經過多年努力，司馬遷終於在53歲這一年完成了曆史巨著《史記》，書中的內容翔實可靠，生動地描寫了人物事跡，歌頌了曆史上的明君賢臣以及義士領袖，同時也諷刺鞭撻了暴君奸臣的劣跡。司馬遷希望能夠通過《史記》讓人們了解過去，從失敗中吸取經驗教訓。書中不僅保留了先秦至西漢前期的思想家、哲學家的傳記，還有他和他的父親司馬談的哲學史料。司馬氏父子二人精通百家之學，對於儒、墨、法、名以及陰陽五家的思想有肯定也有批判，司馬遷本人最為推崇道家思想。
從哲學的角度來看《史記》，司馬遷主張天命思想，其中“天”的含義有三種，即：自然之天、天性以及天命論思想。此外，司馬遷還提出了天人感應的宇宙觀。在這個宇宙觀裏，他將宇宙分為天命意誌、顯示天命以及人類社會三個部分。其中天命意誌占了主要地位，司馬遷通過天道賞善罰惡以及君權神授方麵來表述，由此可見，神學是推動自然界和人類社會發展的動力。顯示天命是一種廣義的概念，其中包括占夢、預言、五德始終、三統循環、日月星辰、四時變化等，他認為這些環節都是天與人的溝通方式。
《史記》的宇宙觀中，最底層的是人類社會，統治者通過應天改製以及實行德治的辦法來順應天意，人類除了可以順應天命之外，也具有一定的改變天命的能動力。統治者可以通過修政、修德等措施來改變天命。《史記》中的道德觀分為兩個方麵，一方麵，司馬遷認為曆史發展、國家興亡，甚至是個人命運都跟禮和道德有關；另一方麵，他認為有很多預言都應驗了，這也說明道德具有決定命運的作用。
司馬遷是一位擅長描寫曆史人物的曆史學家，他為後人留下了很多寶貴的資料，幫助人們解開了很多曆史之謎，雖然《史記》當中並沒有留下他自己的思想論文，但是《史記》當中的內容便是他的思想表現。
王充的唯物主義無神論
兩漢時期的唯物主義思想家越來越多，他們反對迷信鬼神，王充就是唯物主義和無神論思想的代表人物。王充生於27年，卒於約97年，是東漢時期著名的哲學家、思想家。他從小好學，但是因為家境貧寒，所以他隻能到賣書的地方看書。他曾做過小吏，但是做了一段時間後，發現自己根本不適合這份工作，最終辭官回鄉。王充晚年一直都在寫書，他的作品中有揭露當時社會的風俗道德，也有宣揚治民之道，談及養性經驗的，他的作品反映了他的哲學思想。
秦漢時期，求仙和鬼神迷信思想十分盛行，尤其是秦始皇和漢武帝，竟然讓人在全國大肆尋找能夠長生不老的仙藥。西漢時期的儒家代表董仲舒曾經神化封建皇帝，為的是能夠迷惑當時的老百姓，所以他大肆宣揚迷信思想。他認為天才是最高的主宰，而天子所下達的命令就是天意，所以皇帝如果實行德政，那麼天下太平，如果皇帝昏庸無道，那麼就會帶來災禍。
王充則對董仲舒所主張的因果報應以及鬼神一說嗤之以鼻，他還針對這種思想進行了批駁。當時流傳著一個故事，故事的主人公是春秋時期的楚惠王，他生性善良，一次在吃飯時發現菜裏有一條水蛭，他知道如果他當眾將水蛭挑出來的話，廚師就會被立刻處死，為了保全廚師的性命，他隻能硬生生地將水蛭吞進肚子。可是到了晚上的時候，楚惠王竟然將水蛭排出體外，就連肚子也不疼了。人們將這個故事稱為“善有善報”。王充對這種說法進行了批駁。他表示，水蛭在進入人體之後，由於人體內的體溫過高而死亡。楚惠王之所以會肚子疼，是因為他的肚子裏原本有瘀血，而水蛭恰恰能夠吸血，在進入人體後便開始吸血，死後連帶著肚子裏的瘀血一起被排出來，楚惠王的病自然就好了。他認為這個故事隻是一種巧合而已，根本不是“善有善報”。
王充一生仕途不順，曾經也做過一時的小官小吏，但是沒有任何實權，而且他憤世嫉俗的性格也讓他與很多權貴之間產生了矛盾，因而他並沒有做太長時間的官就辭官回鄉了。短暫的官宦生活讓他更真實地見到了官員們的腐敗生活，所以他的後半生一直在家中寫書。他有一本著作叫作《論衡》，這本書中的內容充分體現出他是一個不畏強權，敢於追求真理的人。為了寫這本書，他曾經搜集了大量資料，閉門謝客，在家專心寫書，花了幾十年的時間才完成了這本著作。這部書的主旨在於宣傳科學和無神論，並對迷信思想進行了批駁。
王充提出的唯物主義自然觀中，認為世間萬物都由元氣組成，而元氣則是一種客觀存在的物質。他認為世界上並沒有天意一說，日月星辰也都是按照一定的自然規律運行的，而並非是在傳達天意。他反對一切鬼神迷信思想，他覺得人死了就精氣滅絕了，人的身體腐爛之後會變成泥土，而不是變成鬼，他認為迷信說教都是一些荒誕虛偽的思想。
王充還是一個典型的樸素唯物主義的知識論者，他覺得即便是孔子那樣的聖賢也不是剛剛出生就擁有很多知識，人的知識都是需要用感官來接觸外界，用抽象思維去思考，隻有這樣，才能夠得到最可靠的知識。他認為，為了探求知識，即便是駁斥孔子，也夠不上傷逆義理。由於當時人們的生活條件有限，所以對於科學的理解也有所限製，王充在對一些自然現象做解釋的時候，也不免會出現一些差錯。同時，他無法將唯物主義思想運用到社會曆史當中，因而他不得不用宿命論來解釋社會中的貧富貴賤現象。