂腐者所深詆，後世輕薄者所厚誣”的才女和美女洗掃煩冤，表彰其遠勝須眉的民族氣節和俠義精神。他將自己的居所命名為“寒柳堂”和“金明館”，將自編論文集總稱為《金明館叢稿》，即源出於柳如是感傷身世、題旨為“詠寒柳”的“金明池”一詞，其中有句，“春日釀成秋日雨，念疇昔風流，暗傷如許”，正擊中了陳寅恪內心最脆弱最敏感之處。他是柳如是的異代知己，鍾情思慕，老而彌狂。史學界對陳寅恪晚年放棄正業，一門心思鑽研女性精神世界頗有質疑之聲，還是老友吳宓暗中為之辯護，他在1961年9月1日的日記中寫道：“……寅恪之研究‘紅妝’之身世與著作，蓋藉此以察出當時政治（夷夏）、道德（氣節）之真實情況，蓋有深意存焉，絕非清閑、風流之行事……”吳宓撇得太清，其實並無必要，豈不聞“太上忘情，最下不及情，情之所鍾，正在我輩”，陳寅恪即是“我輩”之一。
1962年夏，七十二歲的陳寅恪在家中跌斷右腿骨，因其年老體弱，醫生不敢動手術。蔣天樞建議恩師請上海中醫骨科專家王子平、魏指薪治療，由於母兄皆死於庸醫之手，陳寅恪向來對中醫印象不佳，遂婉言謝絕。腿斷之前，眼雖失明，有家人攙扶，陳寅恪尚可在門前白色甬道散步。腿斷之後，他惟一的戶外運動即告取消，無論住院居家，都等於自囚，老人內心感到更加淒苦寂寞，體質也變得越來越羸弱。1962年，廣東省委書記陶鑄指示醫院派遣三名護士輪流照顧陳寅恪的飲食起居，並給老人送去牡丹牌電唱機一台，唱片三十二張，以名伶新穀鶯領銜的廣州京劇團也多次到中山大學演出，聽戲遂成為陳寅恪晚年惟一的娛樂。“文革”之初，電唱機被造反派學生抄走，陳寅恪每日能聽的隻剩下掛在院中的高音喇叭，全是革命小將的高亢噪聲，聲討和批判“反動學術權威陳寅恪”的愚蠢言詞更令老教授怒不可遏。陳寅恪的工資被削減了，牛奶被斷掉了，他的健康失去了最根本的保障。一代鴻儒，遭此折磨，究竟是誰之罪？！