如何妥善地處理資本家的違法行為，經過周恩來、陳雲等研究並經中央同意，製定了在“五反”運動中對私營工商戶分類處理的標準和辦法，即對工商戶分為守法的、基本守法的、半守法半違法的、嚴重違法的和完全違法的五類。並規定嚴重違法的和完全違法的兩類要控製在工商戶總數的5％左右，最後處理也是很寬大的。據當時的統計，北京、天津、上海、廣州等八大城市，參加“五反”運動的工商戶總戶數共42.6萬多戶，劃為嚴重違法和完全違法的，隻有1.2萬多戶，占總戶數的2.9％，大大低於5％的控製數；八大城市的工商戶違法所得14萬多億元（舊幣，下同），而退補罰款僅追回6.2萬億元，約占應追回的45％。當然，個別地方也難免有對問題估計過於嚴重，出現鬥爭過火、補罰過重的情況。楊尚昆說：“像榮毅仁是當時上海乃至全國有很大影響的工商戶，在‘五反’運動中也發現有一些問題，應該怎麼劃？根據上海市委的意見應劃為基本守法戶。毛澤東看了上海市委的報告以後說劃為完全守法戶。榮毅仁這麵旗幟一樹，就把工商戶中的絕大多數重新拉到我們這邊來了。”
運動後期,部分工商戶生產經營發生困難，一些工廠停工，工人失業，還一度出現了市場停滯、交易清淡、物資積壓等現象。這一方麵使有的工商業者對前途信心不足；另一方麵，經過“三反”、“五反”，廣大幹部群眾過多地看重私營工商業者消極的一麵，在同他們打交道的時候，也存在著寧“左”勿右的情緒，怕說和資產階級劃不清界限，喪失立場。私營企業中的工人、店員則認為，“五反”整了資本家，這下子社會主義快了。
“五反”運動推動了對資本主義工商業改造的步伐。1953年夏，李維漢在他的《關於利用、限製和改造資本主義工商業問題的意見》（在全國財經會議上，毛澤東就是拿著寫在這份報告的未定稿上的提綱講黨在過渡時期總路線的）中，是這樣估計的：“現在，全國私營銀行除個別外，已經合並為一個公私合營銀行，由國家銀行完全可以控製；1952年公私合營工業生產總值較之1949年增加5.8倍，加工、訂貨、統購、統銷、包銷、收購等約占全部資本主義近代工業生產總值的一半。經過國家資本主義這一紐帶，國營經濟在不同程度上控製了資本主義工業的主要部分。國家掌握了全部資本主義工業產品的主要部分，從而控製了這部分商品的流通。在國營經濟和國家資本主義經濟之外，正在發展著的合作社商業，也日益增多地抵製和限製著商業資本主義的剝削，日益增強著國營經濟和個體經濟之間的聯係。所有這一切說明：資本主義經濟體係正在逐步地受到控製、削弱和割裂，而國營經濟在整個國民經濟中的領導地位則日益擴大和加強起來。”到1952年底，我國國民經濟已經得到全麵恢複。當年工農業總產值（扣除物價因素）比1949年增長77.5％。其中，工業增長178.6％，農業增長48.5％。工農業主要產品產量，除個別的以外，都超過了曆史最高水平。1953年起開始實施發展國民經濟的第一個五年計劃，國家進入大規模經濟建設時期。
城市中對私營工商業的改造和農村中互助合作運動是緊密聯係著的。當時，在我國農村發展農業互助合作運動，也是有一定基礎的。在革命戰爭時期，廣大解放區剛剛得到土地的農民，懷著極高的政治熱情踴躍參軍、支前，農村勞力、牲畜極端缺乏，為了克服這些困難，各種形式的互助組織發展很快，深受廣大農民的歡迎。1951年12月15日，中共中央下發了《關於農業生產互助合作的決議（草案）》，指出：“農民在土地改革基礎上所發揚起來的生產積極性，表現在兩個方麵：一方麵是個體經濟的積極性，另方麵是勞動互助的積極性。農民的這些生產積極性，乃是迅速恢複和發展國民經濟和促進國家工業化的基本因素之一。”“要克服很多農民在分散經營中所發生的困難，要使廣大貧困的農民能夠迅速地增加生產而走上豐衣足食的道路，要使國家得到比現在多得多的商品糧食及其他工業原料，同時也就提高農民的購買力，使國家的工業品得到廣大的銷場，就必須提倡‘組織起來’，按照自願和互利的原則，發展農民勞動互助組的積極性。這種勞動互助是建立在個體經濟基礎上（農民私有財產的基礎上）的集體勞動，其發展前途就是農業集體化或社會主義化。”毛澤東要求各級黨委把農業互助合作運動“當做一件大事去做”。到1952年底，參加農業互助組的農戶已占農戶總數的40％，還試辦了3600多個農業合作社。在第一個五年計劃中則明確規定，到1957年參加現有的初級形式的農業生產合作社的農戶將占全國農戶總數的1/3左右。