五是壽多則辱，陳寅恪晚年受“文革”衝擊，身心慘遭摧殘。1954年春，國務院派特使去廣州迎接陳寅恪赴京，就任中國科學院哲學社會科學部曆史研究第二所所長，在別人看來，這是一件亦喜亦榮的好事，家人、朋友都勸他成行，他卻以“貪戀廣州暖和”、“寧居中山大學，康安便適（生活、圖書）”和“從來怕做行政領導工作”為由，不願挪窩。在某些領導看來，陳寅恪這般矜持，顯然是不識抬舉。1958年，批判“厚古薄今”運動開鑼，陳寅恪首當其衝，遭到攻擊，在政治排隊中，也被列為“中右”。他一怒之下，不再授課，從此潛心著述。1959年，中宣部長周揚在廣州探訪了陳寅恪，盡管他沒把那句“政治先行，學術跟上”的口頭禪掛在嘴上，兩人的交談仍然欠缺愉快。後來，周揚在一次大會上提及自己與老教授的“正麵交鋒”：
我與陳寅恪談過話，曆史家，有點怪，國民黨把他當國寶，曾用飛機接他走。記憶力驚人，書熟悉得不得了，隨便講哪，知道哪地方。英、法、梵文都好，清末四公子之一。（按，這是周揚記憶偶誤，錯父為子。）1959年我去拜訪他，他問，周先生，新華社你管不管？我說有點關係。他說1958年幾月幾日，新華社廣播了新聞，大學生教學比老師還好，隻隔了半年，為什麼又說學生向老師學習，何前後矛盾如此？我被突然襲擊了一下，我說新事物要實驗，總要實驗幾次，革命，社會主義也是個實驗。買雙鞋，要實驗那麼幾次。他不大滿意，說實驗是可以，但尺寸不要差得太遠，但差一點是可能的……
從以上的交談可以看出，陳寅恪性格耿直，竟然鬥膽詰問中宣部長，他真是有什麼講什麼，心中藏不住話。從另一方麵看，周揚也該感到幸運，畢竟他還見到了陳寅恪的真容，康生想要登門拜訪，則吃下一道冷冷的閉門羹。年紀愈大，陳寅恪就愈不待見北京要人，這完全是由他內心的感情和理智決定的。
1961年7月，吳宓從重慶到廣州，探望老友陳寅恪，他們自西南聯大一別，已經暌違了十多年。故友重逢，把酒言歡，自然是推心置腹。陳寅恪當年的心跡在吳宓的日記中都有詳細的記錄。吳宓在1961年8月30日的日記中寫道，“……在我輩如陳寅恪者，則仍確信中國孔子儒道之正大，有裨於全世界，而佛教亦純正。我輩本此信仰，故雖危行言遜，但屹立不動，決不從世俗為轉移。”吳宓在1961年8月31日的日記中又記道，“陳寅恪十二年來身居此校能始終不入民主黨派，不參加政治學習而自由研究，隨意研究，縱有攻詆之者，莫能撼動。然寅恪自處與發言亦極審慎，即不談政治，不論時事，不臧否人物，不接見任何外國客人。尤以病盲，得免與一切周旋，安居自守，樂其所樂，斯誠為人所難及。”從這兩段日記我們可以看出，1961年前後，陳寅恪的總體狀況還算不錯，雖然他遭到一些攻訐，自己的舊著也遲遲不能重印，難免向胡喬木發點“蓋棺有期，出版無日”的牢騷，但其史學大師的地位未曾有絲毫動搖，其所執信念也未成為標靶。
1964年夏，陳寅恪畢盡十年之力，鉤沉稽隱，殫精竭慮，《錢柳因緣詩釋證稿》初稿終於殺青，後易名為《柳如是別傳》。稿末有《稿竟說偈》一首：
奇女氣銷三百載下
孰發幽光陳最良也
嗟陳教授越教越啞
麗香鬧學皋比決舍
無事轉忙燃脂瞑寫
成卌萬言如瓶水瀉
怒罵嬉笑亦俚亦雅
非舊非新童牛角馬
刻意傷春貯淚盈把
痛哭古人留贈來者
1966年，“文革”爆發，運動伊始，陳寅恪十分信賴和依賴的助手黃萱即被紅衛兵趕走，其後不久，連護士也被攆得逃之夭夭。紅衛兵揚言：“不準反動文人養尊處優！”老人身心迭受摧殘，再加上缺醫少藥，心髒病日益惡化。有一天晚上，革命學生到中山大學東南區一號樓抄家，打傷了陳寅恪的夫人唐筼。當時，誰想抄家，隨時可去，並非都出於政治原因，有的隻是為了勒逼財物，珠寶首飾之類。運動升級後，紅衛兵欲強行將陳寅恪抬到大禮堂批鬥，唐筼出麵阻止，又被推倒在地。結果，是中山大學前曆史係主任、陳寅恪的清華弟子劉節代表老人去挨批鬥。會上有人問劉節有何感想，劉節回答道：“我能代表老師挨批鬥，感到很光榮！”在關鍵時刻，有這樣毅然護師的弟子挺身而出，陳寅恪不枉一生樹藝桃李。
陳寅恪一家被強行遷至中山大學西南區五十號後，工資和存款同時遭到凍結，兩位老人經濟至為拮據，因無錢償付工友工資，家具亦被人抬走。陳寅恪計無所出，萬不得已，隻得硬著頭皮，口授一份“申請書”，由夫人唐筼代為書寫，交給中大革委會。其詞為：
申請書：一、因心髒病須吃流質，懇求允許每日能得牛奶四支（每支月四元八角）以維持生命，不勝感激之至。二、唐筼現擔任三個半護士的護理工作和清潔雜工工作，還要讀報給病人聽，常到深夜，精神極差。申請暫時保留這位老工友，協助廚房工作，協助扶持斷腿人坐椅上大便。唐筼力小頭暈，有時扶不住，幾乎兩人都跌倒在地。一位工友工資廿五元，飯費十五元，可否每月在唐筼活期存款折中取四十元為老工友開支。又，如唐筼病在床上，無人可請醫生，死了也無人知道。
表麵看去，這份申請書措詞簡潔，語氣平淡，其實是泣之以淚，繼之以血。今人眼中，這份申請書與控訴書無異，一代史學大師竟難以維持最基本的生存，用自己的錢請工友照顧生活，尚須誠惶誠恐地向校方申請，這是什麼世道！陳寅恪在作“口頭交待”時，曾大聲抗議：“我現在譬如在死囚牢！”他完全喪失了人之為人所必不可少的那點生意和生趣。
誰曾見過活人給活人寫挽聯？1969年，陳寅恪便為夫人唐筼寫過這樣一副挽聯：“涕泣對牛衣，卌載都成腸斷史；廢殘難豹隱，九泉稍待眼枯人。”他原以為夫人唐筼終日勞累，心力衰竭，必定會死在自己前頭，孰料他比夫人早死四十五天。兩位老人逝世時，僅有小女兒陳美延和及門弟子劉節守護在旁，場麵頗為淒涼慘淡。
作為傳統知識分子的傑出代表，陳寅恪雖自謂“處身於不夷不惠之間，托命於非驢非馬之國”，卻長期以淑世為懷，終身探索自由之義諦，極其珍惜傳統曆史文化，崇尚氣節，嚴守操持，不降誌，不辱身，自少至老，始終不渝。他曾在贈弟子蔣天樞的序文中寫道：“默念平生，固未嚐侮食自矜，曲學阿世。”上個世紀，道德淪喪，人心溷雜，風俗惡劣之至，人心涼薄已極，自汙扒糞者所在多見，趨時媚俗者不知凡幾，彼輩尊朱頌聖，投機取巧，以求眉樣入時。值此濁世，陳寅恪能夠修身自潔，真正做到不侮食自矜，不曲學阿世，堅守獨立之精神、自由之思想和批判之態度，實屬不易。六十七歲初度時，陳寅恪有詩自道：“平生所學供埋骨，晚歲為詩欠斫頭。”他晚年的遭遇，業已證明那個獸性瘋狂的時代實實在在是知識分子的血淚場，斯文掃地乃是斫喪中華民族元氣的極大不幸。在熾熱的煉獄中，在陰冷的地獄中，在死神的威逼下，陳寅恪斷然不肯與魔鬼簽訂賣身契，他因此而慘死，也因此而重生。
陳寅恪在《論再生緣校補記後序》中寫道：“知我罪我，請俟來世。”他的詩中也有類似的句子：“今生所剩真無幾，後世相知或有緣。”應該說，他並不擔心人亡學廢，他是有所期待的，也是信任後人的。